7ugn

Cryo-EM structure of BG24 inferred germline Fabs with germline CDR3s and 10-1074 Fabs in complex with HIV-1 Env immunogen BG505-SOSIPv4.1-GT1 - Class 1

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein gp120

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 18 其他聚合物 24	BG24 inferred germline Fab with germline CDR3s heavy chain × 3 BG24 inferred germline Fab with germline CDR3s light chain × 3 10-1074 Fab heavy chain × 3 10-1074 Fab light chain × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 alpha-D-mannopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q2N0S5_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–451； UniProt 31–503 作者链 B； PDB构建体 1–451； UniProt 31–503 作者链 C； PDB构建体 1–451； UniProt 31–503 作者链 D； PDB构建体 1–129； UniProt 515–661 作者链 E； PDB构建体 1–129； UniProt 515–661 作者链 F； PDB构建体 1–129； UniProt 515–661

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ugn
沉积日期 deposition_date	2022-03-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of BG24 inferred germline Fabs with germline CDR3s and 10-1074 Fabs in complex with HIV-1 Env immunogen BG505-SOSIPv4.1-GT1 - Class 1
关键词 keywords	;HIV-1 Env, neutralizing antibody, CD4 binding site antibody, VIRAL PROTEIN, Germline, precursor, immunogen, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ;; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7ugn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7ugn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7ugn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	53.67 Å
Rg（电子密度）	53.09 Å
总 Rg	53.16 Å
原子数	25698
残基数	3150
排除体积	455010 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7ugn__assembly_1__model_1`	octadecameric （18）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein gp120
分子量 formula_weight	50871.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	25698

ENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYKKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNIDDMRGELKNCSFNMTTELRDKRQKVHALFYKLDIVPINENQNTSYRLINCNTAAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSEDIRNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQWFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCDTSGLFNSTWISNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTDSTTETFRPSGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVV

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein gp41
分子量 formula_weight	14676.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

VFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	BG24 inferred germline Fab with germline CDR3s heavy chain
分子量 formula_weight	13685.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I

QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTGYYMHWVRQAPGQGLEWMGWINPNSGGTNYAQKFQGRVTMTRDTSISTAYMELSRLRSDDTAVYYCATQLELDSSAGYAFDIWGQGTMVTVSSAS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	BG24 inferred germline Fab with germline CDR3s light chain
分子量 formula_weight	11212.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,L

QSALTQPRSVSGSPGQSVTISCTGTSSDVGGYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVSKRPSGVPDRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYEYFGGGTKLTVLS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	10-1074 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	14791.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O

QVQLQESGPGLVKPSETLSVTCSVSGDSMNNYYWTWIRQSPGKGLEWIGYISDRESATYNPSLNSRVVISRDTSKNQLSLKLNSVTPADTAVYYCATARRGQRIYGVVSFGEFFYYYSMDVWGKGTTVTVSSA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	10-1074 Fab light chain
分子量 formula_weight	11701.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q,R

VRPLSVALGETARISCGRQALGSRAVQWYQHRPGQAPILLIYNNQDRPSGIPERFSGTPDINFGTRATLTISGVEAGDEADYYCHMWDSRSGFSWSFGGATRLTVLG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

实体 8 Entity 8 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 9 Entity 9 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1235.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	7ugnG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ugnH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ugnI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ugnM01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ugnN01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ugnO01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ugnP01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ugnQ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ugnR01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	73915

Cryo-EM structure of BG24 inferred germline Fabs with germline CDR3s and 10-1074 Fabs in complex with HIV-1 Env immunogen BG505-SOSIPv4.1-GT1 - Class 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein gp120

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ugn__assembly_1__model_1

7ugn__assembly_1__model_1 | I(q)

7ugn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 branched

实体 9 Entity 9 branched

实体 10 Entity 10 branched

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of BG24 inferred germline Fabs with germline CDR3s and 10-1074 Fabs in complex with HIV-1 Env immunogen BG505-SOSIPv4.1-GT1 - Class 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein gp120

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ugn__assembly_1__model_1

7ugn__assembly_1__model_1 | I(q)

7ugn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 branched

实体 9 Entity 9 branched

实体 10 Entity 10 branched

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)