7w77

cryo-EM structure of human NaV1.3/beta1/beta2-bulleyaconitineA

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium channel subunit beta-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 2	Sodium channel subunit beta-2 × 1 （O60939） Sodium channel protein type 3 subunit alpha × 1 （Q9NY46） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 3 [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 16 ;[(1S,2R,3R,4R,5R,6S,8R,9S,13S,16S,17R,18R)-11-ethyl-5-hydroxy-6,16,18-trimethoxy-4-(4-methoxybenzoyl)-13-(methoxymethyl)-11-azahexacyclo[7.7.2.12,5.01,10.03,8.013,17]nonadecan-8-yl] acetate ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCN1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–218； UniProt 1–218

Sodium channel subunit beta-2

Homo sapiens

UniProt O60939

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 2	Sodium channel subunit beta-1 × 1 （Q07699） Sodium channel protein type 3 subunit alpha × 1 （Q9NY46） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 3 [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 16 ;[(1S,2R,3R,4R,5R,6S,8R,9S,13S,16S,17R,18R)-11-ethyl-5-hydroxy-6,16,18-trimethoxy-4-(4-methoxybenzoyl)-13-(methoxymethyl)-11-azahexacyclo[7.7.2.12,5.01,10.03,8.013,17]nonadecan-8-yl] acetate ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCN2B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215

Sodium channel protein type 3 subunit alpha

Homo sapiens

UniProt Q9NY46

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 2	Sodium channel subunit beta-1 × 1 （Q07699） Sodium channel subunit beta-2 × 1 （O60939） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 3 [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 16 ;[(1S,2R,3R,4R,5R,6S,8R,9S,13S,16S,17R,18R)-11-ethyl-5-hydroxy-6,16,18-trimethoxy-4-(4-methoxybenzoyl)-13-(methoxymethyl)-11-azahexacyclo[7.7.2.12,5.01,10.03,8.013,17]nonadecan-8-yl] acetate ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCN3A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1951； UniProt 1–1951

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7w77
沉积日期 deposition_date	2021-12-03
结构标题 title	cryo-EM structure of human NaV1.3/beta1/beta2-bulleyaconitineA
关键词 keywords	Ion channel, Drug, Antagonist, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7w77__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7w77__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7w77__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.68 Å
Rg（电子密度）	38.78 Å
总 Rg	39.13 Å
原子数	12039
残基数	1424
排除体积	221090 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7w77__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sodium channel subunit beta-1
分子量 formula_weight	24732.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	12051

