7tkx

Crystal structure of R14A human Galectin-7 mutant in presence of 4-O-beta-D-Galactopyranosyl-D-glucose

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 66.4 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Galectin-7

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–136 链 B； UniProt 2–136	突变：R14A	LBL (2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2,3,5, 6-tetrakis(oxidanyl)hexanal × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295.15 K；0.1 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8, 20 % PEG 6000, 10% Glycerol	分辨率 1.83 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7TKX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BKZ CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GALECTIN-7 提交 1998-07-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–135（135 aa）链 B 1–135（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；CRYSTALS WERE GROWN USING THE HANGING DROP METHOD FROM DROPS CONTAINING 9 MG/ML PROTEIN AT PH 8.1 IN 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 0.3 M SODIUM CHLORIDE, 20 MM IMIDAZOLE, AND 8.5% PEG 3350. DROPS WERE EQUILIBRATED AGAINST RESERVOIRS CONTAINING 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 0.3 M SODIUM CHLORIDE, 20 MM IMIDAZOLE, AND 17% PEG 3350., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 1.90 Å R-free 0.260
2GAL CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GALECTIN-7 IN COMPLEX WITH GALACTOSE 提交 1998-07-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–135（135 aa）链 B 1–135（135 aa）	未记录	GAL beta-D-galactopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；CRYSTALS WERE GROWN USING THE HANGING DROP METHOD FROM DROPS CONTAINING 9 MG/ML PROTEIN AT PH 8.1 IN 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 0.3 M SODIUM CHLORIDE, 20 MM IMIDAZOLE, 8.5% PEG 3350 AND 25 MM GALACTOSE. DROPS WERE EQUILIBRATED AGAINST RESERVOIRS CONTAINING 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 0.3 M SODIUM CHLORIDE, 20 MM IMIDAZOLE, 17% PEG 3350 AND 50 MM GALACTOSE., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.00 Å R-free 0.245
3GAL CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GALECTIN-7 IN COMPLEX WITH GALACTOSAMINE 提交 1998-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–135（135 aa）	未记录	1GN 2-amino-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；CRYSTALS WERE GROWN USING THE HANGING DROP METHOD FROM DROPS CONTAINING 9 MG/ML PROTEIN AT PH 8.1 IN 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 0.3 M SODIUM CHLORIDE, 20 MM IMIDAZOLE, 8.5% PEG 3350 AND 25 MM GALACTOSAMINE. DROPS WERE EQUILIBRATED AGAINST RESERVOIRS CONTAINING 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 0.3 M SODIUM CHLORIDE, 20 MM IMIDAZOLE, 17% PEG 3350 AND 50 MM GALACTOSAMINE., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 1.90 Å R-free 0.258
3GAL CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GALECTIN-7 IN COMPLEX WITH GALACTOSAMINE 提交 1998-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–135（135 aa）	未记录	1GN 2-amino-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；CRYSTALS WERE GROWN USING THE HANGING DROP METHOD FROM DROPS CONTAINING 9 MG/ML PROTEIN AT PH 8.1 IN 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 0.3 M SODIUM CHLORIDE, 20 MM IMIDAZOLE, 8.5% PEG 3350 AND 25 MM GALACTOSAMINE. DROPS WERE EQUILIBRATED AGAINST RESERVOIRS CONTAINING 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 0.3 M SODIUM CHLORIDE, 20 MM IMIDAZOLE, 17% PEG 3350 AND 50 MM GALACTOSAMINE., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 1.90 Å R-free 0.258
3ZXE Crystal structure of Human Galectin-7 in complex with a galactose- benzylphosphate inhibitor 提交 2011-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–136（133 aa）片段：RESIDUES 4-136	未记录	PGZ METHYL 2-O-[(S)-(BENZYLOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]-3-DEOXY-3-{[(4-METHYLPHENYL)CARBONYL]AMINO}-1-THIO-BETA-D-GALACTOPYRANOSIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1M BISTRISPROPANE, 20% PEG3350, pH 8.5	分辨率 1.67 Å R-free 0.236
