7vnm

Rba sphaeroides PufY-KO RC-LH1 monomer

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Reaction center protein L chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Reaction center protein M chain × 1 （Q3J1A6） Reaction center protein H chain × 1 （Q3J170） Light-harvesting protein B-875 alpha chain × 13 （Q3J1A4） Light-harvesting protein B-875 beta chain × 13 （Q3J1A3） Intrinsic membrane protein PufX × 1 （P13402） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 30 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 7 UBIQUINONE-10 × 2 FE (II) ION × 1 SPHEROIDENE × 22 CARDIOLIPIN × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEL_RHOS4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–282； UniProt 1–282

Reaction center protein M chain

物种未注明

UniProt Q3J1A6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Reaction center protein L chain × 1 （Q3J1A5） Reaction center protein H chain × 1 （Q3J170） Light-harvesting protein B-875 alpha chain × 13 （Q3J1A4） Light-harvesting protein B-875 beta chain × 13 （Q3J1A3） Intrinsic membrane protein PufX × 1 （P13402） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 30 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 7 UBIQUINONE-10 × 2 FE (II) ION × 1 SPHEROIDENE × 22 CARDIOLIPIN × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEM_RHOS4
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–308； UniProt 1–308

Reaction center protein H chain

物种未注明

UniProt Q3J170

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Reaction center protein L chain × 1 （Q3J1A5） Reaction center protein M chain × 1 （Q3J1A6） Light-harvesting protein B-875 alpha chain × 13 （Q3J1A4） Light-harvesting protein B-875 beta chain × 13 （Q3J1A3） Intrinsic membrane protein PufX × 1 （P13402） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 30 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 7 UBIQUINONE-10 × 2 FE (II) ION × 1 SPHEROIDENE × 22 CARDIOLIPIN × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RCEH_RHOS4
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–260； UniProt 1–260

Light-harvesting protein B-875 alpha chain

物种未注明

UniProt Q3J1A4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Reaction center protein L chain × 1 （Q3J1A5） Reaction center protein M chain × 1 （Q3J1A6） Reaction center protein H chain × 1 （Q3J170） Light-harvesting protein B-875 beta chain × 13 （Q3J1A3） Intrinsic membrane protein PufX × 1 （P13402） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 30 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 7 UBIQUINONE-10 × 2 FE (II) ION × 1 SPHEROIDENE × 22 CARDIOLIPIN × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LHA1_RHOS4
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 7； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 9； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 A； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 D； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 F； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 I； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 K； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 O； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 Q； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 S； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 U； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 W； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58

Light-harvesting protein B-875 beta chain

物种未注明

UniProt Q3J1A3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Reaction center protein L chain × 1 （Q3J1A5） Reaction center protein M chain × 1 （Q3J1A6） Reaction center protein H chain × 1 （Q3J170） Light-harvesting protein B-875 alpha chain × 13 （Q3J1A4） Intrinsic membrane protein PufX × 1 （P13402） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 30 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 7 UBIQUINONE-10 × 2 FE (II) ION × 1 SPHEROIDENE × 22 CARDIOLIPIN × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LHB1_RHOS4
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 2； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 8； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 B； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 C； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 E； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 G； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 J； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 N； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 P； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 R； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 T； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 V； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49

Intrinsic membrane protein PufX

物种未注明

UniProt P13402

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Reaction center protein L chain × 1 （Q3J1A5） Reaction center protein M chain × 1 （Q3J1A6） Reaction center protein H chain × 1 （Q3J170） Light-harvesting protein B-875 alpha chain × 13 （Q3J1A4） Light-harvesting protein B-875 beta chain × 13 （Q3J1A3） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 30 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 7 UBIQUINONE-10 × 2 FE (II) ION × 1 SPHEROIDENE × 22 CARDIOLIPIN × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PUFX_RHOS4
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–82； UniProt 1–82

