SAXSdb — 7w8m

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitrile hydratase

Pseudonocardia thermophila DSM 43832

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta × 2 （Q7SID3） COBALT (II) ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1M6Q338_PSETH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–205； UniProt 1–205

Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta

Pseudonocardia thermophila

UniProt Q7SID3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Nitrile hydratase × 2 （A0A1M6Q338） COBALT (II) ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NHAB_PSETH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7w8m
沉积日期 deposition_date	2021-12-08
结构标题 title	Crystal structure of Co-type nitrile hydratase mutant from Pseudomonas thermophila - A129R
关键词 keywords	hydratase, catalyze the hydration of nitriles to form amides, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7w8m__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7w8m__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7w8m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.06 Å
Rg（电子密度）	29.35 Å
总 Rg	30.03 Å
原子数	6948
残基数	858
排除体积	122880 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7w8m__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nitrile hydratase
分子量 formula_weight	23290.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.84
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3580

MTENILRKSDEEIQKEITARVKALESMLIEQGILTTSMIDRMAEIYENEVGPHLGAKVVVKAWTDPEFKKRLLADGTEACKELGIGGLQGEDMMWVENTDEVHHVVVCTLCSCYPWPVLGLPPNWFKEPQYRSRVVREPRQLLKEEFGFEVPPSKEIKVWDSSSEMRFVVLPQRPAGTDGWSEEELATLVTRESMIGVEPAKAVA

来源 Source

来源生物 organism	Pseudonocardia thermophila DSM 43832
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1123026
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta
分子量 formula_weight	26669.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.84
突变 mutation	A129R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MNGVYDVGGTDGLGPINRPADEPVFRAEWEKVAFAMFPATFRAGFMGLDEFRFGIEQMNPAEYLESPYYWHWIRTYIHHGVRTGKIDLEELERRTQYYRENPDAPLPEHEQKPELIEFVNQAVYGGLPRSREVDRPPKFKEGDVVRFSTASPKGHARRARYVRGKTGTVVKHHGAYIYPDTAGNGLGECPEHLYTVRFTAQELWGPEGDPNSSVYYDCWEPYIELVDTKAAAA

来源 Source

来源生物 organism	Pseudonocardia thermophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1848
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	103

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晶胞边长 a length_a	65.517 Å
晶胞边长 b length_b	65.517 Å
晶胞边长 c length_c	183.754 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	22.370 Å
R 因子 r_factor	0.1805
R_work r_work	0.1774
R_free r_free	0.2402

Crystal structure of Co-type nitrile hydratase mutant from Pseudomonas thermophila - A129R

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitrile hydratase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7w8m__assembly_1__model_1

7w8m__assembly_1__model_1 | I(q)

7w8m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of Co-type nitrile hydratase mutant from Pseudomonas thermophila - A129R

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitrile hydratase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7w8m__assembly_1__model_1

7w8m__assembly_1__model_1 | I(q)

7w8m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (2)