3ZXE Crystal structure of Human Galectin-7 in complex with a galactose- benzylphosphate inhibitor 提交 2011-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 4–136（133 aa）片段：RESIDUES 4-136	未记录	PGZ METHYL 2-O-[(S)-(BENZYLOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]-3-DEOXY-3-{[(4-METHYLPHENYL)CARBONYL]AMINO}-1-THIO-BETA-D-GALACTOPYRANOSIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1M BISTRISPROPANE, 20% PEG3350, pH 8.5	分辨率 1.67 Å R-free 0.236
3ZXF High resolution structure of Human Galectin-7 提交 2011-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–136（136 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.1；50MM SODIUM PHOSPHATE, 300 MM NACL, 15% PEG3350, 20MM IMIDAZOLE, pH 8.1	分辨率 1.38 Å R-free 0.226
3ZXF High resolution structure of Human Galectin-7 提交 2011-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–136（136 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.1；50MM SODIUM PHOSPHATE, 300 MM NACL, 15% PEG3350, 20MM IMIDAZOLE, pH 8.1	分辨率 1.38 Å R-free 0.226
4GAL CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GALECTIN-7 IN COMPLEX WITH LACTOSE 提交 1998-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–135（135 aa）链 B 1–135（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；CRYSTALS WERE GROWN USING THE HANGING DROP METHOD FROM DROPS CONTAINING 9 MG/ML PROTEIN AT PH 8.1 IN 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 0.3 M SODIUM CHLORIDE, 20 MM IMIDAZOLE, 8.5% PEG 3350. DROPS WERE EQUILIBRATED AGAINST RESERVOIRS CONTAINING 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 0.3 M SODIUM CHLORIDE, 20 MM IMIDAZOLE, 17% PEG 3350. GALECTIN-7 CRYSTALS WERE THEN SOAKED WITH 5 MM LACTOSE FOR 2 HRS., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 1.95 Å R-free 0.255
4UW3 Human galectin-7 in complex with a galactose based dendron D1. 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–136（136 aa）	未记录	50G DENDRON-D1 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.05 M BIS TRIS PROPANE PH7, 17 % PEG 3350	分辨率 1.48 Å R-free 0.198
4UW3 Human galectin-7 in complex with a galactose based dendron D1. 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.05 M BIS TRIS PROPANE PH7, 17 % PEG 3350	分辨率 1.48 Å R-free 0.198
4UW4 Human galectin-7 in complex with a galactose based dendron D2-1. 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.05 M BIS TRIS PROPANE PH 7, 17% PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.235
4UW4 Human galectin-7 in complex with a galactose based dendron D2-1. 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–136（136 aa）	未记录	4S0 DENDRON D2-1 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.05 M BIS TRIS PROPANE PH 7, 17% PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.235
4UW5 Human galectin-7 in complex with a galactose based dendron D2-2. 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–136（136 aa）	未记录	4S0 DENDRON D2-1 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.05M BIS TRIS PROPANE PH7, 14% PEG 3350	分辨率 2.04 Å R-free 0.319
4UW5 Human galectin-7 in complex with a galactose based dendron D2-2. 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.05M BIS TRIS PROPANE PH7, 14% PEG 3350	分辨率 2.04 Å R-free 0.319
4UW5 Human galectin-7 in complex with a galactose based dendron D2-2. 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.05M BIS TRIS PROPANE PH7, 14% PEG 3350	分辨率 2.04 Å R-free 0.319
4UW5 Human galectin-7 in complex with a galactose based dendron D2-2. 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.05M BIS TRIS PROPANE PH7, 14% PEG 3350	分辨率 2.04 Å R-free 0.319
4UW5 Human galectin-7 in complex with a galactose based dendron D2-2. 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.05M BIS TRIS PROPANE PH7, 14% PEG 3350	分辨率 2.04 Å R-free 0.319
4UW5 Human galectin-7 in complex with a galactose based dendron D2-2. 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–136（136 aa）	未记录	4S0 DENDRON D2-1 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.05M BIS TRIS PROPANE PH7, 14% PEG 3350	分辨率 2.04 Å R-free 0.319
4UW6 Human galectin-7 in complex with a galactose based dendron D3 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.05M BISTRIS PROPANE PH7, 17% PEG 3350	分辨率 1.79 Å R-free 0.251