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7vnm
沉积日期 deposition_date	2021-10-11
结构标题 title	Rba sphaeroides PufY-KO RC-LH1 monomer
关键词 keywords	photosystem, Complex, Mutant, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7vnm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7vnm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7vnm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.20 Å
Rg（电子密度）	42.61 Å
总 Rg	43.08 Å
原子数	20588
残基数	2112
排除体积	386460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7vnm__assembly_1__model_1`	30-meric （30）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	31477.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	20588

MALLSFERKYRVPGGTLVGGNLFDFWVGPFYVGFFGVATFFFAALGIILIAWSAVLQGTWNPQLISVYPPALEYGLGGAPLAKGGLWQIITICATGAFVSWALREVEICRKLGIGYHIPFAFAFAILAYLTLVLFRPVMMGAWGYAFPYGIWTHLDWVSNTGYTYGNFHYNPAHMIAISFFFTNALALALHGALVLSAANPEKGKEMRTPDHEDTFFRDLVGYSIGTLGIHRLGLLLSLSAVFFSALCMIITGTIWFDQWVDWWQWWVKLPWWANIPGGING

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	34529.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MAEYQNIFSQVQVRGPADLGMTEDVNLANRSGVGPFSTLLGWFGNAQLGPIYLGSLGVLSLFSGLMWFFTIGIWFWYQAGWNPAVFLRDLFFFSLEPPAPEYGLSFAAPLKEGGLWLIASFFMFVAVWSWWGRTYLRAQALGMGKHTAWAFLSAIWLWMVLGFIRPILMGSWSEAVPYGIFSHLDWTNNFSLVHGNLFYNPFHGLSIAFLYGSALLFAMHGATILAVSRFGGERELEQIADRGTAAERAALFWRWTMGFNATMEGIHRWAIWMAVLVTLTGGIGILLSGTVVDNWYVWGQNHGMAPLN

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Reaction center protein H chain
分子量 formula_weight	28066.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MVGVTAFGNFDLASLAIYSFWIFLAGLIYYLQTENMREGYPLENEDGTPAANQGPFPLPKPKTFILPHGRGTLTVPGPESEDRPIALARTAVSEGFPHAPTGDPMKDGVGPASWVARRDLPELDGHGHNKIKPMKAAAGFHVSAGKNPIGLPVRGCDLEIAGKVVDIWVDIPEQMARFLEVELKDGSTRLLPMQMVKVQSNRVHVNALSSDLFAGIPTIKSPTEVTLLEEDKICGYVAGGLMYAAPKRKSVVAAMLAEYA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-875 alpha chain
分子量 formula_weight	6816.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,F,I,K,O,Q,S,U,W,7,9,1

MSKFYKIWMIFDPRRVFVAQGVFLFLLAVMIHLILLSTPSYNWLEISAAKYNRVAVAE

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-875 beta chain
分子量 formula_weight	5592.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,G,J,N,P,R,T,V,C,8,0,2

MADKSDLGYTGLTDEQAQELHSVYMSGLWLFSAVAIVAHLAVYIWRPWF

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Intrinsic membrane protein PufX
分子量 formula_weight	9061.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MADKTIFNDHLNTNPKTNLRLWVAFQMMKGAGWAGGVFFGTLLLIGFFRVVGRMLPIQENQAPAPNITGALETGIELIKHLV

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	30

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	790.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	SPHEROIDENE
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

CATH v4.4 (11 domains)

结构域编号 domain_id	7vnmA01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	7vnmD01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	7vnmF01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	7vnmH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	50 — Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2

结构域编号 domain_id	7vnmI01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	7vnmK01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	7vnmO01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	7vnmQ01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	7vnmS01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	7vnmU01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	7vnmW01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.86 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	56391

Rba sphaeroides PufY-KO RC-LH1 monomer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Reaction center protein L chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein M chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein H chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Light-harvesting protein B-875 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Light-harvesting protein B-875 beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Intrinsic membrane protein PufX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7vnm__assembly_1__model_1

7vnm__assembly_1__model_1 | I(q)

7vnm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains