7wc8

Crystal structure of serotonin 2A receptor in complex with lumateperone

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-hydroxytryptamine receptor 2A,5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	MAGNESIUM ION × 1 CHOLESTEROL × 4 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 11 ;1-(4-fluorophenyl)-4-[(10~{R},15~{S})-4-methyl-1,4,12-triazatetracyclo[7.6.1.0^{5,16}.0^{10,15}]hexadeca-5,7,9(16)-trien-12-yl]butan-1-one ; × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	5HT2A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–199； UniProt 67–265 作者链 A； PDB构建体 286–376； UniProt 313–403

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7wc8
沉积日期 deposition_date	2021-12-18
结构标题 title	Crystal structure of serotonin 2A receptor in complex with lumateperone
关键词 keywords	serotonin 2A receptor, serotonin, 5-HT, MEMBRANE PROTEIN, Lumateperone; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7wc8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7wc8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7wc8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.47 Å
Rg（电子密度）	27.66 Å
总 Rg	28.19 Å
原子数	3144
残基数	360
排除体积	58873 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7wc8__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5-hydroxytryptamine receptor 2A,5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562
分子量 formula_weight	42056.3 kDa
突变 mutation	S162K,M164W,M1007W,R1098I,H1102I,R1106G,S372N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3152

SLLHLQEKNWSALLTAVVIILTIAGNILVIMAVSLEKKLQNATNYFLMSLAIADMLLGFLVMPVSMLTILYGYRWPLPSKLCAVWIYLDVLFSTAKIWHLCAISLDRYVAIQNPIHHSRFNSRTKAFLKIIAVWTISVGISMPIPVFGLQDDSKVFKEGSCLLADDNFVLIGSFVSFFIPLTIMVITYFLTIKSLQKEAADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAGSGSGDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTINAYIQKYGQSISNEQKACKVLGIVFFLFVVMWCPFFITNIMAVICKESCNEDVIGALLNVFVWIGYLNSAVNPLVYTLFNKTYRSAFSRYIQCQYKENK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	;1-(4-fluorophenyl)-4-[(10~{R},15~{S})-4-methyl-1,4,12-triazatetracyclo[7.6.1.0^{5,16}.0^{10,15}]hexadeca-5,7,9(16)-trien-12-yl]butan-1-one ;
分子量 formula_weight	393.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7wc8A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c/b562

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晶胞边长 a length_a	49.470 Å
晶胞边长 b length_b	55.330 Å
晶胞边长 c length_c	179.970 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 2 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.450 Å
最低分辨率 resolution_low	47.700 Å
R 因子 r_factor	0.2197
R_work r_work	0.2185
R_free r_free	0.2438

Crystal structure of serotonin 2A receptor in complex with lumateperone

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-hydroxytryptamine receptor 2A,5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7wc8__assembly_1__model_1

7wc8__assembly_1__model_1 | I(q)

7wc8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of serotonin 2A receptor in complex with lumateperone

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-hydroxytryptamine receptor 2A,5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7wc8__assembly_1__model_1

7wc8__assembly_1__model_1 | I(q)

7wc8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)