SAXSdb — 7thq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase

Pseudomonas protegens Pf-5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Probable acyl carrier protein PigG × 1 （Q5W265） AZIDE ION × 3 ;5'-deoxy-5'-({(2S)-2-({2-[(N-{(2R)-4-[(dioxo-lambda~5~-phosphanyl)oxy]-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl}-beta-alanyl)amino]ethyl}sulfanyl)-2-[(2S)-pyrrolidin-2-yl]ethanesulfonyl}amino)adenosine ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Probable acyl carrier protein PigG × 1 （Q5W265） AZIDE ION × 3 ;5'-deoxy-5'-({(2S)-2-({2-[(N-{(2R)-4-[(dioxo-lambda~5~-phosphanyl)oxy]-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl}-beta-alanyl)amino]ethyl}sulfanyl)-2-[(2S)-pyrrolidin-2-yl]ethanesulfonyl}amino)adenosine ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PLTF_PSEF5
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–498； UniProt 1–498 作者链 B； PDB构建体 1–498； UniProt 1–498

Probable acyl carrier protein PigG

Serratia sp. ATCC 39006

UniProt Q5W265

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase × 1 （Q4KCY5） AZIDE ION × 3 ;5'-deoxy-5'-({(2S)-2-({2-[(N-{(2R)-4-[(dioxo-lambda~5~-phosphanyl)oxy]-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl}-beta-alanyl)amino]ethyl}sulfanyl)-2-[(2S)-pyrrolidin-2-yl]ethanesulfonyl}amino)adenosine ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase × 1 （Q4KCY5） AZIDE ION × 3 ;5'-deoxy-5'-({(2S)-2-({2-[(N-{(2R)-4-[(dioxo-lambda~5~-phosphanyl)oxy]-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl}-beta-alanyl)amino]ethyl}sulfanyl)-2-[(2S)-pyrrolidin-2-yl]ethanesulfonyl}amino)adenosine ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PIGG_SERS3
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–87； UniProt 1–87 作者链 E； PDB构建体 1–87； UniProt 1–87

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7thq
沉积日期 deposition_date	2022-01-11
结构标题 title	Crystal structure of PltF trapped with PigG using a proline adenosine vinylsulfonamide inhibitor
关键词 keywords	;nonribosomal peptide synthetase, NRPS, type II, biosynthesis, Ligase-Transport protein complex, LIGASE, LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex ;; LIGASE/LIGASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7thq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7thq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7thq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.89 Å
Rg（电子密度）	23.58 Å
总 Rg	24.45 Å
原子数	4328
残基数	584
排除体积	77104 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7thq__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7thq__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase
分子量 formula_weight	56397.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.2.1.53
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	8613

MKLLHERMMHSLARYPRQTAVVDEQDALSYEALELRIREFVAMLCALGVGQGQRILLWAHKSVDLVAVMQAALRLGVVYVPVDPLSPVSRLEKIAGDSQAVLVLCTAARLEELAGSALAQVRSVVLDDPASAGYWRNIDTGSSVVPTLAIQPDDLAYILYTSGSTGVPKGVALSHGNALAFVDWACERYCFQPGERFANHAPLHFDLSVLDIYCALNVGATVCLVPESIAFSPRLLTDFIRQHEISIWYSVPSVLMMMMQDGDLLSDIQDTLRVLLFAGEPFPVKHLRDLRAAYADVRLANLFGPTETNVCTAFEVGAIDPERVLPVPIGTAASGNQVWAQKPDGSRCAVGEEGELVVQGPTVMLGYFAKPAQEGPYKTGDMVRQRPDGNYEYLGRRDDMLKVRGNRIERGEVEAALLAHPQVSEAAVLVVGEGMNAQLWGVLVAHTRDALSLIDLKRHCAQRLPRYMIIDKVLCLDALPRNANGKVDRFALARQVEGKLAAALEHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas protegens Pf-5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	220664
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Probable acyl carrier protein PigG
分子量 formula_weight	10689.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,C

MLESKLINHIATQFLDGEKDGLDSQTPLFELNIVDSAAIFDLVDFLRQESKVSIGMQEIHPANFATVQSMVALVQRLKAHPEQGGAAWEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Serratia sp. ATCC 39006
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	104623
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	AZIDE ION
分子量 formula_weight	42.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;5'-deoxy-5'-({(2S)-2-({2-[(N-{(2R)-4-[(dioxo-lambda~5~-phosphanyl)oxy]-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl}-beta-alanyl)amino]ethyl}sulfanyl)-2-[(2S)-pyrrolidin-2-yl]ethanesulfonyl}amino)adenosine ;
分子量 formula_weight	765.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	49

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7thqA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ANL, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	65.730 Å
晶胞边长 b length_b	132.680 Å
晶胞边长 c length_c	140.940 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.460 Å
最低分辨率 resolution_low	96.610 Å
R 因子 r_factor	0.2086
R_work r_work	0.2061
R_free r_free	0.2550

Crystal structure of PltF trapped with PigG using a proline adenosine vinylsulfonamide inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Probable acyl carrier protein PigG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7thq__assembly_1__model_1

7thq__assembly_1__model_1 | I(q)

7thq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of PltF trapped with PigG using a proline adenosine vinylsulfonamide inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-proline--[L-prolyl-carrier protein] ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Probable acyl carrier protein PigG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7thq__assembly_1__model_1

7thq__assembly_1__model_1 | I(q)

7thq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)