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7tnj

Complex NNNN of AMPA-subtype iGluR GluA2 in complex with auxiliary subunit gamma2 (Stargazin) at low glutamate concentration (20 uM) in the presence of cyclothiazide (100 uM)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 143.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform Flip of Glutamate receptor 2,Voltage-dependent calcium channel gamma-3 subunit chimera

Rattus norvegicus

UniProt P19491-2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 25–847 链 B； UniProt 25–847 链 C； UniProt 25–847 链 D； UniProt 25–847 未记录 CYZ CYCLOTHIAZIDE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.02 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2-2_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–817； UniProt 25–847 作者链 B； PDB构建体 1–817； UniProt 25–847 作者链 C； PDB构建体 1–817； UniProt 25–847 作者链 D； PDB构建体 1–817； UniProt 25–847

Isoform Flip of Glutamate receptor 2,Voltage-dependent calcium channel gamma-3 subunit chimera

Rattus norvegicus

UniProt Q8VHX0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 5–207 链 B； UniProt 5–207 链 C； UniProt 5–207 链 D； UniProt 5–207 未记录 CYZ CYCLOTHIAZIDE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.02 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7TNJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7TNK Complex GNNN of AMPA-subtype iGluR GluA2 in complex with auxiliary subunit gamma2 (Stargazin) at low glutamate concentration (20 uM) in the presence of cyclothiazide (100 uM) 提交 2022-01-21 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 5–207（203 aa）
链 B 5–207（203 aa）
链 C 5–207（203 aa）
链 D 5–207（203 aa）
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 1 CYZ CYCLOTHIAZIDE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7TNL Complex GNGN1 of AMPA-subtype iGluR GluA2 in complex with auxiliary subunit gamma2 (Stargazin) at low glutamate concentration (20 uM) in the presence of cyclothiazide (100 uM) 提交 2022-01-21 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 5–207（203 aa）
链 B 5–207（203 aa）
链 C 5–207（203 aa）
链 D 5–207（203 aa）
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 2 CYZ CYCLOTHIAZIDE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.59 Å
7TNM Complex GNGN2 of AMPA-subtype iGluR GluA2 in complex with auxiliary subunit gamma2 (Stargazin) at low glutamate concentration (20 uM) in the presence of cyclothiazide (100 uM) 提交 2022-01-21 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 5–207（203 aa）
链 B 5–207（203 aa）
链 C 5–207（203 aa）
链 D 5–207（203 aa）
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 2 CYZ CYCLOTHIAZIDE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.74 Å
7TNP Complex GGGG of AMPA-subtype iGluR GluA2 in complex with auxiliary subunit gamma2 (Stargazin) at low glutamate concentration (20 uM) in the presence of cyclothiazide (100 uM) 提交 2022-01-21 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 5–207（203 aa）
链 B 5–207（203 aa）
链 C 5–207（203 aa）
链 D 5–207（203 aa）
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 4 CYZ CYCLOTHIAZIDE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
8C1P Active state homomeric GluA1 AMPA receptor in complex with TARP gamma 3 提交 2022-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 2–315（314 aa）
链 F 2–315（314 aa）
链 G 2–315（314 aa）
链 H 2–315（314 aa）
未记录 CYZ CYCLOTHIAZIDE × 4 PLM PALMITIC ACID × 6 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8C1Q Resting state homomeric GluA1 AMPA receptor in complex with TARP gamma 3 提交 2022-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 2–315（314 aa）
链 F 2–315（314 aa）
链 G 2–315（314 aa）
链 H 2–315（314 aa）
未记录 ZK1 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 PLM PALMITIC ACID × 4 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.82 Å
8C2H Transmembrane domain of active state homomeric GluA1 AMPA receptor in tandem with TARP gamma 3 提交 2022-12-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 2–315（314 aa）
链 F 2–315（314 aa）
链 G 2–315（314 aa）
链 H 2–315（314 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 6 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.64 Å
8C2I Transmembrane domain of resting state homomeric GluA1 AMPA receptor in complex with TARP gamma 3 提交 2022-12-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 2–315（314 aa）
链 F 2–315（314 aa）
链 G 2–315（314 aa）
链 H 2–315（314 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 4 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8P3T Homomeric GluA1 in tandem with TARP gamma-3, desensitized conformation 1 提交 2023-05-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 2–315（314 aa）
链 F 2–315（314 aa）
链 G 2–315（314 aa）
链 H 2–315（314 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
8P3U Homomeric GluA1 in tandem with TARP gamma-3, desensitized conformation 2 提交 2023-05-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 2–315（314 aa）
链 F 2–315（314 aa）
链 G 2–315（314 aa）
链 H 2–315（314 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.77 Å
8P3V Homomeric GluA1 in tandem with TARP gamma-3, desensitized conformation 3 提交 2023-05-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 2–315（314 aa）
链 F 2–315（314 aa）
链 G 2–315（314 aa）
链 H 2–315（314 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.53 Å
8P3W Homomeric GluA1 in tandem with TARP gamma-3, desensitized conformation 4 提交 2023-05-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 2–315（314 aa）
链 F 2–315（314 aa）
链 G 2–315（314 aa）
链 H 2–315（314 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 4 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.53 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCG3_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 823–1026； UniProt 5–207 作者链 B； PDB构建体 823–1026； UniProt 5–207 作者链 C； PDB构建体 823–1026； UniProt 5–207 作者链 D； PDB构建体 823–1026； UniProt 5–207

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7tnj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7tnj
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7tnj
沉积日期 deposition_date2022-01-21
结构标题 titleComplex NNNN of AMPA-subtype iGluR GluA2 in complex with auxiliary subunit gamma2 (Stargazin) at low glutamate concentration (20 uM) in the presence of cyclothiazide (100 uM)
关键词 keywords;AMPA, iGluR, Stargazin, cryo-EM, complex, agonist, positive allosteric modulator, subconductance level, opening, gating, glutamate, MEMBRANE PROTEIN ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.46 Å
零角强度 I(0) i0944651000.00
分子量 molecular_weight267550.0 kDa
排除体积 excluded_volume340230 ų
包络体积 envelope_volume481860 ų
水化壳体积 shell_volume87385 ų
包络直径 envelope_diameter143.1 Å
壳层 Rg shell_rg51.43 Å
包络 Rg envelope_rg43.65 Å
形状 Rg shape_rg44.44 Å
总 Rg total_rg44.84 Å
总原子数 total_atoms18810
残基数 n_residues2402
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax143.1 Å
Rg (实空间) rg_real44.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real9.4470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6580e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal944900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8239
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary57.2 Å
偏度 Skewness skewness0.162
峰度 Kurtosis kurtosis-0.479
角度范围 angular_range— – 0.1750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha101100000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)