7vay

V1EG domain of V/A-ATPase from Thermus thermophilus at saturated ATP-gamma-S condition, state2

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type ATP synthase alpha chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	V-type ATP synthase beta chain × 3 （Q56404） V-type ATP synthase subunit D × 1 （O87880） V-type ATP synthase subunit F × 1 （P74903） V-type ATP synthase subunit G × 2 （Q5SIT5） V-type ATP synthase subunit E × 2 （P74901） MAGNESIUM ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATA_THET8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–578； UniProt 1–578 作者链 B； PDB构建体 1–578； UniProt 1–578 作者链 C； PDB构建体 1–578； UniProt 1–578

V-type ATP synthase beta chain

物种未注明

UniProt Q56404

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	V-type ATP synthase alpha chain × 3 （Q56403） V-type ATP synthase subunit D × 1 （O87880） V-type ATP synthase subunit F × 1 （P74903） V-type ATP synthase subunit G × 2 （Q5SIT5） V-type ATP synthase subunit E × 2 （P74901） MAGNESIUM ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATB_THET8
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–478； UniProt 1–478 作者链 E； PDB构建体 1–478； UniProt 1–478 作者链 F； PDB构建体 1–478； UniProt 1–478

V-type ATP synthase subunit D

物种未注明

UniProt O87880

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	V-type ATP synthase alpha chain × 3 （Q56403） V-type ATP synthase beta chain × 3 （Q56404） V-type ATP synthase subunit F × 1 （P74903） V-type ATP synthase subunit G × 2 （Q5SIT5） V-type ATP synthase subunit E × 2 （P74901） MAGNESIUM ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATD_THET8
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–223； UniProt 1–223

V-type ATP synthase subunit F

物种未注明

UniProt P74903

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	V-type ATP synthase alpha chain × 3 （Q56403） V-type ATP synthase beta chain × 3 （Q56404） V-type ATP synthase subunit D × 1 （O87880） V-type ATP synthase subunit G × 2 （Q5SIT5） V-type ATP synthase subunit E × 2 （P74901） MAGNESIUM ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATF_THET8
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104

V-type ATP synthase subunit G

物种未注明

UniProt Q5SIT5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	V-type ATP synthase alpha chain × 3 （Q56403） V-type ATP synthase beta chain × 3 （Q56404） V-type ATP synthase subunit D × 1 （O87880） V-type ATP synthase subunit F × 1 （P74903） V-type ATP synthase subunit E × 2 （P74901） MAGNESIUM ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q5SIT5_THET8
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120 作者链 K； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120

V-type ATP synthase subunit E

物种未注明

UniProt P74901

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	V-type ATP synthase alpha chain × 3 （Q56403） V-type ATP synthase beta chain × 3 （Q56404） V-type ATP synthase subunit D × 1 （O87880） V-type ATP synthase subunit F × 1 （P74903） V-type ATP synthase subunit G × 2 （Q5SIT5） MAGNESIUM ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VATE_THET8
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–188； UniProt 1–188 作者链 L； PDB构建体 1–188； UniProt 1–188

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7vay
沉积日期 deposition_date	2021-08-30
结构标题 title	V1EG domain of V/A-ATPase from Thermus thermophilus at saturated ATP-gamma-S condition, state2
关键词 keywords	rotary ATPase, V-type ATPase, ATP synthase, Thermus thermophilus, chemo-mechanical coupling, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7vay__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7vay__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7vay__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.47 Å
Rg（电子密度）	46.95 Å
总 Rg	47.23 Å
原子数	29553
残基数	3788
排除体积	527980 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7vay__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	V-type ATP synthase alpha chain
分子量 formula_weight	63670.0 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	29553

