SAXSdb — 7u02

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

WYL domain-containing protein

Caulobacter vibrioides (strain ATCC 19089 / CB15)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 138–331 链 M； UniProt 138–331	未记录	;DNA (5'-D(PAPCPG)-3') ; × 1 SO4* SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；Ammonium sulphate	分辨率 2.48 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7U02	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7TZV Structure of DriD C-domain bound to 9mer ssDNA 提交 2022-02-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 138–331（194 aa）链 M 138–331（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.1 M Imidazole, 20% PEG 8000	分辨率 1.65 Å R-free 0.223
9CU3 Allosteric mechanism of DriD transcription activator 提交 2024-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–331（250 aa）链 B 82–331（250 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298.15 K；Ammonium sulfate dibasic, sodium cacodylate trihydrate	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
9PFQ The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-bapE promoter transcription activation complex 提交 2025-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：12-meric	链 Q 1–331（331 aa）链 R 1–331（331 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.24 Å
9PFV The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-CCNA_03891/CCNA_01149 promoter transcription activation complex 提交 2025-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 Q 1–331（331 aa）链 R 1–331（331 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9PGA The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-didA promoter transcription activation complex 提交 2025-07-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：12-meric	链 Q 1–331（331 aa）链 R 1–331（331 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.98 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9A999_CAUVC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–195； UniProt 138–331 作者链 M； PDB构建体 2–195； UniProt 138–331

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7u02
沉积日期 deposition_date	2022-02-17
结构标题 title	Structure of the C. crescentus DriD C-domain bound to ssDNA
关键词 keywords	DriD, DNA repair, SOS-independent repair, DidA, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.00 Å
零角强度 I(0) i0	33033000.00
分子量 molecular_weight	42973.0 kDa
排除体积 excluded_volume	53302 Å³
包络体积 envelope_volume	65800 Å³
水化壳体积 shell_volume	25011 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.8 Å
壳层 Rg shell_rg	28.71 Å
包络 Rg envelope_rg	21.96 Å
形状 Rg shape_rg	21.96 Å
总 Rg total_rg	22.94 Å
总原子数 total_atoms	3031
残基数 n_residues	388
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.3 Å
Rg (实空间) rg_real	22.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0190e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33030000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9150
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	67.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.090
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.589
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6326000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.970; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.991

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	WYL domain-containing protein
分子量 formula_weight	21750.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,M
原子数 atom_count	3033

METIAVHAGPRPYEDQAVLGAIRAAIKGLQALSFRYEGGSTPGRTREVTPLGVLFGRSNYLVALEGKGGKPRSWRLDRMSDLKVLDKPAPPPQDFSLQAFADESFGIYHDEIQDVVLRIHKSRAEDALRWRFHATQQVTPEADGSVLVTFRAGGMRELSWHLFTWGDAVEIVAPQVLKDMMVQELREAGRAHGAW

来源 Source

来源生物 organism	Caulobacter vibrioides (strain ATCC 19089 / CB15)
通用名 common_name	Caulobacter crescentus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	190650
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	886.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

ACG

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	87.400 Å
晶胞边长 b length_b	87.400 Å
晶胞边长 c length_c	139.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.480 Å
最低分辨率 resolution_low	66.540 Å
R 因子 r_factor	0.2338
R_work r_work	0.2303
R_free r_free	0.2790

fit	/app/data/saxs_computation/u0/7u02/7u02.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u0/7u02/7u02.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u0/7u02/7u02.dat

Structure of the C. crescentus DriD C-domain bound to ssDNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

WYL domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)