7tcn

Cryo-EM structure of CH235.12 in complex with HIV-1 Env trimer CH505TF.N279K.SOSIP.664 with high-mannose glycans

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein gp160

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 11	Glycoprotein 41 × 3 （Q2N0S5） CH235.12 Fab Heavy Chain × 3 CH235.12 Fab Light Chain × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 alpha-D-mannopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	M4M0W3_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 29–486； UniProt 31–488 作者链 E； PDB构建体 29–486； UniProt 31–488 作者链 I； PDB构建体 29–486； UniProt 31–488

Glycoprotein 41

Human immunodeficiency virus 1

UniProt Q2N0S5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 11	Envelope glycoprotein gp160 × 3 （M4M0W3） CH235.12 Fab Heavy Chain × 3 CH235.12 Fab Light Chain × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 alpha-D-mannopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q2N0S5_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 7–160； UniProt 508–661 作者链 F； PDB构建体 7–160； UniProt 508–661 作者链 J； PDB构建体 7–160； UniProt 508–661

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7tcn
沉积日期 deposition_date	2021-12-27
结构标题 title	Cryo-EM structure of CH235.12 in complex with HIV-1 Env trimer CH505TF.N279K.SOSIP.664 with high-mannose glycans
关键词 keywords	HIV-1, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex, CH235.12, IMMUNE SYSTEM, complex glycans, CH505TF, SOSIP, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7tcn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7tcn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7tcn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	53.02 Å
Rg（电子密度）	52.72 Å
总 Rg	52.76 Å
原子数	23747
残基数	2961
排除体积	421480 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7tcn__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein gp160
分子量 formula_weight	54456.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I
原子数 atom_count	23747

MPMGSLQPLATLYLLGMLVASVLAAENLWVTVYYGVPVWKEAKTTLFCASDAKAYEKKVHNVWATHACVPTDPNPQEMVLKNVTENFNMWKNDMVDQMHEDVISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLNCTNATASNSSIIEGMKNCSFNITTELRDKREKKNALFYKLDIVQLDGNSSQYRLINCNTSVITQACPKVSFDPIPIHYCAPAGYAILKCNNKTFTGTGPCNNVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEGEIIIRSENITKNVKTIIVHLNESVKIECTRPNNKTRTSIRIGPGQWFYATGQVIGDIREAYCNINESKWNETLQRVSKKLKEYFPHKNITFQPSSGGDLEITTHSFNCGGEFFYCNTSSLFNRTYMANSTDMANSTETNSTRTITIHCRIKQIINMWQEVGRAMYAPPIAGNITCISNITGLLLTRDGGKNNTETFRPGGGNMKDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRV

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glycoprotein 41
分子量 formula_weight	18146.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J

GRRRRRRAVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	CH235.12 Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	24319.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K

QVRLAQYGGGVKRLGATMTLSCVASGYTFNDYYIHWVRQAPGQGFELLGYIDPANGRPDYAGALRERLSFYRDKSMETLYMDLRSLRYDDTAMYYCVRNVGTAGSLLHYDHWGSGSPVIVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	CH235.12 Fab Light Chain
分子量 formula_weight	23451.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L

EIVLTQSPATLSASPGERVTLTCRASRSVRNNVAWYQHKGGQSPRLLIYDASTRAAGVPARFSGSASGTEFTLAISNLESEDFTVYFCLQYNNWWTFGQGTRVDIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.100 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	4.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	53398

Cryo-EM structure of CH235.12 in complex with HIV-1 Env trimer CH505TF.N279K.SOSIP.664 with high-mannose glycans

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein gp160

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glycoprotein 41

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7tcn__assembly_1__model_1

7tcn__assembly_1__model_1 | I(q)

7tcn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of CH235.12 in complex with HIV-1 Env trimer CH505TF.N279K.SOSIP.664 with high-mannose glycans

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein gp160

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glycoprotein 41

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7tcn__assembly_1__model_1

7tcn__assembly_1__model_1 | I(q)

7tcn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)