SAXSdb — 7uxa

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 × 1 （Q8WW01） tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 × 1 （Q8NCE0） tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 × 1 （Q7Z6J9） RNA (78-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEN34_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 44–352； UniProt 1–309

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15

Homo sapiens

UniProt Q8WW01

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34 × 1 （Q9BSV6） tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 × 1 （Q8NCE0） tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 × 1 （Q7Z6J9） RNA (78-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEN15_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–171； UniProt 1–171

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2

Homo sapiens

UniProt Q8NCE0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34 × 1 （Q9BSV6） tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 × 1 （Q8WW01） tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 × 1 （Q7Z6J9） RNA (78-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEN2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–465； UniProt 1–465

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54

Homo sapiens

UniProt Q7Z6J9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34 × 1 （Q9BSV6） tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 × 1 （Q8WW01） tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 × 1 （Q8NCE0） RNA (78-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEN54_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–526； UniProt 1–526

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7uxa
沉积日期 deposition_date	2022-05-05
结构标题 title	Human tRNA Splicing Endonuclease Complex bound to pre-tRNA-ARG
关键词 keywords	splicing endonuclease, pre-tRNA, TSEN, EndA, SPLICING-RNA complex; SPLICING/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7uxa__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7uxa__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7uxa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.65 Å
Rg（电子密度）	33.05 Å
总 Rg	33.63 Å
原子数	8120
残基数	898
排除体积	139100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7uxa__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
分子量 formula_weight	37941.3 kDa
EC 编号 ec_number	4.6.1.16
突变 mutation	Y247A,H255A,K286A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8120

MASWSHPQFEKGGGARGGSGGGSWSHPQFEKGFDYKDDDDKGTMLVVEVANGRSLVWGAEAVQALRERLGVGGRTVGALPRGPRQNSRLGLPLLLMPEEARLLAEIGAVTLVSAPRPDSRHHSLALTSFKRQQEESFQEQSALAAEARETRRQELLEKITEGQAAKKQKLEQASGASSSQEAGSSQAAKEDETSDGQASGEQEEAGPSSSQAGPSNGVAPLPRSALLVQLATARPRPVKARPLDWRVQSKDWPHAGRPAHELRYSIYRDLWERGFFLSAAGKFGGDFLVAPGDPLRFAAHYIAQCWAPEDTIPLQDLVAAGRLGTSVRATLLLCSPQPDGKVVYTSLQWASL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15
分子量 formula_weight	19996.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MEERGDSEPTPGCSGLGPGGVRGFGDGGGAPSWAPEDAWMGTHPKYLEMMELDIGDATQVYVAFLVYLDLMESKSWHEVNCVGLPELQLICLVGTEIEGEGLQTVVPTPITASLSHNRIREILKASRKLQGDPDLPMSFTLAIVESDSTIVYYKLTDGFMLPDPQNISLRRGPEQKLISEEDL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2
分子量 formula_weight	55353.0 kDa
EC 编号 ec_number	4.6.1.16
突变 mutation	Y369A, H377A, K416A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAEAVFHAPKRKRRVYETYESPLPIPFGQDHGPLKEFKIFRAEMINNNVIVRNAEDIEQLYGKGYFGKGILSRSRPSFTISDPKLVAKWKDMKTNMPIITSKRYQHSVEWAAELMRRQGQDESTVRRILKDYTKPLEHPPVKRNEEAQVHDKLNSGMVSNMEGTAGGERPSVVNGDSGKSGGVGDPREPLGCLQEGSGCHPTTESFEKSVREDASPLPHVCCCKQDALILQRGLHHEDGSQHIGLLHPGDRGPDHEYVLVEEAECAMSEREAAPNEELVQRNRLICRRNPYRIFEYLQLSLEEAFFLVYALGCLSIYYEKEPLTIVKLWKAFTVVQPTFRTTYMAYHYFRSKGWVPKVGLKYGTDLLLARKGPPFYAASYSVIIELVDDHFEGSLRRPLSWKSLAALSRVSVNVSAELMLCYLIKPSTMTDKEMESPECMKRIKVQEVILSRWVSSRERSDQDDLDYKDDDDKGFWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54
分子量 formula_weight	61863.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MEPEPEPAAVEVPAGRVLSARELFAARSRSQKLPQRSHGPKDFLPDGSAAQAERLRRCREELWQLLAEQRVERLGSLVAAEWRPEEGFVELKSPAGKFWQTMGFSEQGRQRLHPEEALYLLECGSIHLFHQDLPLSIQEAYQLLLTDHTVTFLQYQVFSHLKRLGYVVRRFQPSSVLSPYERQLNLDASVQHLEDGDGKRKRSSSSPRSINKKAKALDNSLQPKSLAASSPPPCSQPSQCPEEKPQESSPMKGPGGPFQLLGSLGPSPGPAREGVGCSWESGRAENGVTGAGKRRWNFEQISFPNMASDSRHTLLRAPAPELLPANVAGRETDAESWCQKLNQRKEKLSRREREHHAEAAQFQEDVNADPEVQRCSSWREYKELLQRRQVQRSQRRAPHLWGQPVTPLLSPGQASSPAVVLQHISVLQTTHLPDGGARLLEKSGGLEIIFDVYQADAVATFRKNNPGKPYARMCISGFDEPVPDLCSLKRLSYQSGDVPLIFALVDHGDISFYSFRDFTLPQDVGHQAYVEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA (78-MER)
分子量 formula_weight	28440.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GGCUCUGUGGCGCAAUGGAUAGCGCAUUGGACUUCUAGUGACGAAUAGAGCAAUUCAAAGGUUGUGGGUUCGAAUCCCACCAGAGUCG

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.28 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	152031

Human tRNA Splicing Endonuclease Complex bound to pre-tRNA-ARG

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7uxa__assembly_1__model_1

7uxa__assembly_1__model_1 | I(q)

7uxa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Human tRNA Splicing Endonuclease Complex bound to pre-tRNA-ARG

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7uxa__assembly_1__model_1

7uxa__assembly_1__model_1 | I(q)

7uxa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)