4UW6 Human galectin-7 in complex with a galactose based dendron D3 提交 2014-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–136（136 aa）	未记录	VV7 DENDRON-D3 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.05M BISTRIS PROPANE PH7, 17% PEG 3350	分辨率 1.79 Å R-free 0.251
4XBQ Crystal Structure of Human Galectin-7 in Complex with Type 1 N-acetyllactosamine 提交 2014-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 25% (w/v) PEG 4000, temperature 298K	分辨率 2.23 Å R-free 0.225
4XBQ Crystal Structure of Human Galectin-7 in Complex with Type 1 N-acetyllactosamine 提交 2014-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 25% (w/v) PEG 4000, temperature 298K	分辨率 2.23 Å R-free 0.225
4Y26 Complex of human Galectin-7 and Galbeta1-3(6OSO3)GlcNAc 提交 2015-02-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4–136（133 aa）链 B 4–136（133 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES (pH 7.5), 0.2M Li2SO4, 0.1M NaOAc, 25% (w/v) PEG 4000	分辨率 2.61 Å R-free 0.258
5GAL CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN GALECTIN-7 IN COMPLEX WITH N-ACETYLLACTOSAMINE 提交 1998-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–135（135 aa）链 B 1–135（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；CRYSTALS WERE GROWN USING THE HANGING DROP METHOD FROM DROPS CONTAINING 9 MG/ML PROTEIN AT PH 8.1 IN 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 0.3 M SODIUM CHLORIDE, 20 MM IMIDAZOLE, 8.5% PEG 3350. DROPS WERE EQUILIBRATED AGAINST RESERVOIRS CONTAINING 50 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 0.3 M SODIUM CHLORIDE, 20 MM IMIDAZOLE, 17% PEG 3350. GALECTIN-7 CRYSTALS WERE THEN SOAKED WITH 50 MM N-ACETYLLACTOSAMINE FOR 3 DAYS., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.00 Å R-free 0.296
5H9Q Crystal Structure of Human Galectin-7 in Complex with TD139 提交 2015-12-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–136（136 aa）链 B 1–136（136 aa）	未记录	TD2 3-deoxy-3-[4-(3-fluorophenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-beta-D-galactopyranosyl 3-deoxy-3-[4-(3-fluorophenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-1-thio-beta-D-galactopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.22 M Mg Acetate, 21% (w/v) PEG3350	分辨率 1.93 Å R-free 0.238
5H9S Crystal Structure of Human Galectin-7 in Complex with TAZTDG 提交 2015-12-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–136（136 aa）链 B 1–136（136 aa）	未记录	TGZ (2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-2-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-4-[4-(3-fluorophenyl)-1,2,3-triazol-1-yl]-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]sulfanyl-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.22 M MgAcetate, 21% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.82 Å R-free 0.227
6VTO Crystal structure of human Galectin-7 in complex with 4-O-beta-D-Galactopyranosyl-D-glucose 提交 2020-02-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–136（135 aa）链 B 2–136（135 aa）	未记录	LBL (2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2,3,5, 6-tetrakis(oxidanyl)hexanal × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Sodium Chloride, 0.1 M Tris pH 8, 20 % PEG3350, 5 % Glycerol	分辨率 1.69 Å R-free 0.215
6VTP Crystal structure of G16C human Galectin-7 mutant 提交 2020-02-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–136（135 aa）链 B 2–136（135 aa）	突变：G16C 突变：G16C	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295.15 K；0.1 M Sodium chloride, 0.1M Tris pH 8, 20 % PEG 3350, 15 % Glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.261
6VTQ Crystal structure of G16C human Galectin-7 mutant in complex with lactose 提交 2020-02-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–136（135 aa）链 B 2–136（135 aa）	突变：G16C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：G16C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295.15 K；0.1 M Tris pH 8, 0.1 M Sodium Chloride, 25 % PEG3350, 7.5 mM alpha-lactose	分辨率 1.95 Å R-free 0.244
6VTR Crystal structure of G16S human Galectin-7 mutant 提交 2020-02-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–136（135 aa）链 B 2–136（135 aa）	突变：G16S 突变：G16S	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295.15 K；0.1 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.0, 20 % PEG 3350, 17.5 % Glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.256