MGRLLALVVGAALVSSACGGCVEVDSETEAVYGMTFKILCISCKRRSETNAETFTEWTFRQKGTEEFVKILRYENEVLQLEEDERFEGRVVWNGSRGTKDLQDLSIFITNVTYNHSGDYECHVYRLLFFENYEHNTSVVKKIHIEVVDKANRDMASIVSEIMMYVLIVVLTIWLVAEMIYCYKKIAAATETAAQENASEYLAITSESKENCTGVQVAE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Sodium channel subunit beta-2
分子量 formula_weight	24355.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MHRDAWLPRPAFSLTGLSLFFSLVPPGRSMEVTVPATLNVLNGSDARLPCTFNSCYTVNHKQFSLNWTYQECNNCSEEMFLQFRMKIINLKLERFQDRVEFSGNPSKYDVSVMLRNVQPEDEGIYNCYIMNPPDRHRGHGKIHLQVLMEEPPERDSTVAVIVGASVGGFLAVVILVLMVVKCVRRKKEQKLSTDDLKTEEEGKTDGEGNPDDGAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Sodium channel protein type 3 subunit alpha
分子量 formula_weight	221036.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAQALLVPPGPESFRLFTRESLAAIEKRAAEEKAKKPKKEQDNDDENKPKPNSDLEAGKNLPFIYGDIPPEMVSEPLEDLDPYYINKKTFIVMNKGKAIFRFSATSALYILTPLNPVRKIAIKILVHSLFSMLIMCTILTNCVFMTLSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKILARGFCLEDFTFLRDPWNWLDFSVIVMAYVTEFVSLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSVFALIGLQLFMGNLRNKCLQWPPSDSAFETNTTSYFNGTMDSNGTFVNVTMSTFNWKDYIGDDSHFYVLDGQKDPLLCGNGSDAGQCPEGYICVKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLSLFRLMTQDYWENLYQLTLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLVNLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFQQMLEQLKKQQEEAQAVAAASAASRDFSGIGGLGELLESSSEASKLSSKSAKEWRNRRKKRRQREHLEGNNKGERDSFPKSESEDSVKRSSFLFSMDGNRLTSDKKFCSPHQSLLSIRGSLFSPRRNSKTSIFSFRGRAKDVGSENDFADDEHSTFEDSESRRDSLFVPHRHGERRNSNVSQASMSSRMVPGLPANGKMHSTVDCNGVVSLVGGPSALTSPTGQLPPEGTTTETEVRKRRLSSYQISMEMLEDSSGRQRAVSIASILTNTMEELEESRQKCPPCWYRFANVFLIWDCCDAWLKVKHLVNLIVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAMEHYPMTEQFSSVLTVGNLVFTGIFTAEMVLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGIIVSLSLMELGLSNVEGLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKECVCKINDDCTLPRWHMNDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQTMCLIVFMLVMVIGNLVVLNLFLALLLSSFSSDNLAATDDDNEMNNLQIAVGRMQKGIDYVKNKMRECFQKAFFRKPKVIEIHEGNKIDSCMSNNTGIEISKELNYLRDGNGTTSGVGTGSSVEKYVIDENDYMSFINNPSLTVTVPIAVGESDFENLNTEEFSSESELEESKEKLNATSSSEGSTVDVVLPREGEQAETEPEEDLKPEACFTEGCIKKFPFCQVSTEEGKGKIWWNLRKTCYSIVEHNWFETFIVFMILLSSGALAFEDIYIEQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGFQTYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLVANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALVGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFYHCVNMTTGNMFDISDVNNLSDCQALGKQARWKNVKVNFDNVGAGYLALLQVATFKGWMDIMYAAVDSRDVKLQPVYEENLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPANKFQGMVFDFVTRQVFDISIMILICLNMVTMMVETDDQGKYMTLVLSRINLVFIVLFTGEFVLKLVSLRHYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAEMIEKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMSNFAYVKKEAGIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSAPPDCDPDTIHPGSSVKGDCGNPSVGIFFFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDATQFIEFSKLSDFAAALDPPLLIAKPNKVQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDALRIQMEDRFMASNPSKVSYEPITTTLKRKQEEVSAAIIQRNFRCYLLKQRLKNISSNYNKEAIKGRIDLPIKQDMIIDKLNG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
分子量 formula_weight	544.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	[(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	718.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	;[(1S,2R,3R,4R,5R,6S,8R,9S,13S,16S,17R,18R)-11-ethyl-5-hydroxy-6,16,18-trimethoxy-4-(4-methoxybenzoyl)-13-(methoxymethyl)-11-azahexacyclo[7.7.2.12,5.01,10.03,8.013,17]nonadecan-8-yl] acetate ;
分子量 formula_weight	627.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1403849

cryo-EM structure of human NaV1.3/beta1/beta2-bulleyaconitineA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium channel subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sodium channel subunit beta-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sodium channel protein type 3 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7w77__assembly_1__model_1

7w77__assembly_1__model_1 | I(q)

7w77__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

cryo-EM structure of human NaV1.3/beta1/beta2-bulleyaconitineA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium channel subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Sodium channel subunit beta-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Sodium channel protein type 3 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7w77__assembly_1__model_1

7w77__assembly_1__model_1 | I(q)

7w77__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)