7wld

Cryo-EM structure of the human glycosylphosphatidylinositol transamidase complex at 2.53 Angstrom resolution

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	GPI-anchor transamidase × 1 （Q92643） GPI transamidase component PIG-S × 1 （Q96S52） GPI transamidase component PIG-T × 1 （Q969N2） Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein × 1 （Q9H490） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 9 Digitonin × 1 (4S,7R)-7-[(hexadecanoyloxy)methyl]-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphahexacosan-1-aminium × 2 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 1 CALCIUM ION × 1 O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CHOLESTEROL × 5 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate × 1 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 CARDIOLIPIN × 1 [(2R)-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] octadecanoate × 1 ;[(2~{R})-1-hexadecanoyloxy-3-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (9~{Z},11~{Z})-octadeca-9,11-dienoate ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GPAA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 4–623； UniProt 2–621

GPI-anchor transamidase

Homo sapiens

UniProt Q92643

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein × 1 （O43292） GPI transamidase component PIG-S × 1 （Q96S52） GPI transamidase component PIG-T × 1 （Q969N2） Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein × 1 （Q9H490） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 9 Digitonin × 1 (4S,7R)-7-[(hexadecanoyloxy)methyl]-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphahexacosan-1-aminium × 2 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 1 CALCIUM ION × 1 O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CHOLESTEROL × 5 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate × 1 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 CARDIOLIPIN × 1 [(2R)-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] octadecanoate × 1 ;[(2~{R})-1-hexadecanoyloxy-3-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (9~{Z},11~{Z})-octadeca-9,11-dienoate ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GPI8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 4–397； UniProt 2–395

GPI transamidase component PIG-S

Homo sapiens

UniProt Q96S52

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein × 1 （O43292） GPI-anchor transamidase × 1 （Q92643） GPI transamidase component PIG-T × 1 （Q969N2） Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein × 1 （Q9H490） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 9 Digitonin × 1 (4S,7R)-7-[(hexadecanoyloxy)methyl]-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphahexacosan-1-aminium × 2 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 1 CALCIUM ION × 1 O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CHOLESTEROL × 5 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate × 1 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 CARDIOLIPIN × 1 [(2R)-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] octadecanoate × 1 ;[(2~{R})-1-hexadecanoyloxy-3-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (9~{Z},11~{Z})-octadeca-9,11-dienoate ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PIGS_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 4–557； UniProt 2–555

GPI transamidase component PIG-T

Homo sapiens

UniProt Q969N2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein × 1 （O43292） GPI-anchor transamidase × 1 （Q92643） GPI transamidase component PIG-S × 1 （Q96S52） Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein × 1 （Q9H490） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 9 Digitonin × 1 (4S,7R)-7-[(hexadecanoyloxy)methyl]-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphahexacosan-1-aminium × 2 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 1 CALCIUM ION × 1 O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CHOLESTEROL × 5 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate × 1 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 CARDIOLIPIN × 1 [(2R)-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] octadecanoate × 1 ;[(2~{R})-1-hexadecanoyloxy-3-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (9~{Z},11~{Z})-octadeca-9,11-dienoate ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PIGT_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 4–580； UniProt 2–578

Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein

Homo sapiens

UniProt Q9H490

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 1	Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein × 1 （O43292） GPI-anchor transamidase × 1 （Q92643） GPI transamidase component PIG-S × 1 （Q96S52） GPI transamidase component PIG-T × 1 （Q969N2） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 9 Digitonin × 1 (4S,7R)-7-[(hexadecanoyloxy)methyl]-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphahexacosan-1-aminium × 2 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 1 CALCIUM ION × 1 O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CHOLESTEROL × 5 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate × 1 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 CARDIOLIPIN × 1 [(2R)-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] octadecanoate × 1 ;[(2~{R})-1-hexadecanoyloxy-3-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (9~{Z},11~{Z})-octadeca-9,11-dienoate ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PIGU_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 4–437； UniProt 2–435

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7wld
沉积日期 deposition_date	2022-01-13
结构标题 title	Cryo-EM structure of the human glycosylphosphatidylinositol transamidase complex at 2.53 Angstrom resolution
关键词 keywords	GPI anchoring, GPI-AP, glycosylphosphatidylinositol transamidase, GPI transamidase, membrane protein complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7wld__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7wld__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7wld__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.60 Å
Rg（电子密度）	45.56 Å
总 Rg	45.95 Å
原子数	19732
残基数	2393
排除体积	360210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7wld__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (19)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein
分子量 formula_weight	96990.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G
原子数 atom_count	19732

