7w72

Structure of a human glycosylphosphatidylinositol (GPI) transamidase

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	GPI transamidase component PIG-S × 1 （Q96S52） GPI transamidase component PIG-T × 1 （Q969N2） GPI-anchor transamidase × 1 （Q92643） Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein × 1 （O43292） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;[2-[[(2~{R})-2-hexanoyloxy-3-[(~{E})-hex-3-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)phenyl] (2~{E},4~{E})-hepta-2,4-dienoate ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PIGU_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–420； UniProt 1–420

GPI transamidase component PIG-S

Homo sapiens

UniProt Q96S52

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein × 1 （Q9H490） GPI transamidase component PIG-T × 1 （Q969N2） GPI-anchor transamidase × 1 （Q92643） Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein × 1 （O43292） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;[2-[[(2~{R})-2-hexanoyloxy-3-[(~{E})-hex-3-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)phenyl] (2~{E},4~{E})-hepta-2,4-dienoate ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PIGS_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–533； UniProt 7–539

GPI transamidase component PIG-T

Homo sapiens

UniProt Q969N2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein × 1 （Q9H490） GPI transamidase component PIG-S × 1 （Q96S52） GPI-anchor transamidase × 1 （Q92643） Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein × 1 （O43292） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;[2-[[(2~{R})-2-hexanoyloxy-3-[(~{E})-hex-3-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)phenyl] (2~{E},4~{E})-hepta-2,4-dienoate ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PIGT_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 2–527； UniProt 27–552

GPI-anchor transamidase

Homo sapiens

UniProt Q92643

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein × 1 （Q9H490） GPI transamidase component PIG-S × 1 （Q96S52） GPI transamidase component PIG-T × 1 （Q969N2） Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein × 1 （O43292） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;[2-[[(2~{R})-2-hexanoyloxy-3-[(~{E})-hex-3-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)phenyl] (2~{E},4~{E})-hepta-2,4-dienoate ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GPI8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395

Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein

Homo sapiens

UniProt O43292

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein × 1 （Q9H490） GPI transamidase component PIG-S × 1 （Q96S52） GPI transamidase component PIG-T × 1 （Q969N2） GPI-anchor transamidase × 1 （Q92643） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;[2-[[(2~{R})-2-hexanoyloxy-3-[(~{E})-hex-3-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)phenyl] (2~{E},4~{E})-hepta-2,4-dienoate ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GPAA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–621； UniProt 1–621

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7w72
沉积日期 deposition_date	2021-12-02
结构标题 title	Structure of a human glycosylphosphatidylinositol (GPI) transamidase
关键词 keywords	glycosylphosphatidylinositol, transamidase, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7w72__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7w72__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7w72__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.25 Å
Rg（电子密度）	43.97 Å
总 Rg	44.37 Å
原子数	19188
残基数	2398
排除体积	346680 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7w72__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein
分子量 formula_weight	48448.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U
原子数 atom_count	19188

MAAPLVLVLVVAVTVRAALFRSSLAEFISERVEVVSPLSSWKRVVEGLSLLDLGVSPYSGAVFHETPLIIYLFHFLIDYAELVFMITDALTAIALYFAIQDFNKVVFKKQKLLLELDQYAPDVAELIRTPMEMRYIPLKVALFYLLNPYTILSCVAKSTCAINNTLIAFFILTTIKGSAFLSAIFLALATYQSLYPLTLFVPGLLYLLQRQYIPVKMKSKAFWIFSWEYAMMYVGSLVVIICLSFFLLSSWDFIPAVYGFILSVPDLTPNIGLFWYFFAEMFEHFSLFFVCVFQINVFFYTIPLAIKLKEHPIFFMFIQIAVIAIFKSYPTVGDVALYMAFFPVWNHLYRFLRNIFVLTCIIIVCSLLFPVLWHLWIYAGSANSNFFYAITLTFNVGQILLISDYFYAFLRREYYLTHGL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GPI transamidase component PIG-S
分子量 formula_weight	59097.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

AATHLEVARGKRAALFFAAVAIVLGLPLWWKTTETYRASLPYSQISGLNALQLRLMVPVTVVFTRESVPLDDQAKLPFTVVHEREIPLKYKMKIKCRFQKAYRRALDHEEEALSSGSVQEAEAMLDEPQEQAEGSLTVYVISEHSSLLPQDMASYIGPKRTAVVRGIMHREAFNIIGRRIVQVAQAMSLTEDVLAAALADHLPEDKWSAEKRRPLKSSLGYEITFSLLNPDPKSHDVYWDIEGAVRRYVQPFLNALGAAGNFSVDSQILYYAMLGVNPRFDSASSSYYLDMHSLPHVINPVESRLGSSAASLYPVLNFLLYVPELAHSPLYIQDKDGAPVATNAFHSPRWGGIMVYNVDSKTYNASVLPVRVEVDMVRVMEVFLAQLRLLFGIAQPQLPPKCLLSGPTSEGLMTWELDRLLWARSVENLATATTTLTSLAQLLGKISNIVIKDDVASEVYKAVAAVQKSAEELASAHLASAFVASQEAVTSSELAFFDASLLHLLYFPDDQKFAIYIPLFLPMAVPILLSLVK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	GPI transamidase component PIG-T
分子量 formula_weight	60397.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

