SAXSdb — 7tux

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase

Plasmodium falciparum

UniProt P20035

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–231	未记录	YBM [(3S)-3-{[(2-amino-4-hydroxy-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]amino}-4-hydroxybutyl]phosphonic acid × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200 mM Lithium Acetate, 20% PEG3350	分辨率 1.62 Å R-free 0.195
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–231	未记录	YBM [(3S)-3-{[(2-amino-4-hydroxy-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]amino}-4-hydroxybutyl]phosphonic acid × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200 mM Lithium Acetate, 20% PEG3350	分辨率 1.62 Å R-free 0.195
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–231	未记录	YBM [(3S)-3-{[(2-amino-4-hydroxy-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]amino}-4-hydroxybutyl]phosphonic acid × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200 mM Lithium Acetate, 20% PEG3350	分辨率 1.62 Å R-free 0.195
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–231	未记录	YBM [(3S)-3-{[(2-amino-4-hydroxy-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]amino}-4-hydroxybutyl]phosphonic acid × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200 mM Lithium Acetate, 20% PEG3350	分辨率 1.62 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7TUX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CJB MALARIAL PURINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE 提交 1999-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–231（231 aa）链 B 1–231（231 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 IRP (1S)-1(9-DEAZAHYPOXANTHIN-9YL)1,4-DIDEOXY-1,4-IMINO-D-RIBITOL-5-PHOSPHATE × 4 POP PYROPHOSPHATE 2- × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
1CJB MALARIAL PURINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE 提交 1999-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–231（231 aa）链 D 1–221（221 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 IRP (1S)-1(9-DEAZAHYPOXANTHIN-9YL)1,4-DIDEOXY-1,4-IMINO-D-RIBITOL-5-PHOSPHATE × 4 POP PYROPHOSPHATE 2- × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
2VFA Crystal structure of a chimera of Plasmodium falciparum and human hypoxanthine-guanine phosphoribosyl transferases 提交 2007-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–56（56 aa）片段：RESIDUES 1-56,49-160,171-231 链 A 171–231（61 aa）片段：RESIDUES 1-56,49-160,171-231 链 B 1–56（56 aa）片段：RESIDUES 1-56,49-160,171-231 链 B 171–231（61 aa）片段：RESIDUES 1-56,49-160,171-231	未记录	5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.1M TRIS PH 8.0, 2.0M AMMONIUM SULPHATE	分辨率 2.80 Å R-free 0.278
3OZF Crystal Structure of Plasmodium falciparum Hypoxanthine-Guanine-Xanthine Phosphoribosyltransferase in complex with hypoxanthine 提交 2010-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–231（231 aa）链 B 1–231（231 aa）链 C 1–231（231 aa）链 D 1–231（231 aa）	未记录	HPA HYPOXANTHINE × 4 POP PYROPHOSPHATE 2- × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；291 K；200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 7.4, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 1.94 Å R-free 0.237
3OZG Crystal Structure of Plasmodium falciparum Hypoxanthine-Guanine-Xanthine Phosphoribosyltransferase in complex with S-SerMe-ImmH phosphonate 提交 2010-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–231（231 aa）链 B 1–231（231 aa）	未记录	SSI [(3S)-4-hydroxy-3-{[(4-oxo-4,5-dihydro-3H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]amino}butyl]phosphonic acid × 4 POP PYROPHOSPHATE 2- × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；291 K；200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 7.4, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 1.99 Å R-free 0.264
3OZG Crystal Structure of Plasmodium falciparum Hypoxanthine-Guanine-Xanthine Phosphoribosyltransferase in complex with S-SerMe-ImmH phosphonate 提交 2010-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–231（231 aa）链 D 1–231（231 aa）	未记录	SSI [(3S)-4-hydroxy-3-{[(4-oxo-4,5-dihydro-3H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]amino}butyl]phosphonic acid × 4 POP PYROPHOSPHATE 2- × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；291 K；200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 7.4, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 1.99 Å R-free 0.264

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HGXR_PLAFG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 20–250； UniProt 1–231 作者链 B； PDB构建体 20–250； UniProt 1–231 作者链 C； PDB构建体 20–250； UniProt 1–231 作者链 D； PDB构建体 20–250； UniProt 1–231

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7tux
沉积日期 deposition_date	2022-02-03
结构标题 title	Crystal Structure of Plasmodium falciparum Hypoxanthine-Guanine-Xanthine Phosphoribosyltransferase in complex with [(3S)-4-Hydroxy-3-[({2-amino-4-hydroxy-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl}methyl)amino]butyl]phosphonic acid
关键词 keywords	;inhibitors, drug design, transferase-inhibitor complex, Malaria, transition state analogs, transferase, Plasmodium falciparum, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex ;; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.98 Å
零角强度 I(0) i0	178048000.00
分子量 molecular_weight	109630.0 kDa
排除体积 excluded_volume	138380 Å³
包络体积 envelope_volume	172230 Å³
水化壳体积 shell_volume	44046 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.9 Å
壳层 Rg shell_rg	39.20 Å
包络 Rg envelope_rg	32.89 Å
形状 Rg shape_rg	32.99 Å
总 Rg total_rg	33.43 Å
总原子数 total_atoms	7701
残基数 n_residues	922
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.7 Å
Rg (实空间) rg_real	33.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	178000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8878
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.359
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.329
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	55730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.860

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase
分子量 formula_weight	28410.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.22,2.4.2.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	8671

MGGSHHHHHHGGLVPRGSHMPIPNNPGAGENAFDPVFVNDDDGYDLDSFMIPAHYKKYLTKVLVPNGVIKNRIEKLAYDIKKVYNNEEFHILCLLKGSRGFFTALLKHLSRIHNYSAVETSKPLFGEHYVRVKSYCNDQSTGTLEIVSEDLSCLKGKHVLIVEDIIDTGKTLVKFCEYLKKFEIKTVAIACLFIKRTPLWNGFKADFVGFSIPDHFVVGYSLDYNEIFRDLDHCCLVNDEGKKKYKATSL

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum
通用名 common_name	malaria parasite P. falciparum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5833
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	[(3S)-3-{[(2-amino-4-hydroxy-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]amino}-4-hydroxybutyl]phosphonic acid
分子量 formula_weight	331.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE 2-
分子量 formula_weight	176.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	36

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	771

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	105.437 Å
晶胞边长 b length_b	111.199 Å
晶胞边长 c length_c	173.652 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.620 Å
最低分辨率 resolution_low	57.470 Å
R 因子 r_factor	0.1708
R_work r_work	0.1696
R_free r_free	0.1947

fit	/app/data/saxs_computation/tu/7tux/7tux.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tu/7tux/7tux.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tu/7tux/7tux.dat

Crystal Structure of Plasmodium falciparum Hypoxanthine-Guanine-Xanthine Phosphoribosyltransferase in complex with [(3S)-4-Hydroxy-3-[({2-amino-4-hydroxy-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl}methyl)amino]butyl]phosphonic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction