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7um4

Crystal structure of inactive 5-HT5AR in complex with AS2674723

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 104.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-hydroxytryptamine receptor 5A

Homo sapiens

UniProt P47898

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 22–357 突变：D65N, I278A PGS × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 NN6 ~{N}-[azanyl(azanylidene)methylidene]-5-fluoranyl-8-[2,4,6-tris(fluoranyl)phenyl]-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinoline-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；0.1 M Sodium chloride, 0.1 M Lithium sulfate, 0.1 M DL-Malic acid pH 5.9, 30 % v/v PEG 400 分辨率 2.80 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7UM4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7UM5 CryoEM structure of Go-coupled 5-HT5AR in complex with 5-CT 提交 2022-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 32–357（326 aa）
突变：H146P 8K3 3-(2-azanylethyl)-1H-indole-5-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.73 Å
7UM6 CryoEM structure of Go-coupled 5-HT5AR in complex with Lisuride 提交 2022-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 32–357（326 aa）
突变：H146P H8G N,N-diethyl-N'-[(8alpha)-6-methyl-9,10-didehydroergolin-8-yl]urea × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.79 Å
7UM7 CryoEM structure of Go-coupled 5-HT5AR in complex with Methylergometrine 提交 2022-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 32–357（326 aa）
突变：H146P H8D (8beta)-N-[(2S)-1-hydroxybutan-2-yl]-6-methyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.75 Å
7X5H Serotonin 5A (5-HT5A) receptor-Gi protein complex 提交 2022-03-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 2–357（356 aa）
未记录 8K3 3-(2-azanylethyl)-1H-indole-5-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
9W6W 5-CT-bound serotonin 5A (5-HT5A) receptor-Gi protein complex 提交 2025-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 9–357（349 aa）
未记录 8K3 3-(2-azanylethyl)-1H-indole-5-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 5HT5A_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–336； UniProt 22–357

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7um4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7um4
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7um4
沉积日期 deposition_date2022-04-06
结构标题 titleCrystal structure of inactive 5-HT5AR in complex with AS2674723
关键词 keywordsGPCR, inactive state, MEMBRANE PROTEIN, 5-HT5AR, HTR5A; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.66 Å
零角强度 I(0) i037465500.00
分子量 molecular_weight51482.0 kDa
排除体积 excluded_volume65946 ų
包络体积 envelope_volume82584 ų
水化壳体积 shell_volume24498 ų
包络直径 envelope_diameter105.2 Å
壳层 Rg shell_rg34.80 Å
包络 Rg envelope_rg30.66 Å
形状 Rg shape_rg30.67 Å
总 Rg total_rg31.03 Å
总原子数 total_atoms3622
残基数 n_residues453
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax104.5 Å
Rg (实空间) rg_real31.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.95 Å
I(0) (实空间) i0_real3.7470e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.1140e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal37460000.0000
解质量估计 total_estimate0.7553
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.1 Å
偏度 Skewness skewness0.548
峰度 Kurtosis kurtosis-0.569
角度范围 angular_range— – 0.2600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha9215000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.526; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.385; Smooth: 0.850
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7um4A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)