ARDSLREELVITPLPSGDVAATFQFRTRWDSELQREGVSHYRLFPKALGQLISKYSLRELHLSFTQGFWRTRYWGPPFLQAPSGAELWVWFQDTVTDVDKSWKELSNVLSGIFCASLNFIDSTNTVTPTASFKPLGLANDTDHYFLRYAVLPREVVCTENLTPWKKLLPCSSKAGLSVLLKADRLFHTSYHSQAVHIRPVCRNARCTSISWELRQTLSVVFDAFITGQGKKDWSLFRMFSRTLTEPCPLASESRVYVDITTYNQDNETLEVHPPPTTTYQDVILGTRKTYAIYDLLDTAMINNSRNLNIQLKWKRPPENEAPPVPFLHAQRYVSGYGLQKGELSTLLYNTHPYRAFPVLLLDTVPWYLRLYVHTLTITSKGKENKPSYIHYQPAQDRLQPHLLEMLIQLPANSVTKVSIQFERALLKWTEYTPDPNHGFYVSPSVLSALVPSMVAAKPVDWEESPLFNSLFPVSDGSNYFVRLYTEPLLVNLPTPDFSMPYNVICLTCTVVAVCYGSFYNLLTRTFH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	GPI-anchor transamidase
分子量 formula_weight	45302.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MAVTDSLSRAATVLATVLLLSFGSVAASHIEDQAEQFFRSGHTNNWAVLVCTSRFWFNYRHVANTLSVYRSVKRLGIPDSHIVLMLADDMACNPRNPKPATVFSHKNMELNVYGDDVEVDYRSYEVTVENFLRVLTGRIPPSTPRSKRLLSDDRSNILIYMTGHGGNGFLKFQDSEEITNIELADAFEQMWQKRRYNELLFIIDTCQGASMYERFYSPNIMALASSQVGEDSLSHQPDPAIGVHLMDRYTFYVLEFLEEINPASQTNMNDLFQVCPKSLCVSTPGHRTDLFQRDPKNVLITDFFGSVRKVEITTETIKLQQDSEIMESSYKEDQMDEKLMEPLKYAEQLPVAQIIHQKPKLKDWHPPGGFILGLWALIIMVFFKTYGIKHMKFIF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein
分子量 formula_weight	67683.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MGLLSDPVRRRALARLVLRLNAPLCVLSYVAGIAWFLALVFPPLTQRTYMSENAMGSTMVEEQFAGGDRARAFARDFAAHRKKSGALPVAWLERTMRSVGLEVYTQSFSRKLPFPDETHERYMVSGTNVYGILRAPRAASTESLVLTVPCGSDSTNSQAVGLLLALAAHFRGQIYWAKDIVFLVTEHDLLGTEAWLEAYHDVNVTGMQSSPLQGRAGAIQAAVALELSSDVVTSLDVAVEGLNGQLPNLDLLNLFQTFCQKGGLLCTLQGKLQPEDWTSLDGPLQGLQTLLLMVLRQASGRPHGSHGLFLRYRVEALTLRGINSFRQYKYDLVAVGKALEGMFRKLNHLLERLHQSFFLYLLPGLSRFVSIGLYMPAVGFLLLVLGLKALELWMQLHEAGMGLEEPGGAPGPSVPLPPSQGVGLASLVAPLLISQAMGLALYVLPVLGQHVATQHFPVAEAEAVVLTLLAIYAAGLALPHNTHRVVSTQAPDRGWMALKLVALIYLALQLGCIALTNFSLGFLLATTMVPTAALAKPHGPRTLYAALLVLTSPAATLLGSLFLWRELQEAPLSLAEGWQLFLAALAQGVLEHHTYGALLFPLLSLGLYPCWLLFWNVLFWK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	;[2-[[(2~{R})-2-hexanoyloxy-3-[(~{E})-hex-3-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)phenyl] (2~{E},4~{E})-hepta-2,4-dienoate ;
分子量 formula_weight	622.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7w72K01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	61148

Structure of a human glycosylphosphatidylinositol (GPI) transamidase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GPI transamidase component PIG-S

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GPI transamidase component PIG-T

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GPI-anchor transamidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7w72__assembly_1__model_1

7w72__assembly_1__model_1 | I(q)

7w72__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)