MIQGVIQKIAGPAVIAKGMLGARMYDICKVGEEGLVGEIIRLDGDTAFVQVYEDTSGLKVGEPVVSTGLPLAVELGPGMLNGIYDGIQRPLERIREKTGIYITRGVVVHALDREKKWAWTPMVKPGDEVRGGMVLGTVPEFGFTHKILVPPDVRGRVKEVKPAGEYTVEEPVVVLEDGTELKMYHTWPVRRARPVQRKLDPNTPFLTGMRILDVLFPVAMGGTAAIPGPFGAGKSVTQQSLAKWSNADVVVYVGCGERGNEMTDVLVEFPELTDPKTGGPLMHRTVLIANTSNMPVAAREASIYVGVTIAEYFRDQGFSVALMADSTSRWAEALREISSRLEEMPAEEGYPPYLAARLAAFYERAGKVITLGGEEGAVTIVGAVSPPGGDMSEPVTQSTLRIVGAFWRLDASLAFRRHFPAINWNGSYSLFTSALDPWYRENVAEDYPELRDAISELLQREAGLQEIVQLVGPDALQDAERLVIEVGRIIREDFLQQNAYHEVDAYCSMKKAYGIMKMILAFYKEAEAAIKRGVSIDEILQLPVLERIGRARYVSEEEFPAYFEEAMKEIQGAFKALA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	V-type ATP synthase beta chain
分子量 formula_weight	53219.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

MDLLKKEYTGITYISGPLLFVENAKDLAYGAIVDIKDGTGRVRGGQVIEVSEEYAVIQVFEETTGLDLATTSVSLVEDVARLGVSKEMLGRRFNGIGKPIDGLPPITPEKRLPITGLPLNPVARRKPEQFIQTGISTIDVMNTLVRGQKLPIFSGSGLPANEIAAQIARQATVRPDLSGEGEKEEPFAVVFAAMGITQRELSYFIQEFERTGALSRSVLFLNKADDPTIERILTPRMALTVAEYLAFEHDYHVLVILTDMTNYCEALREIGAAREEIPGRRGYPGYMYTDLATIYERAGVVEGKKGSVTQIPILSMPDDDRTHPIPDLTGYITEGQIQLSRELHRKGIYPPIDPLPSLSRLMNNGVGKGKTREDHKQVSDQLYSAYANGVDIRKLVAIIGEDALTENDRRYLQFADAFERFFINQGQQNRSIEESLQIAWALLSMLPQGELKRISKDHIGKYYGQKLEEIWGAPQALD

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	V-type ATP synthase subunit D
分子量 formula_weight	24715.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MSQVSPTRMNLLQRRGQLRLAQKGVDLLKKKRDALVAEFFGLVREAMEARKALDQAAKEAYAALLLAQAFDGPEVVAGAALGVPPLEGVEAEVENVWGSKVPRLKATFPDGALLSPVGTPAYTLEASRAFRRYAEALIRVANTETRLKKIGEEIKKTTRRVNALEQVVIPGIRAQIRFIQQVLEQREREDTFRLKRIKGKIEAREAEEEGGRPNPQVEIGAGL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	V-type ATP synthase subunit F
分子量 formula_weight	11294.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MAVIADPETAQGFRLAGLEGYGASSAEEAQSLLETLVERGGYALVAVDEALLPDPERAVERLMRGRDLPVLLPIAGLKEAFQGHDVEGYMRELVRKTIGFDIKL

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	V-type ATP synthase subunit G
分子量 formula_weight	13166.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,K

MTGGLVLNAISRAGGAMGGLGLIKSLAEKEKQLLERLEAAKKEAEERVKRAEAEAKALLEEAEAKAKALEAQYRERERAETEALLARYRERAEAEAKAVREKAMARLDEAVALVLKEVLP

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	V-type ATP synthase subunit E
分子量 formula_weight	20645.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,L

MSKLEAILSQEVEAEIQALLQEAEAKAEAVKREAEEKAKALLQARERALEAQYRAALRRAESAGELLVATARTQARGEVLEEVRRRVREALEALPQKPEWPEVVRKLALEALEALPGAKALVANPEDLPHLEALARERGVELQAEPALRLGVRAVGAEGKTQVENSLLARLDRAWDALSSKVAQALWG

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	35300

V1EG domain of V/A-ATPase from Thermus thermophilus at saturated ATP-gamma-S condition, state2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type ATP synthase alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type ATP synthase beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type ATP synthase subunit D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type ATP synthase subunit F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type ATP synthase subunit G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-type ATP synthase subunit E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7vay__assembly_1__model_1

7vay__assembly_1__model_1 | I(q)

7vay__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)