6VTS Crystal structure of G16S human Galectin-7 mutant in complex with lactose 提交 2020-02-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–136（135 aa）链 B 2–136（135 aa）	突变：G16S 突变：G16S	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295.15 K；0.1 M Tris pH 8, 0.1 M NaCl, 16 % PEG 3350, 150 mM alpha-Lactose	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
7N4O Crystal structure of R20A human Galectin-7 mutant 提交 2021-06-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–136（135 aa）链 B 2–136（135 aa）	突变：R20A 突变：R20A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295.15 K；0.1 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8, 20 % PEG 6000 , 20% Glycerol	分辨率 2.05 Å R-free 0.252
7N57 Crystal structure of R20A human Galectin-7 mutant in presence of lactose 提交 2021-06-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–136（135 aa）链 B 2–136（135 aa）	突变：R20A 突变：R20A	GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2M Sodium chloride, 0.1M Tris pH 8.0, 20% w/v PEG 6000	分辨率 1.83 Å R-free 0.208
7N6C Crystal structure of R22A human Galectin-7 mutant 提交 2021-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–136（135 aa）链 B 2–136（135 aa）	突变：R22A 突变：R22A	GOL GLYCEROL × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295.15 K；0.1 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8, 20 % PEG 6000, 17.5% Glycerol	分辨率 2.10 Å R-free 0.235
7N8D Crystal structure of R22A human Galectin-7 mutant in presence of Lactose 提交 2021-06-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–136（135 aa）链 B 2–136（135 aa）	突变：R22A 突变：R22A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295.15 K；0.1 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8, 20 % PEG 6000, 7.5 mM alpha Lactose	分辨率 2.49 Å R-free 0.281
7N8G Crystal structure of R20A-R22A human Galectin-7 mutant 提交 2021-06-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–136（135 aa）链 B 2–136（135 aa）	突变：R20A, R22A 突变：R20A, R22A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295.15 K；0.1 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8, 20 % PEG 6000 ,17.5% Glycerol	分辨率 1.95 Å R-free 0.204
7N96 Crystal structure of D103A human Galectin-7 mutant 提交 2021-06-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–136（135 aa）链 B 2–136（135 aa）	突变：D103A 突变：D103A	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295.15 K；0.1 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8, 20 % PEG 6000 ,15% Glycerol	分辨率 2.38 Å R-free 0.259
7RDG Crystal structure of D103A human Galectin-7 mutant in presence of lactose 提交 2021-07-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–136（135 aa）链 D 2–136（135 aa）	突变：D103A 突变：D103A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；295.15 K；0.1 M Tris pH 7.3, 0.1 M NaCl, 18% P400, 26% PEG 3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
7RDG Crystal structure of D103A human Galectin-7 mutant in presence of lactose 提交 2021-07-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–136（135 aa）链 B 2–136（135 aa）	突变：D103A 突变：D103A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；295.15 K；0.1 M Tris pH 7.3, 0.1 M NaCl, 18% P400, 26% PEG 3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
7TKW Crystal structure of R14A human Galectin-7 mutant 提交 2022-01-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–136（135 aa）链 B 2–136（135 aa）	突变：R14A 突变：R14A	GOL GLYCEROL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295.15 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Tris 8.0, 20 % w/v PEG 6000	分辨率 1.85 Å R-free 0.231
7TKY Crystal structure of D94A human Galectin-7 mutant 提交 2022-01-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–136（135 aa）链 B 2–136（135 aa）	突变：D94A 突变：D94A	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.1 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8, 20 % PEG 6000, 15% Glycerol	分辨率 2.53 Å R-free 0.283
