7ufx

Isoreticular, interpenetrating co-crystal of Replication Initiator Protein REPE54 and scaffold-insert duplexes (21mer and 10mer) containing the cognate REPE54 sequence and an additional G-C rich sequence, respectively.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication initiation protein

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 4	;DNA (5'-D(AAPCPCPTPGPTPGPAPCPAPAPAPTPTPGPCPCPCPTPCPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(ATPCPTPGPAPGPGPGPCPAPAPTPTPTPGPTPCPAPCPAPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(AGPAPCPGPGPCPCPCPGPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(AGPTPCPCPGPGPGPCPCPG)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 6 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	REPE1_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 13–263； UniProt 1–251

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ufx
沉积日期 deposition_date	2022-03-23
结构标题 title	Isoreticular, interpenetrating co-crystal of Replication Initiator Protein REPE54 and scaffold-insert duplexes (21mer and 10mer) containing the cognate REPE54 sequence and an additional G-C rich sequence, respectively.
关键词 keywords	Replication Initiator RepE Complex Co-Crystal, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7ufx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7ufx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7ufx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.48 Å
Rg（电子密度）	27.09 Å
总 Rg	27.79 Å
原子数	3028
残基数	276
排除体积	49889 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7ufx__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(AAPCPCPTPGPTPGPAPCPAPAPAPTPTPGPCPCPCPTPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	6680.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3075

AACCTGTGACAAATTGCCCTCA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(ATPCPTPGPAPGPGPGPCPAPAPTPTPTPGPTPCPAPCPAP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	6791.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

ATCTGAGGGCAATTTGTCACAG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Replication initiation protein
分子量 formula_weight	30749.1 kDa
突变 mutation	R118P
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MRGSHHHHHHGSMAETAVINHKKRKNSPRIVQSNDLTEAAYSLSRDQKRMLYLFVDQIRKSDGTLQEHDGICEIHVAKYAEIFGLTSAEASKDIRQALKSFAGKEVVFYRPEEDAGDEKGYESFPWFIKPAHSPSRGLYSVHINPYLIPFFIGLQNRFTQFRLSETKEITNPYAMRLYESLCQYRKPDGSGIVSLKIDWIIERYQLPQSYQRMPDFRRRFLQVCVNEINSRTPMRLSYIEKKKGRQTTHIVFSFRDITSMTTG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(AGPAPCPGPGPCPCPCPGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	3384.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

AGACGGCCCGG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(AGPTPCPCPGPGPGPCPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	3375.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

AGTCCGGGCCG

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

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晶胞边长 a length_a	74.809 Å
晶胞边长 b length_b	129.493 Å
晶胞边长 c length_c	137.118 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	39.000 Å
R 因子 r_factor	0.1977
R_work r_work	0.1945
R_free r_free	0.2257

Isoreticular, interpenetrating co-crystal of Replication Initiator Protein REPE54 and scaffold-insert duplexes (21mer and 10mer) containing the cognate REPE54 sequence and an additional G-C rich sequence, respectively.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication initiation protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ufx__assembly_1__model_1

7ufx__assembly_1__model_1 | I(q)

7ufx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (3)

Isoreticular, interpenetrating co-crystal of Replication Initiator Protein REPE54 and scaffold-insert duplexes (21mer and 10mer) containing the cognate REPE54 sequence and an additional G-C rich sequence, respectively.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication initiation protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ufx__assembly_1__model_1

7ufx__assembly_1__model_1 | I(q)

7ufx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (3)