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7uof

Dihydroorotase from M. jannaschii

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 75.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydroorotase

Methanocaldococcus jannaschii

UniProt Q58885

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–423 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；35% PEG400, 0.1 M Na Hepes pH 7.5, 0.1 M Zn acetate. 分辨率 1.90 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7UOF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9YD7 Complex of Dihydroorotase from M. jannaschii with Carbamoyl Aspartate 提交 2025-09-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–423（423 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NCD N-CARBAMOYL-L-ASPARTATE × 1 ZN ZINC ION × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；Reservoirs: 35% PEG400, 0.1 M Zn acetate and 0.1 M Na Mes pH 6.5. Drops: 2 ul protein 6.7 mg/ml, 1 ul reservoir, 0.5 ul dihydroorotate stock of 65 mM
分辨率 1.87 Å R-free 0.186

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PYRC_METJA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–423； UniProt 1–423

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7uof

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7uof
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7uof
沉积日期 deposition_date2022-04-12
结构标题 titleDihydroorotase from M. jannaschii
关键词 keywordsHYDROLASE, DE NOVO PYRIMIDINE BIOSYNTHESIS, AMIDOHYDROLASE SUPERFAMILY, METALLOENZYME, ZINC BINDING, HISTIDINATE ANION; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.48 Å
零角强度 I(0) i037572200.00
分子量 molecular_weight48856.0 kDa
排除体积 excluded_volume61712 ų
包络体积 envelope_volume69440 ų
水化壳体积 shell_volume26353 ų
包络直径 envelope_diameter77.3 Å
壳层 Rg shell_rg28.95 Å
包络 Rg envelope_rg21.85 Å
形状 Rg shape_rg21.40 Å
总 Rg total_rg22.62 Å
总原子数 total_atoms3400
残基数 n_residues422
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax75.2 Å
Rg (实空间) rg_real22.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real3.7570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal37570000.0000
解质量估计 total_estimate0.8759
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.3 Å
偏度 Skewness skewness0.291
峰度 Kurtosis kurtosis-0.238
角度范围 angular_range— – 0.3550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9651000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.804; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.972
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)