SAXSdb — 7uby

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glucosyltransferase TcdA

Clostridioides difficile

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Nanobody VHH AH3 × 1 URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE × 1 MANGANESE (II) ION × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 1,2-ETHANEDIOL × 4 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Nanobody VHH AH3 × 1 URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE × 1 MANGANESE (II) ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 7 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TCDA_CLODI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–543； UniProt 1–542 作者链 B； PDB构建体 2–543； UniProt 1–542

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7uby
沉积日期 deposition_date	2022-03-15
结构标题 title	Structure of the GTD domain of Clostridium difficile toxin A in complex with VHH AH3
关键词 keywords	GTD, neutralizing antibody, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7uby__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7uby__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7uby__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.34 Å
Rg（电子密度）	28.48 Å
总 Rg	29.23 Å
原子数	5326
残基数	665
排除体积	94745 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7uby__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7uby__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glucosyltransferase TcdA
分子量 formula_weight	62919.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.-
突变 mutation	K190A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	10704

SMSLISKEELIKLAYSIRPRENEYKTILTNLDEYNKLTTNNNENKYLQLKKLNESIDVFMNKYKTSSRNRALSNLKKDILKEVILIKNSNTSPVEKNLHFVWIGGEVSDIALEYIKQWADINAEYNIKLWYDSEAFLVNTLKKAIVESSTTEALQLLEEEIQNPQFDNMKFYKKRMEFIYDRQKRFINYYASQINKPTVPTIDDIIKSHLVSEYNRDETVLESYRTNSLRKINSNHGIDIRANSLFTEQELLNIYSQELLNRGNLAAASDIVRLLALKNFGGVYLDVDMLPGIHSDLFKTISRPSSIGLDRWEMIKLEAIMKYKKYINNYTSENFDKLDQQLKDNFKLIIESKSEKSEIFSKLENLNVSDLEIKIAFALGSVINQALISKQGSYLTNLVIEQVKNRYQFLNQHLNPAIESDNNFTDTTKIFHDSLFNSATAENSMFLTKIAPYLQVGFMPEARSTISLSGPGAYASAYYDFINLQENTIEKTLKASDLIEFKFPENNLSQLTEQEINSLWSFDQASAKYQFEKYVRDYTGGSL

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides difficile
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1496
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody VHH AH3
分子量 formula_weight	16114.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C

SQLQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTLDYSSIGWFRQAPGKEREGVSCISSSGDSTKYADSVKGRFTTSRDNAKNTVYLQMNSLKPDDTAVYYCAAFRATMCGVFPLSPYGKDDWGKGTLVTVSSEPKTPKPQTSGAPVPYPDPLEPR

来源 Source

来源生物 organism	Camelidae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9835
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE
分子量 formula_weight	566.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	341

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7ubyC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ubyD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	80.118 Å
晶胞边长 b length_b	131.641 Å
晶胞边长 c length_c	83.796 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	67.570 Å
R 因子 r_factor	0.2189
R_work r_work	0.2180
R_free r_free	0.2605

Structure of the GTD domain of Clostridium difficile toxin A in complex with VHH AH3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glucosyltransferase TcdA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7uby__assembly_2__model_1

7uby__assembly_2__model_1 | I(q)

7uby__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the GTD domain of Clostridium difficile toxin A in complex with VHH AH3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glucosyltransferase TcdA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7uby__assembly_2__model_1

7uby__assembly_2__model_1 | I(q)

7uby__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)