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7uwf

Human Rix1 sub-complex scaffold

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 107.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

WD repeat-containing protein 18

Homo sapiens

UniProt Q9BV38

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–432 链 B； UniProt 1–432 未记录 Modulator of non-genomic activity of estrogen receptor × 2 （C9JFV4） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7UWF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8FL2 Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State I1) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：65-meric
链 NV 1–432（432 aa）
链 NW 1–432（432 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 100 ZN ZINC ION × 5 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.67 Å
8FL3 Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State I2) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：63-meric
链 NV 1–432（432 aa）
链 NW 1–432（432 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 100 ZN ZINC ION × 5 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.53 Å
8FL4 Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State I3) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：62-meric
链 NV 1–432（432 aa）
链 NW 1–432（432 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 99 ZN ZINC ION × 5 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.89 Å
9DUM Human PELP1-WDR18-TEX10 complex 提交 2024-10-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–432（432 aa）
链 B 1–432（432 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Hepes pH8.0, 400mM NaCl, 5mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.56 Å
9DUO Human PELP1-WDR18 complex 提交 2024-10-03 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–432（432 aa）
链 B 1–432（432 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Hepes pH8.0, 250mM NaCl, 5mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.66 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 WDR18_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–432； UniProt 1–432 作者链 B； PDB构建体 1–432； UniProt 1–432

Modulator of non-genomic activity of estrogen receptor

Homo sapiens

UniProt C9JFV4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 51–692 链 D； UniProt 51–692 未记录 WD repeat-containing protein 18 × 2 （Q9BV38） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C9JFV4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 11–652； UniProt 51–692 作者链 D； PDB构建体 11–652； UniProt 51–692

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7uwf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7uwf
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7uwf
沉积日期 deposition_date2022-05-03
结构标题 titleHuman Rix1 sub-complex scaffold
关键词 keywordsscaffold, complex, WD-repeat, solenoid, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.23 Å
零角强度 I(0) i0517361000.00
分子量 molecular_weight188370.0 kDa
排除体积 excluded_volume237450 ų
包络体积 envelope_volume300810 ų
水化壳体积 shell_volume66673 ų
包络直径 envelope_diameter108.4 Å
壳层 Rg shell_rg44.93 Å
包络 Rg envelope_rg35.40 Å
形状 Rg shape_rg36.24 Å
总 Rg total_rg36.74 Å
总原子数 total_atoms13168
残基数 n_residues1754
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax107.5 Å
Rg (实空间) rg_real36.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real5.1740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.5670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal517400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8914
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary50.0 Å
偏度 Skewness skewness0.064
峰度 Kurtosis kurtosis-0.603
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha113600000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.979; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.671
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)