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7vb2

Solution structure of human ribosomal protein uL11

Method: SOLUTION NMR Dmax: 99.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

60S ribosomal protein L12

Homo sapiens

UniProt P30050

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–165 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；306 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM sodium phosphate,50mM sodium sulfate；压力 1 NMR样品组成：0.3 mM [U-15N] human uL11, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium sulfate, 0.3 % w/v CHAPS, 5 mM DTT, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：0.3 mM [U-13C; U-15N] human uL11, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium sulfate, 0.3 % w/v CHAPS, 5 mM DTT, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：0.3 mM human uL11, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium sulfate, 0.3 % w/v CHAPS, 5 mM DTT, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7VB2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
28LN XBP1u-stalled RPL4 RNC in complex with NAC 提交 2026-02-05 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：86-meric
链 Bt 1–165（165 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å
4V6X Structure of the human 80S ribosome 提交 2013-02-27 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：89-meric
链 CK 1–165（165 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds using two pieces of filter paper, then plunge into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
分辨率 5.00 Å
5A8L Human eRF1 and the hCMV nascent peptide in the translation termination complex 提交 2015-07-16 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric
链 G 1–165（165 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 MM HEPES, 100 MM KOAC, 2.5 MM MG(OAC)2, 0. 25 MM SPERMIDINE, 2 MM DTT, 0.06 U/UL RNASIN ( AMBION), 1/625 EDTA-FREE COMPLETE PROTEASE INHIBITOR (ROCHE)；pH 7.5；20 MM HEPES, 100 MM KOAC, 2.5 MM MG(OAC)2, 0. 25 MM SPERMIDINE, 2 MM DTT, 0.06 U/UL RNASIN ( AMBION), 1/625 EDTA-FREE COMPLETE PROTEASE INHIBITOR (ROCHE)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV,
分辨率 3.80 Å
5AJ0 Cryo electron microscopy of actively translating human polysomes (POST state). 提交 2015-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric
链 Aq 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 326 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 MM HEPES-KOH, PH 7.5, 100 MM KCL, 1.5 MM MGCL2, 0.5 MM SPERMIDINE, 0.04 MM SPERMINE, 1 MM DTT；pH 7.5；20 MM HEPES-KOH, PH 7.5, 100 MM KCL, 1.5 MM MGCL2, 0.5 MM SPERMIDINE, 0.04 MM SPERMINE, 1 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 93, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK II, METHOD- BLOT FOR 2-4 SECONDS BEFORE PLUNGING,
分辨率 3.50 Å
6OLG Human ribosome nascent chain complex stalled by a drug-like small molecule (CDH1_RNC with PP tRNA) 提交 2019-04-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric
链 Aq 7–144（138 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 326 ZN ZINC ION × 5 MVM N-(3-chloropyridin-2-yl)-N-[(3R)-piperidin-3-yl]-4-(3H-[1,2,3]triazolo[4,5-b]pyridin-3-yl)benzamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6ZM7 SARS-CoV-2 Nsp1 bound to the human CCDC124-80S-EBP1 ribosome complex 提交 2020-07-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric
链 Lt 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 256 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6ZME SARS-CoV-2 Nsp1 bound to the human CCDC124-80S-eERF1 ribosome complex 提交 2020-07-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：88-meric
链 Lt 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 256 ZN ZINC ION × 8 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
6ZMI SARS-CoV-2 Nsp1 bound to the human LYAR-80S ribosome complex 提交 2020-07-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric
链 Lt 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 256 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
6ZMO SARS-CoV-2 Nsp1 bound to the human LYAR-80S-eEF1a ribosome complex 提交 2020-07-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：88-meric
链 Lt 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 256 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8FKR Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State B1) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric
链 BA 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 54 ZN ZINC ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.89 Å
8FKS Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State B2) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric
链 BA 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 61 ZN ZINC ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.88 Å
8FKT Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State C1) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric
链 BA 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 64 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.81 Å
8FKU Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State C2) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric
链 BA 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 58 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.82 Å
8FKV Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State D1) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric
链 BA 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 65 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.47 Å
8FKW Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State D2) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric
链 BA 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 59 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.50 Å
8FKX Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State E) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric
链 BA 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 61 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.59 Å
8FKY Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State F) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：59-meric
链 BA 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 70 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.67 Å
8FKZ Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State G) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric
链 BA 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 64 ZN ZINC ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 3.04 Å
8FL0 Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State H) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 BA 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 22 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.91 Å
8FL2 Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State I1) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：65-meric
链 BA 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 100 ZN ZINC ION × 5 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.67 Å
8FL3 Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State I2) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：63-meric
链 BA 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 100 ZN ZINC ION × 5 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.53 Å
8FL4 Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State I3) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：62-meric
链 BA 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 99 ZN ZINC ION × 5 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.89 Å
8FL6 Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State J1) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric
链 BA 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 88 ZN ZINC ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.62 Å
8FL7 Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State J2) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric
链 BA 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 88 ZN ZINC ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.55 Å
8FL9 Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State J3) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric
