SAXSdb — 7te6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

Xenopus laevis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B × 1 （Q00960） Fab5 heavy chain × 1 Fab5 light chain × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B × 1 （Q00960） Fab5 heavy chain × 1 Fab5 light chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NMDZ1_XENLA
Isoform	A0A1L8F5J9-8
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–383； UniProt 23–405 作者链 E； PDB构建体 1–383； UniProt 23–405

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

Rattus norvegicus

UniProt Q00960

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 × 1 （A0A1L8F5J9） Fab5 heavy chain × 1 Fab5 light chain × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 × 1 （A0A1L8F5J9） Fab5 heavy chain × 1 Fab5 light chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NMDE2_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–364； UniProt 31–394 作者链 F； PDB构建体 1–364； UniProt 31–394

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7te6
沉积日期 deposition_date	2022-01-04
结构标题 title	Crystal structure of GluN1b-2B ATD complexed to Fab5 anti-GluN2B antibody
关键词 keywords	Fab fragment complexed to the receptor, SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7te6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7te6__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7te6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.36 Å
Rg（电子密度）	38.21 Å
总 Rg	38.53 Å
原子数	8609
残基数	1105
排除体积	153290 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7te6__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7te6__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
分子量 formula_weight	42932.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	17193

DPKIVNIGAVLSTKKHEQIFREAVNQANKRHFTRKIQLQATSVTHRPNAIQMALSVCEDLISSQVYAILVSHPPAPTDHLTPTPISYTAGFYRIPVIGLTTRMSIYSDKSIHLSFLRTVPPYSHQALVWFEMMRLFNWNHVILIVSDDHEGRAAQKKLETLLEGKESKSKKRNYENLDQLSYDNKRGPKADKVLQFEPGTKNLTALLLEAKELEARVIILSASEDDATAVYKSAAMLDMTGAGYVWLVGEREISGSALRYAPDGIIGLQLINGKNESAHISDAVAVVAQAIHELFEMENITDPPRGCVGNTNIWKTGPLFKRVLMSSKYPDGVTGRIEFNEDGDRKFAQYSIMNLQNRKLVQVGIFNGSYIIQNDRKIIWPGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
分子量 formula_weight	41367.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

SPPSIGIAVILVGTSDEVAIKDAHEKDDFHHLSVVPRVELVAMNETDPKSIITRICDLMSDRKIQGVVFADDTDQEAIAQILDFISAQTLTPILGIHGGSSMIMADKDESSMFFQFGPSIEQQASVMLNIMEEYDWYIFSIVTTYFPGYQDFVNKIRSTIENSFVGWELEEVLLLDMSLDDGDSKIQNQLKKLQSPIILLYCTKEEATYIFEVANSVGLTGYGYTWIVPSLVAGDTDTVPSEFPTGLISVSYDEWDYGLPARVRDGIAIITTAASDMLSEHSFIPEPKSSCYNTHEKRIYQSNMLNRYLINVTFEGRDLSFSEDGYQMHPKLVIILLNKERKWERVGKWKDKSLQMKYYVWPRM

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fab5 heavy chain
分子量 formula_weight	23844.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

DVKLQESGGGSVKLGGSLKLSCVVSGFTFSTYYMSWVRQTPEKRLELVAVINSNGGNTYYPDNVKGRFTISRDNAENTLYLQMSSLKSEDTALYYCARRDYDGFAMDYWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Fab5 light chain
分子量 formula_weight	23855.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

DIQLTQSPASLAVSLGQRATISCRASQSVSTSRYSYMHWYQHKPGQPPKLLIKYASNLESGVPARFSGSGSGTDFTLNIHPVEEEDTATYYCQHSWENPYTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNR

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晶胞边长 a length_a	124.922 Å
晶胞边长 b length_b	124.922 Å
晶胞边长 c length_c	407.119 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.550 Å
最低分辨率 resolution_low	24.984 Å
R 因子 r_factor	0.2838
R_work r_work	0.2816
R_free r_free	0.3242

Crystal structure of GluN1b-2B ATD complexed to Fab5 anti-GluN2B antibody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7te6__assembly_1__model_1

7te6__assembly_1__model_1 | I(q)

7te6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of GluN1b-2B ATD complexed to Fab5 anti-GluN2B antibody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7te6__assembly_1__model_1

7te6__assembly_1__model_1 | I(q)

7te6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)