7TKZ Crystal structure of D94A human Galectin-7 mutant in presence of lactose 提交 2022-01-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–136（135 aa）链 B 2–136（135 aa）	突变：D94A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D94A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.1 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.0, 20 % PEG 6000, 15% glycerol, 7.5 mM Lactose	分辨率 1.83 Å R-free 0.225
7TRN Crystal structure of R14A-R20A human Galectin-7 mutant 提交 2022-01-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–136（135 aa）链 B 2–136（135 aa）	突变：R14A, R20A 突变：R14A, R20A	GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295.15 K；0.1 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8, 20 % PEG 6000, 17.5% Glycerol	分辨率 1.95 Å R-free 0.225
7TRN Crystal structure of R14A-R20A human Galectin-7 mutant 提交 2022-01-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–136（135 aa）链 D 2–136（135 aa）	突变：R14A, R20A 突变：R14A, R20A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295.15 K；0.1 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8, 20 % PEG 6000, 17.5% Glycerol	分辨率 1.95 Å R-free 0.225
7TRO Crystal structure of R14A-R20A human Galectin-7 mutant in presence of lactose 提交 2022-01-29	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–136（135 aa）链 B 2–136（135 aa）	突变：R14A, R20A 突变：R14A, R20A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295.15 K；0.1 M NaCl,0.1 M Tris pH 8, 20 % PEG 6000, 5% Glycerol, 7.5 mM Lactose	分辨率 1.80 Å R-free 0.221
7XAC Dimeric structure of human galectin-7 in complex with two glycerol 提交 2022-03-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–136（136 aa）链 B 1–136（136 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Hepes pH7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.253
7XBL Dimeric structure of human galectin-7 in complex with three glycerol 提交 2022-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–136（136 aa）链 B 1–136（136 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M Hepes pH7.5, 12% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.222

共 34 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEG7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136 作者链 B； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7tkx
沉积日期 deposition_date	2022-01-17
结构标题 title	Crystal structure of R14A human Galectin-7 mutant in presence of 4-O-beta-D-Galactopyranosyl-D-glucose
关键词 keywords	human galectin-7, dimer interface mutant, lactose, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.05 Å
零角强度 I(0) i0	16845100.00
分子量 molecular_weight	30452.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37883 Å³
包络体积 envelope_volume	44620 Å³
水化壳体积 shell_volume	19092 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.2 Å
壳层 Rg shell_rg	25.94 Å
包络 Rg envelope_rg	20.19 Å
形状 Rg shape_rg	20.02 Å
总 Rg total_rg	20.95 Å
总原子数 total_atoms	4272
残基数 n_residues	267
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.4 Å
Rg (实空间) rg_real	21.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16850000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9060
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.296
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.531
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2724000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.994

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Galectin-7
分子量 formula_weight	14879.7 kDa
突变 mutation	R14A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4566

SNVPHKSSLPEGIAPGTVLRIRGLVPPNASRFHVNLLCGEEQGSDAALHFNPRLDTSEVVFNSKEQGSWGREERGPGVPFQRGQPFEVLIIASDDGFKAVVGDAQYHHFRHRLPLARVRLVEVGGDVQLDSVRIF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2,3,5, 6-tetrakis(oxidanyl)hexanal ;
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	233

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7tkxA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	7tkxB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	30.250 Å
晶胞边长 b length_b	76.380 Å
晶胞边长 c length_c	111.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.830 Å
最低分辨率 resolution_low	36.120 Å
R 因子 r_factor	0.1716
R_work r_work	0.1686
R_free r_free	0.2134

fit	/app/data/saxs_computation/tk/7tkx/7tkx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tk/7tkx/7tkx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tk/7tkx/7tkx.dat