链 BA 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 88 ZN ZINC ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.75 Å
8FLA Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State K1) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric
链 BA 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 88 ZN ZINC ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.63 Å
8FLB Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State K2) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric
链 BA 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 88 ZN ZINC ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.55 Å
8FLC Human nuclear pre-60S ribosomal subunit (State K3) 提交 2022-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric
链 BA 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 88 ZN ZINC ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.
分辨率 2.76 Å
8G5Z mRNA decoding in human is kinetically and structurally distinct from bacteria (GA state) 提交 2023-02-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：87-meric
链 LK 9–155（147 aa）
未记录 SPD SPERMIDINE × 10 K POTASSIUM ION × 45 MG MAGNESIUM ION × 433 ANM ANISOMYCIN × 1 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 8 3H3 4-{(2R,5S,6E)-2-hydroxy-5-methyl-7-[(2R,3S,4E,6Z,10E)-3-methyl-12-oxooxacyclododeca-4,6,10-trien-2-yl]-4-oxooct-6-en-1-yl}piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 8 PHE PHENYLALANINE × 1 MET METHIONINE × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 ZIY plitidepsin × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.64 Å
8G60 mRNA decoding in human is kinetically and structurally distinct from bacteria (CR state) 提交 2023-02-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric
链 LK 1–165（165 aa）
未记录 SPD SPERMIDINE × 8 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 10 MG MAGNESIUM ION × 461 ANM ANISOMYCIN × 1 3H3 4-{(2R,5S,6E)-2-hydroxy-5-methyl-7-[(2R,3S,4E,6Z,10E)-3-methyl-12-oxooxacyclododeca-4,6,10-trien-2-yl]-4-oxooct-6-en-1-yl}piperidine-2,6-dione × 1 K POTASSIUM ION × 10 ZN ZINC ION × 7 PHE PHENYLALANINE × 1 MET METHIONINE × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 ZIY plitidepsin × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.54 Å
8G6J mRNA decoding in human is kinetically and structurally distinct from bacteria (GA state 2) 提交 2023-02-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric
链 LK 1–165（165 aa）
未记录 SPD SPERMIDINE × 10 K POTASSIUM ION × 34 MG MAGNESIUM ION × 337 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 8 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 HMT (3beta)-O~3~-[(2R)-2,6-dihydroxy-2-(2-methoxy-2-oxoethyl)-6-methylheptanoyl]cephalotaxine × 1 ZN ZINC ION × 8 PHE PHENYLALANINE × 1 MET METHIONINE × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 YRB (3R,6R,9S,12S,15S,18S,20R,24aR)-6-[(2S)-butan-2-yl]-3,12-bis[(1R)-1-hydroxy-2-methylpropyl]-8,9,11,17,18-pentamethyl-15-[(2S)-2-methylbutyl]hexadecahydropyrido[1,2-a][1,4,7,10,13,16,19]heptaazacyclohenicosine-1,4,7,10,13,16,19(21H)-heptone × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8IDT human nuclear pre-60S ribosomal particle - State G 提交 2023-02-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric
链 y 1–165（165 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8IDY human nuclear pre-60S ribosomal particle - State F 提交 2023-02-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric
链 y 1–165（165 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8INE human nuclear pre-60S ribosomal particle - State G' 提交 2023-03-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric
链 y 1–165（165 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8INF human nuclear pre-60S ribosomal particle - State F' 提交 2023-03-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：61-meric
链 y 1–165（165 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8INK human nuclear pre-60S ribosomal particle - State D 提交 2023-03-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric
链 y 1–165（165 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8IPD human nuclear pre-60S ribosomal particle - State C 提交 2023-03-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric
链 y 1–165（165 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8IPX human nuclear pre-60S ribosomal particle - State C' 提交 2023-03-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric
链 y 1–165（165 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
8IPY human nuclear pre-60S ribosomal particle - State D' 提交 2023-03-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric
链 y 1–165（165 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8IR1 human nuclear pre-60S ribosomal particle - State A 提交 2023-03-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric
链 y 1–165（165 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8IR3 human nuclear pre-60S ribosomal particle - State B' 提交 2023-03-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric
链 y 1–165（165 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8K2C Cryo-EM structure of the human 80S ribosome with Tigecycline 提交 2023-07-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric
链 Lt 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 259 T1C TIGECYCLINE × 9 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
8RL2 Human pre-60S - State 5 提交 2024-01-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric
链 Lt 1–165（165 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.84 Å
8XSX Cryo-EM structure of the human 80S ribosome with Tigecycline, E-tRNA, SERBP1 and eEF2 提交 2024-01-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric
链 LK 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 259 T1C TIGECYCLINE × 7 ZN ZINC ION × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
8XSY Cryo-EM structure of the human 80S ribosome with Tigecycline, e-tRNA and CCDC124 (40S head Swivelled) 提交 2024-01-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric
链 Lt 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 255 T1C TIGECYCLINE × 8 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8XSZ Cryo-EM structure of the human 80S ribosome with Tigecycline, E-tRNA and P-tRNA 提交 2024-01-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric
链 Lt 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 248 T1C TIGECYCLINE × 5 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8YOO Cryo-EM structure of the human 80S ribosome with 100 um Tigecycline 提交 2024-03-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：81-meric
链 Lt 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 257 T1C TIGECYCLINE × 6 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.00 Å
8YOP Cryo-EM structure of the human 80S ribosome with 4 um Tigecycline 提交 2024-03-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：82-meric
链 Lt 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 255 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.20 Å
9GY4 60S ribosomal subunit in complex with E3-UFM1 ligase and RQC machinery components NEMF and LTN1 (Composite map) 提交 2024-10-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric
链 t 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9I2D NMT1-NAC bound human RNC with 10 amino acid ARF1-linker 提交 2025-01-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：88-meric
链 Lt 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 191 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.19 Å
9N9J Structure of a GRP94 folding intermediate engaged with a CCDC134- and FKBP11-bound secretory translocon 提交 2025-02-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：70-meric
链 Lt 1–165（165 aa）
未记录 ELU phosphono [(3~{R},6~{E},10~{E})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-6,10,14-trienyl] hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 226 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；HEPES buffer was adjusted to pH 7.4 with potassium hydroxide.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Three microliters of affinity-purified RTCs were applied to the grid, incubated for 60 seconds, blotted for 7 seconds, drained for 0.5 seconds, and frozen in liquid nitrogen-cooled ethane.
分辨率 3.20 Å
