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7t8t

CryoEM structure of PLCg1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 107.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma

Rattus norvegicus

UniProt G3V845

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 20–1215 突变：H335A CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.68 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7T8T Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6PBC Structural basis for the activation of PLC-gamma isozymes by phosphorylation and cancer-associated mutations 提交 2019-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–765（745 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；12.5% w/v PEG 3,350, 50 mM di-sodium tartrate, 5% v/v glycerol
分辨率 2.46 Å R-free 0.245

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G3V845_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1196； UniProt 20–1215

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7t8t

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7t8t
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7t8t
沉积日期 deposition_date2021-12-17
结构标题 titleCryoEM structure of PLCg1
关键词 keywords1-phosphatidylinositol 4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1 cryo EM, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.79 Å
零角强度 I(0) i0245432000.00
分子量 molecular_weight125110.0 kDa
排除体积 excluded_volume156450 ų
包络体积 envelope_volume220590 ų
水化壳体积 shell_volume53071 ų
包络直径 envelope_diameter112.9 Å
壳层 Rg shell_rg41.72 Å
包络 Rg envelope_rg33.10 Å
形状 Rg shape_rg33.78 Å
总 Rg total_rg34.46 Å
总原子数 total_atoms17434
残基数 n_residues1086
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax107.7 Å
Rg (实空间) rg_real34.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real2.4540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal245500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8996
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary46.8 Å
偏度 Skewness skewness0.111
峰度 Kurtosis kurtosis-0.483
角度范围 angular_range— – 0.2300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha59710000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.949
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id7t8tA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id7t8tA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)