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7ujl

Bacteriophage Lambda Red-Beta N-terminal domain helical assembly in complex with dsDNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 65.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Recombination protein bet

Escherichia virus Lambda

UniProt P03698

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 60 DNA 120 PDB 声明：180-meric（180） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–177 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-177) Template DNA × 60 Complementary DNA × 60 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification. 分辨率 3.30 Å
2 蛋白–DNA 单体 蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–177 片段：N-terminal domain (UNP residues 1-177) Template DNA × 1 Complementary DNA × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification. 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7UJL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6M9K Crystal structure of lambda exonuclease in complex with the Red beta C-terminal domain 提交 2018-08-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 194–260（67 aa）
链 E 194–260（67 aa）
链 F 194–260（67 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；PEG3350, LISO4, BIS-TRIS
分辨率 2.30 Å R-free 0.254
8TFU Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 1 提交 2023-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 182–261（80 aa）
突变：GSHM 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；0.48 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.2 M potassium phosphate dibasic
分辨率 1.48 Å R-free 0.220
8TFU Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 1 提交 2023-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 182–261（80 aa）
突变：GSHM 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；0.48 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.2 M potassium phosphate dibasic
分辨率 1.48 Å R-free 0.220
8TG7 Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 2 提交 2023-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 182–261（80 aa）
突变：N-terminal GSHM 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.6
分辨率 1.77 Å R-free 0.234
8TG7 Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 2 提交 2023-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 182–261（80 aa）
突变：N-terminal GSHM 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.6
分辨率 1.77 Å R-free 0.234
8TG8 Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 3 提交 2023-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 182–261（80 aa）
突变：N-terminal GSHM 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.6；298 K；1.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Tris pH 8.6
分辨率 1.58 Å R-free 0.232
8TGC Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 4 提交 2023-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 182–261（80 aa）
突变：N-TERMINAL GSHM 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；2.4 M ammonium phosphate dibasic, 0.1M Tris pH 8.5
分辨率 1.48 Å R-free 0.259
8TGC Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 4 提交 2023-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 182–261（80 aa）
突变：N-TERMINAL GSHM 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；2.4 M ammonium phosphate dibasic, 0.1M Tris pH 8.5
分辨率 1.48 Å R-free 0.259

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VBET_LAMBD
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–177； UniProt 1–177

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7ujl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7ujl
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7ujl
沉积日期 deposition_date2022-03-31
结构标题 titleBacteriophage Lambda Red-Beta N-terminal domain helical assembly in complex with dsDNA
关键词 keywords;Annealase, Synaptase, SSAP, Single-strand annealing protein, DNA annealing intermediate, Recombinase, Two-component recombinase, Viral, DNA-binding, RECOMBINATION-DNA complex ;; RECOMBINATION/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.81 Å
零角强度 I(0) i09620600.00
分子量 molecular_weight20755.0 kDa
排除体积 excluded_volume25083 ų
包络体积 envelope_volume32602 ų
水化壳体积 shell_volume15295 ų
包络直径 envelope_diameter65.3 Å
壳层 Rg shell_rg23.90 Å
包络 Rg envelope_rg19.07 Å
形状 Rg shape_rg18.79 Å
总 Rg total_rg19.64 Å
总原子数 total_atoms1447
残基数 n_residues169
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.5 Å
Rg (实空间) rg_real19.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real9.6210e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal9621000.0000
解质量估计 total_estimate0.8893
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary63.6 Å
偏度 Skewness skewness0.330
峰度 Kurtosis kurtosis-0.407
角度范围 angular_range— – 0.4050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha1911000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.878; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.923; Smooth: 0.999
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)