SAXSdb — 7vup

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear factor NF-kappa-B p52 subunit

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–398 链 B； UniProt 1–398	未记录	;DNA (5'-D(CPAPAPGPGPGPGPAPCPTPCPCPCPCPCPTPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APAPGPGPGPGPGPAPGPTPCPCPCPCPTPTPG)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Sodium malonate, pH 4.0, 50mM CsCl, 2.5% PEG 3350	分辨率 3.40 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7VUP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A3Q HUMAN NF-KAPPA-B P52 BOUND TO DNA 提交 1998-01-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 37–327（291 aa）链 B 37–327（291 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；THE PROTEIN-DNA COMPLEX WAS CRYSTALLIZED USING THE HANGING DROP METHOD. THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 5% PEG 4000, 5 MM MGSO4, 50 MM MES PH 6.0 AND 3 MM DTT. DROPS CONTAINED A 1:1 MIXTURE OF COMPLEX SOLUTION AND RESERVOIR SOLUTION., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.10 Å R-free 0.320
2D96 Solution structure of the Death domain of Nuclear factor NF-kappa-B p100 提交 2005-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 766–861（96 aa）片段：death domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.15mM death domain U-15N, 13C, 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3DO7 X-ray structure of a NF-kB p52/RelB/DNA complex 提交 2008-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 37–329（293 aa）片段：RHR (UNP residues 37-329)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；6% PEG 4000, 50 mM NaCl, 0.1% BOG, 10 mM DTT, 10 mM NaCitrate and 2 mM Spermidine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.05 Å R-free 0.273
4OT9 crystal structure of the C-terminal domain of p100/NF-kB2 提交 2014-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 407–765（359 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；10% PEG 4000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.35 Å R-free 0.272
4OT9 crystal structure of the C-terminal domain of p100/NF-kB2 提交 2014-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 407–765（359 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；10% PEG 4000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.35 Å R-free 0.272
5ZMC Structural Basis for Reactivation of -146C>T Mutant TERT Promoter by cooperative binding of p52 and ETS1/2 提交 2018-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 35–329（295 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.1 M HEPES pH 7.0 and 2.0 M Ammonium sulphate	分辨率 2.99 Å R-free 0.288
7CLI Structure of NF-kB p52 homodimer bound to P-Selectin kB DNA fragment 提交 2020-07-21	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–398（398 aa）链 B 1–398（398 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1M Sodium malonate, pH 4.0, 0.2M CsCl, 5% PEG 3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.275
7VUQ Structure of NF-kB p52 homodimer bound to A/T-centric P-Selectin kB DNA fragment 提交 2021-11-04	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–398（398 aa）链 B 1–398（398 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Sodium malonate, pH 4.0, 50mM CsCl, 2.5% PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.249
7W7L Structure of NF-kB p52 homodimer bound to 13-mer A/T-centric P-Selectin kB DNA fragment 提交 2021-12-05	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–327（327 aa）链 B 1–327（327 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；50mM MES, pH 6.0, 10mM MgCl2, 10% PEG 3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.258

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NFKB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–398； UniProt 1–398 作者链 B； PDB构建体 1–398； UniProt 1–398

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7vup
沉积日期 deposition_date	2021-11-04
结构标题 title	Structure of NF-kB p52 homodimer bound to +1/-1 swap P-Selectin kB DNA fragment
关键词 keywords	DNA-protein complex, transcription factor, TRANSCRIPTION, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.80 Å
零角强度 I(0) i0	113127000.00
分子量 molecular_weight	76827.0 kDa
排除体积 excluded_volume	93038 Å³
包络体积 envelope_volume	127960 Å³
水化壳体积 shell_volume	35078 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.81 Å
包络 Rg envelope_rg	32.08 Å
形状 Rg shape_rg	31.84 Å
总 Rg total_rg	32.10 Å
总原子数 total_atoms	5359
残基数 n_residues	626
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	113100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8631
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.402
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.207
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12030000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.787; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.910; Smooth: 0.946

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nuclear factor NF-kappa-B p52 subunit
分子量 formula_weight	43732.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5359

MESCYNPGLDGIIEYDDFKLNSSIVEPKEPAPETADGPYLVIVEQPKQRGFRFRYGCEGPSHGGLPGASSEKGRKTYPTVKICNYEGPAKIEVDLVTHSDPPRAHAHSLVGKQCSELGICAVSVGPKDMTAQFNNLGVLHVTKKNMMGTMIQKLQRQRLRSRPQGLTEAEQRELEQEAKELKKVMDLSIVRLRFSAFLRASDGSFSLPLKPVISQPIHDSKSPGASNLKISRMDKTAGSVRGGDEVYLLCDKVQKDDIEVRFYEDDENGWQAFGDFSPTDVHKQYAIVFRTPPYHKMKIERPVTVFLQLKRKRGGDVSDSKQFTYYPLVEDKEEVQRKRRKALPTFSQPFGGGSHMGGGSGGAAGGYGGAGGGGSLGFFPSSLAYSPYQSGAGPMGCY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPAPAPGPGPGPGPAPCPTPCPCPCPCPCPTP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	5437.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CAAGGGGACTCCCCCTTC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPGPGPGPGPGPAPGPTPCPCPCPCPTPTP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	5597.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GAAGGGGGAGTCCCCTTG

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	83.987 Å
晶胞边长 b length_b	84.289 Å
晶胞边长 c length_c	140.565 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	45.451 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2712
R_free r_free	0.2858

fit	/app/data/saxs_computation/vu/7vup/7vup.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vu/7vup/7vup.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vu/7vup/7vup.dat

Structure of NF-kB p52 homodimer bound to +1/-1 swap P-Selectin kB DNA fragment

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear factor NF-kappa-B p52 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)