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7v63

Structure of dimeric uPAR at low pH

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Urokinase plasminogen activator surface receptor

Homo sapiens

UniProt Q03405

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 23–299 链 B； UniProt 23–299 未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；1.8-2.2 M ammonium sulphate in 50 mM sodium acetate at pH 4.5-5.2 分辨率 2.91 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7V63 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2FD6 Structure of Human Urokinase Plasminogen Activator in Complex with Urokinase Receptor and an anti-upar antibody at 1.9 A 提交 2005-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 U 23–297（275 aa） 片段：residues 23-297
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 ETX 2-ETHOXYETHANOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 6.5；298 K；4% PEG4000, 5% ethylene glycol, 5% methanol, 0.05% sodium azide, 50 mM cacodylate, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.276
2FD6 Structure of Human Urokinase Plasminogen Activator in Complex with Urokinase Receptor and an anti-upar antibody at 1.9 A 提交 2005-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 U 23–297（275 aa） 片段：residues 23-297
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 ETX 2-ETHOXYETHANOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 6.5；298 K；4% PEG4000, 5% ethylene glycol, 5% methanol, 0.05% sodium azide, 50 mM cacodylate, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.276
2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 23–299（277 aa） 片段：UPAR, residues 23-299
突变：N162Q, N172Q, N200Q, N233Q SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 23–299（277 aa） 片段：UPAR, residues 23-299
突变：N162Q, N172Q, N200Q, N233Q SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 23–299（277 aa） 片段：UPAR, residues 23-299
突变：N162Q, N172Q, N200Q, N233Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 23–299（277 aa） 片段：UPAR, residues 23-299
突变：N162Q, N172Q, N200Q, N233Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.265
3BT1 Structure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex 提交 2007-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 U 23–303（281 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；295 K；12% PEG 3350, 50mM HEPES pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 295K
分辨率 2.80 Å R-free 0.308
3BT2 Structure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex 提交 2007-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 U 23–303（281 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；295 K；8% PEG 4000, 2.5% ethanol, 0.05% sodium azide, 50mM cacodylate pH 6.5, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.272
3BT2 Structure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex 提交 2007-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 U 23–303（281 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；295 K；8% PEG 4000, 2.5% ethanol, 0.05% sodium azide, 50mM cacodylate pH 6.5, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.272
3U73 Crystal structure of stabilized human uPAR mutant in complex with ATF 提交 2011-10-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 23–305（283 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；295 K；0.2M NaCl, 100mM HEPES, pH7.4, 1.8 M ammonium sulfate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295.0K
分辨率 3.19 Å R-free 0.258
3U74 Crystal structure of stabilized human uPAR mutant 提交 2011-10-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 23–305（283 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；295 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 2% (w/v) PEG400, 2 M ammonium sulfate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295.0K
分辨率 2.39 Å R-free 0.252
4K24 Structure of anti-uPAR Fab ATN-658 in complex with uPAR 提交 2013-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 U 23–303（281 aa） 片段：UNP residues 23-303
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1M HEPES pH 7.5, 55%(v/v) Tacsimate, 2%(v/v) 2-methyl-1,3-propanediol, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K
分辨率 4.50 Å R-free 0.275
4QTI Crystal structure of human uPAR in complex with anti-uPAR Fab 8B12 提交 2014-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 U 23–305（283 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；48% MPD, 100mM Tris, 100mM NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.296
7E17 Structure of dimeric uPAR 提交 2021-02-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–299（277 aa）
链 B 23–299（277 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；1.8-2.2 M ammonium sulphate in 50 mM sodium acetate at pH 4.5oC5.2
分辨率 2.96 Å R-free 0.299
9YC5 Human uPAR bound to the Fab fragment of targeted cancer therapeutic antibody FL1 提交 2025-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–305（283 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20mM Tris, 150mM NaCl, 2.5% Glycerol, 1mM EDTA, pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
9YC6 Mutant human uPAR bound to the Fab fragment of the targeted cancer therapeutic antibody FL1 提交 2025-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 U 23–305（283 aa）
突变：H47C, N259C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20mM Tris, 150mM NaCl, 2.5% Glycerol, 1mM EDTA, pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å

共 11 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UPAR_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–279； UniProt 23–299 作者链 B； PDB构建体 3–279； UniProt 23–299

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7v63

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7v63
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7v63
沉积日期 deposition_date2021-08-19
结构标题 titleStructure of dimeric uPAR at low pH
关键词 keywordsGPI-anchored protein, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.67 Å
零角强度 I(0) i035895400.00
分子量 molecular_weight41094.0 kDa
排除体积 excluded_volume49349 ų
包络体积 envelope_volume81653 ų
水化壳体积 shell_volume25132 ų
包络直径 envelope_diameter89.1 Å
壳层 Rg shell_rg34.74 Å
包络 Rg envelope_rg26.59 Å
形状 Rg shape_rg28.65 Å
总 Rg total_rg29.38 Å
总原子数 total_atoms2833
残基数 n_residues371
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.7 Å
Rg (实空间) rg_real29.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real3.5900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.9660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal35900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8359
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary48.7 Å
偏度 Skewness skewness0.004
峰度 Kurtosis kurtosis-0.855
角度范围 angular_range— – 0.2700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1281000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)