MGSGLLSDPVRRRALARLVLRLNAPLCVLSYVAGIAWFLALVFPPLTQRTYMSENAMGSTMVEEQFAGGDRARAFARDFAAHRKKSGALPVAWLERTMRSVGLEVYTQSFSRKLPFPDETHERYMVSGTNVYGILRAPRAASTESLVLTVPCGSDSTNSQAVGLLLALAAHFRGQIYWAKDIVFLVTEHDLLGTEAWLEAYHDVNVTGMQSSPLQGRAGAIQAAVALELSSDVVTSLDVAVEGLNGQLPNLDLLNLFQTFCQKGGLLCTLQGKLQPEDWTSLDGPLQGLQTLLLMVLRQASGRPHGSHGLFLRYRVEALTLRGINSFRQYKYDLVAVGKALEGMFRKLNHLLERLHQSFFLYLLPGLSRFVSIGLYMPAVGFLLLVLGLKALELWMQLHEAGMGLEEPGGAPGPSVPLPPSQGVGLASLVAPLLISQAMGLALYVLPVLGQHVATQHFPVAEAEAVVLTLLAIYAAGLALPHNTHRVVSTQAPDRGWMALKLVALIYLALQLGCIALTNFSLGFLLATTMVPTAALAKPHGPRTLYAALLVLTSPAATLLGSLFLWRELQEAPLSLAEGWQLFLAALAQGVLEHHTYGALLFPLLSLGLYPCWLLFWNVLFWKGTLEVLFQGPGGSGGSASVIKPEMKIKLRMEGAVNGHKFVIEGEGIGKPYEGTQTLDLTVEEGAPLPFSYDILTPAFQYGNRAFTKYPEDIPDYFKQAFPEGYSWERSMTYEDQGICIATSDITMEGDCFFYEIRFDGTNFPPNGPVMQKKTLKWEPSTEKMYVEDGVLKGDVEMALLLEGGGHYRCDFKTTYKAKKDVRLPDAHEVDHRIEILSHDKDYNKVRLYEHAEARYSGGGSGGGGSGGGGDYKDDDDADYKDDDDA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GPI-anchor transamidase
分子量 formula_weight	73443.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MGSAVTDSLSRAATVLATVLLLSFGSVAASHIEDQAEQFFRSGHTNNWAVLVCTSRFWFNYRHVANTLSVYRSVKRLGIPDSHIVLMLADDMACNPRNPKPATVFSHKNMELNVYGDDVEVDYRSYEVTVENFLRVLTGRIPPSTPRSKRLLSDDRSNILIYMTGHGGNGFLKFQDSEEITNIELADAFEQMWQKRRYNELLFIIDTCQGASMYERFYSPNIMALASSQVGEDSLSHQPDPAIGVHLMDRYTFYVLEFLEEINPASQTNMNDLFQVCPKSLCVSTPGHRTDLFQRDPKNVLITDFFGSVRKVEITTETIKLQQDSEIMESSYKEDQMDEKLMEPLKYAEQLPVAQIIHQKPKLKDWHPPGGFILGLWALIIMVFFKTYGIKHMKFIFGTLEVLFQGPGGSGGSASVIKPEMKIKLRMEGAVNGHKFVIEGEGIGKPYEGTQTLDLTVEEGAPLPFSYDILTPAFQYGNRAFTKYPEDIPDYFKQAFPEGYSWERSMTYEDQGICIATSDITMEGDCFFYEIRFDGTNFPPNGPVMQKKTLKWEPSTEKMYVEDGVLKGDVEMALLLEGGGHYRCDFKTTYKAKKDVRLPDAHEVDHRIEILSHDKDYNKVRLYEHAEARYSGGGSGGGYPYDVPDYA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	GPI transamidase component PIG-S
分子量 formula_weight	90421.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MGSAAAGAAATHLEVARGKRAALFFAAVAIVLGLPLWWKTTETYRASLPYSQISGLNALQLRLMVPVTVVFTRESVPLDDQEKLPFTVVHEREIPLKYKMKIKCRFQKAYRRALDHEEEALSSGSVQEAEAMLDEPQEQAEGSLTVYVISEHSSLLPQDMMSYIGPKRTAVVRGIMHREAFNIIGRRIVQVAQAMSLTEDVLAAALADHLPEDKWSAEKRRPLKSSLGYEITFSLLNPDPKSHDVYWDIEGAVRRYVQPFLNALGAAGNFSVDSQILYYAMLGVNPRFDSASSSYYLDMHSLPHVINPVESRLGSSAASLYPVLNFLLYVPELAHSPLYIQDKDGAPVATNAFHSPRWGGIMVYNVDSKTYNASVLPVRVEVDMVRVMEVFLAQLRLLFGIAQPQLPPKCLLSGPTSEGLMTWELDRLLWARSVENLATATTTLTSLAQLLGKISNIVIKDDVASEVYKAVAAVQKSAEELASGHLASAFVASQEAVTSSELAFFDPSLLHLLYFPDDQKFAIYIPLFLPMAVPILLSLVKIFLETRKSWRKPEKTDGTLEVLFQGPGGSGGSASVIKPEMKIKLRMEGAVNGHKFVIEGEGIGKPYEGTQTLDLTVEEGAPLPFSYDILTPAFQYGNRAFTKYPEDIPDYFKQAFPEGYSWERSMTYEDQGICIATSDITMEGDCFFYEIRFDGTNFPPNGPVMQKKTLKWEPSTEKMYVEDGVLKGDVEMALLLEGGGHYRCDFKTTYKAKKDVRLPDAHEVDHRIEILSHDKDYNKVRLYEHAEARYSGGGSGGGGGGGGGGGEQKLISEEDL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	GPI transamidase component PIG-T
