SAXSdb — 7uui

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleolar GTP-binding protein 2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	MAGNESIUM ION × 1 POTASSIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NOG2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 m； PDB构建体 1–486； UniProt 1–486

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7uui
沉积日期 deposition_date	2022-04-28
结构标题 title	Nucleoplasmic pre-60S intermediate of the Nog2 containing post-rotation state from a SPB1 D52A strain
关键词 keywords	ribosome biogenesis, K-loop GTPase, GTPase, ribosome, 5S rRNP; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7uui__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7uui__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7uui__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.17 Å
Rg（电子密度）	32.64 Å
总 Rg	33.07 Å
原子数	3672
残基数	452
排除体积	65526 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7uui__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nucleolar GTP-binding protein 2
分子量 formula_weight	55585.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m
原子数 atom_count	3672

MGTGKKEKSRRIREGDTKDGNLRVKGENFYRDSKRVKFLNMYTSGKEIRNKKGNLIRAASFQDSTIPDARVQPDRRWFGNTRVISQDALQHFRSALGETQKDTYQVLLRRNKLPMSLLEEKDADESPKARILDTESYADAFGPKAQRKRPRLAASNLEDLVKATNEDITKYEEKQVLDATLGLMGNQEDKENGWTSAAKEAIFSKGQSKRIWNELYKVIDSSDVVIHVLDARDPLGTRCKSVEEYMKKETPHKHLIYVLNKCDLVPTWVAAAWVKHLSKERPTLAFHASITNSFGKGSLIQLLRQFSQLHTDRKQISVGFIGYPNTGKSSIINTLRKKKVCQVAPIPGETKVWQYITLMKRIFLIDCPGIVPPSSKDSEEDILFRGVVRVEHVTHPEQYIPGVLKRCQVKHLERTYEISGWKDATEFIEILARKQGRLLKGGEPDESGVSKQILNDFNRGKIPWFVLPPEKEGEEKPKKKEVEKTA

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7uuim01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7uuim02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1580 — Conserved Hypothetical Protein Ylqf; Chain: A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	50091

Nucleoplasmic pre-60S intermediate of the Nog2 containing post-rotation state from a SPB1 D52A strain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleolar GTP-binding protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7uui__assembly_1__model_1

7uui__assembly_1__model_1 | I(q)

7uui__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Nucleoplasmic pre-60S intermediate of the Nog2 containing post-rotation state from a SPB1 D52A strain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleolar GTP-binding protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7uui__assembly_1__model_1

7uui__assembly_1__model_1 | I(q)

7uui__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)