9P6Z In situ human P-Z state 80S ribosome 提交 2025-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.97 Å
9P72 In situ human P-E state 80S ribosome 提交 2025-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9P73 In situ human eEF2-A/P-P/E state 80S ribosome 提交 2025-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 6 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.66 Å
9P76 In situ human eEF1A-A/T-P state 80S ribosome 提交 2025-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.83 Å
9P78 In situ human Hibernating rotate 3 with E-site tRNA state 80S ribosome 提交 2025-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 218 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9P79 In situ human Hibernating rotate3 with Z site tRNA state 80S ribosome 提交 2025-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 218 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9P7A In situ human hibernating class2 80S ribosome 提交 2025-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 218 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.81 Å
9P7C In situ human Hibernating class3 80S ribosome 提交 2025-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 218 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.78 Å
9P7D In situ human Hibernating class4 80S ribosome 提交 2025-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 218 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.57 Å
9P7E In situ human Hibernating class5 80S ribosome 提交 2025-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 218 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.59 Å
9P7F In situ HHT and CHX treated A-P state 80S ribosome 提交 2025-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 219 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 HMT (3beta)-O~3~-[(2R)-2,6-dihydroxy-2-(2-methoxy-2-oxoethyl)-6-methylheptanoyl]cephalotaxine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.56 Å
9P7G In situ HHT and CHX treated A-P-Z state 80S ribosome 提交 2025-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：85-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 ZN ZINC ION × 6 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 HMT (3beta)-O~3~-[(2R)-2,6-dihydroxy-2-(2-methoxy-2-oxoethyl)-6-methylheptanoyl]cephalotaxine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
9P7H In situ HHT and CHX treated human eEF1A-A/T-P state 80S ribosome 提交 2025-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 HMT (3beta)-O~3~-[(2R)-2,6-dihydroxy-2-(2-methoxy-2-oxoethyl)-6-methylheptanoyl]cephalotaxine × 1 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.68 Å
9P7I In situ HHT and CHX treated human eEF1A-A/T-P-Z state 80S ribosome 提交 2025-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 HMT (3beta)-O~3~-[(2R)-2,6-dihydroxy-2-(2-methoxy-2-oxoethyl)-6-methylheptanoyl]cephalotaxine × 1 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.69 Å
9P7J In situ HHT and CHX treated human P state 80S ribosome 提交 2025-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 HMT (3beta)-O~3~-[(2R)-2,6-dihydroxy-2-(2-methoxy-2-oxoethyl)-6-methylheptanoyl]cephalotaxine × 1 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.91 Å
9P7K In situ human post eEF1A-A/T-P-E state 80S ribosome 提交 2025-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9P7L In situ human Post-eEF1A-AT-P state 80S ribosome 提交 2025-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.92 Å
9P7N In situ human Post-eEF1A-A/T-P-Z state 80S ribosome 提交 2025-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.83 Å
9P7O In situ human AT-P-Z state ribosome 提交 2025-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.65 Å
9P7W In situ human A-P state 80S ribosome 提交 2025-06-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 ZN ZINC ION × 6 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
9P7X In situ human A-P-Z state 80S ribosome 提交 2025-06-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：85-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 219 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.83 Å
9P7Y In situ human A-P-E state 80S ribosome 提交 2025-06-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：85-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 ZN ZINC ION × 6 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å
9P8B In situ human eEF1A-A/T-P-E state 80S ribosome 提交 2025-06-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.48 Å
9P8C In situ human Hibernating class1 (rotate3) without E tRNA state 80S ribosome 提交 2025-06-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：85-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 218 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.11 Å
9P8H In situ human A/P-P/E state 80S ribosome 提交 2025-06-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 6 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.98 Å
9P8I In situ HHT and CHX treated human P-Z state 80S ribosome 提交 2025-06-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 HMT (3beta)-O~3~-[(2R)-2,6-dihydroxy-2-(2-methoxy-2-oxoethyl)-6-methylheptanoyl]cephalotaxine × 1 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.89 Å
9P9H In situ human unrotated hibernating with CCDC124 state 80S ribosome 提交 2025-06-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：85-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.84 Å
9P9I In situ human unrotated hibernating without CCDC124 state 80S ribosome 提交 2025-06-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：84-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.77 Å
9PA7 In situ human 80S consensus ribosome with EBP1 提交 2025-06-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：87-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 225 SPM SPERMINE × 8 SPD SPERMIDINE × 12 K POTASSIUM ION × 75 ZN ZINC ION × 7 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.67 Å
9PBE In situ human 80S ribosome (composite map) 提交 2025-06-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：84-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 225 SPM SPERMINE × 8 SPD SPERMIDINE × 12 K POTASSIUM ION × 75 ZN ZINC ION × 7 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.19 Å
9PKG In situ human P state 80S ribosome 提交 2025-07-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric
链 Lt 7–163（157 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 219 SPM SPERMINE × 7 SPD SPERMIDINE × 10 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å
9QIW Human pre-60S - State 3 提交 2025-03-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric
链 Lt 1–165（165 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
9QLO NMT1-NAC bound human RNC with full length ARF1 - State 1 提交 2025-03-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：88-meric
链 Lt 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 191 G3D GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.47 Å
9QLP NMT1-NAC bound human RNC with full length ARF1 - State 2 提交 2025-03-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：88-meric
链 Lt 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 191 G3D GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å
9QLQ NMT1-NAC bound human RNC with full length ARF1 - alternative State 提交 2025-03-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：88-meric
链 Lt 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 191 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.57 Å
9S3B NMT1-NAC bound human RNC with 58 amino acid ARF1-linker - State 1 提交 2025-07-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：88-meric
链 Lt 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 191 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.38 Å
9S3C NMT1-NAC bound human RNC with 58 amino acid ARF1-linker - State 2 提交 2025-07-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 82 PDB 声明：88-meric
链 Lt 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 191 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.42 Å
9S3D NAC bound human RNC with 58 amino acid ARF1-linker 提交 2025-07-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：87-meric
链 Lt 1–165（165 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 191 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.32 Å