分子量 formula_weight	94207.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MGSAAAMPLALLVLLLLGPGGWCLAEPPRDSLREELVITPLPSGDVAATFQFRTRWDSELQREGVSHYRLFPKALGQLISKYSLRELHLSFTQGFWRTRYWGPPFLQAPSGAELWVWFQDTVTDVDKSWKELSNVLSGIFCASLNFIDSTNTVTPTASFKPLGLANDTDHYFLRYAVLPREVVCTENLTPWKKLLPCSSKAGLSVLLKADRLFHTSYHSQAVHIRPVCRNARCTSISWELRQTLSVVFDAFITGQGKKDWSLFRMFSRTLTEPCPLASESRVYVDITTYNQDNETLEVHPPPTTTYQDVILGTRKTYAIYDLLDTAMINNSRNLNIQLKWKRPPENEAPPVPFLHAQRYVSGYGLQKGELSTLLYNTHPYRAFPVLLLDTVPWYLRLYVHTLTITSKGKENKPSYIHYQPAQDRLQPHLLEMLIQLPANSVTKVSIQFERALLKWTEYTPDPNHGFYVSPSVLSALVPSMVAAKPVDWEESPLFNSLFPVSDGSNYFVRLYTEPLLVNLPTPDFSMPYNVICLTCTVVAVCYGSFYNLLTRTFHIEEPRTGGLAKRLANLIRRARGVPPLGTLEVLFQGPGGSGGSASVIKPEMKIKLRMEGAVNGHKFVIEGEGIGKPYEGTQTLDLTVEEGAPLPFSYDILTPAFQYGNRAFTKYPEDIPDYFKQAFPEGYSWERSMTYEDQGICIATSDITMEGDCFFYEIRFDGTNFPPNGPVMQKKTLKWEPSTEKMYVEDGVLKGDVEMALLLEGGGHYRCDFKTTYKAKKDVRLPDAHEVDHRIEILSHDKDYNKVRLYEHAEARYSGGGSGGGHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein
分子量 formula_weight	80691.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MGSAAPLVLVLVVAVTVRAALFRSSLAEFISERVEVVSPLSSWKRVVEGLSLLDLGVSPYSGAVFHETPLIIYLFHFLIDYAELVFMITDALTAIALYFAIQDFNKVVFKKQKLLLELDQYAPDVAELIRTPMEMRYIPLKVALFYLLNPYTILSCVAKSTCAINNTLIAFFILTTIKGSAFLSAIFLALATYQSLYPLTLFVPGLLYLLQRQYIPVKMKSKAFWIFSWEYAMMYVGSLVVIICLSFFLLSSWDFIPAVYGFILSVPDLTPNIGLFWYFFAEMFEHFSLFFVCVFQINVFFYTIPLAIKLKEHPIFFMFIQIAVIAIFKSYPTVGDVALYMAFFPVWNHLYRFLRNIFVLTCIIIVCSLLFPVLWHLWIYAGSANSNFFYAITLTFNVGQILLISDYFYAFLRREYYLTHGLYLTAKDGTEAMLVLKGTLEVLFQGPGGSGGSASVIKPEMKIKLRMEGAVNGHKFVIEGEGIGKPYEGTQTLDLTVEEGAPLPFSYDILTPAFQYGNRAFTKYPEDIPDYFKQAFPEGYSWERSMTYEDQGICIATSDITMEGDCFFYEIRFDGTNFPPNGPVMQKKTLKWEPSTEKMYVEDGVLKGDVEMALLLEGGGHYRCDFKTTYKAKKDVRLPDAHEVDHRIEILSHDKDYNKVRLYEHAEARYSGGGSGGGKLEFSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子量 formula_weight	486.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	Digitonin
分子量 formula_weight	1229.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	(4S,7R)-7-[(hexadecanoyloxy)methyl]-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphahexacosan-1-aminium
分子量 formula_weight	763.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
分子量 formula_weight	744.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
分子量 formula_weight	792.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate
分子量 formula_weight	303.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	179.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	[(2R)-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] octadecanoate
分子量 formula_weight	720.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 19 Entity 19 non-polymer

描述 description	;[(2~{R})-1-hexadecanoyloxy-3-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (9~{Z},11~{Z})-octadeca-9,11-dienoate ;
分子量 formula_weight	1073.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

分辨率 resolution	2.530 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.53 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	151590

Cryo-EM structure of the human glycosylphosphatidylinositol transamidase complex at 2.53 Angstrom resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GPI-anchor transamidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GPI transamidase component PIG-S

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GPI transamidase component PIG-T

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7wld__assembly_1__model_1

7wld__assembly_1__model_1 | I(q)

7wld__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (19)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 non-polymer

实体 15 Entity 15 non-polymer

实体 16 Entity 16 non-polymer

实体 17 Entity 17 non-polymer

实体 18 Entity 18 non-polymer

实体 19 Entity 19 non-polymer