共 89 个其他 PDB 条目、89 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL12_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–165； UniProt 1–165

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7vb2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7vb2
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7vb2
沉积日期 deposition_date2021-08-30
结构标题 titleSolution structure of human ribosomal protein uL11
关键词 keywordsribosomal protein, translation, elongation factors; RIBOSOMAL PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.76 Å
零角强度 I(0) i0471304000.00
分子量 molecular_weight178260.0 kDa
排除体积 excluded_volume223470 ų
包络体积 envelope_volume247030 ų
水化壳体积 shell_volume47774 ų
包络直径 envelope_diameter175.0 Å
壳层 Rg shell_rg44.45 Å
包络 Rg envelope_rg48.99 Å
形状 Rg shape_rg40.74 Å
总 Rg total_rg40.97 Å
总原子数 total_atoms25550
残基数 n_residues1650
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax99.3 Å
Rg (实空间) rg_real36.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real4.4630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal471100000.0000
解质量估计 total_estimate0.5974
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.3 Å
偏度 Skewness skewness0.174
峰度 Kurtosis kurtosis-1.081
角度范围 angular_range— – 0.2000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha1.7020
最高正则化参数 α highest_alpha606000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.003; Oscil: 0.887; Stabil: 0.927; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.329; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7vb2A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1550 — Ribosomal protein L11, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)