7x3c

Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 muture virion in complex with nAbs 8A10 and 5F5 (CVB1-M:8A10:5F5)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Virion protein 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 480	8A10 light chain × 60 8A10 heavy chain × 60 VP2 × 60 （A0A2S0RQC2） VP3 × 60 （L7UV52） Capsid protein VP4 × 60 （A0A2S1FMR1） 5F5 light chain × 60 5F5 heavy chain × 60 PALMITIC ACID × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	8A10 light chain × 1 8A10 heavy chain × 1 VP2 × 1 （A0A2S0RQC2） VP3 × 1 （L7UV52） Capsid protein VP4 × 1 （A0A2S1FMR1） 5F5 light chain × 1 5F5 heavy chain × 1 PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 40	8A10 light chain × 5 8A10 heavy chain × 5 VP2 × 5 （A0A2S0RQC2） VP3 × 5 （L7UV52） Capsid protein VP4 × 5 （A0A2S1FMR1） 5F5 light chain × 5 5F5 heavy chain × 5 PALMITIC ACID × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 48	8A10 light chain × 6 8A10 heavy chain × 6 VP2 × 6 （A0A2S0RQC2） VP3 × 6 （L7UV52） Capsid protein VP4 × 6 （A0A2S1FMR1） 5F5 light chain × 6 5F5 heavy chain × 6 PALMITIC ACID × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	8A10 light chain × 1 8A10 heavy chain × 1 VP2 × 1 （A0A2S0RQC2） VP3 × 1 （L7UV52） Capsid protein VP4 × 1 （A0A2S1FMR1） 5F5 light chain × 1 5F5 heavy chain × 1 PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	W8GTF7_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278

VP2

物种未注明

UniProt A0A2S0RQC2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 480	8A10 light chain × 60 8A10 heavy chain × 60 Virion protein 1 × 60 （W8GTF7） VP3 × 60 （L7UV52） Capsid protein VP4 × 60 （A0A2S1FMR1） 5F5 light chain × 60 5F5 heavy chain × 60 PALMITIC ACID × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	8A10 light chain × 1 8A10 heavy chain × 1 Virion protein 1 × 1 （W8GTF7） VP3 × 1 （L7UV52） Capsid protein VP4 × 1 （A0A2S1FMR1） 5F5 light chain × 1 5F5 heavy chain × 1 PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 40	8A10 light chain × 5 8A10 heavy chain × 5 Virion protein 1 × 5 （W8GTF7） VP3 × 5 （L7UV52） Capsid protein VP4 × 5 （A0A2S1FMR1） 5F5 light chain × 5 5F5 heavy chain × 5 PALMITIC ACID × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 48	8A10 light chain × 6 8A10 heavy chain × 6 Virion protein 1 × 6 （W8GTF7） VP3 × 6 （L7UV52） Capsid protein VP4 × 6 （A0A2S1FMR1） 5F5 light chain × 6 5F5 heavy chain × 6 PALMITIC ACID × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	8A10 light chain × 1 8A10 heavy chain × 1 Virion protein 1 × 1 （W8GTF7） VP3 × 1 （L7UV52） Capsid protein VP4 × 1 （A0A2S1FMR1） 5F5 light chain × 1 5F5 heavy chain × 1 PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2S0RQC2_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332

VP3

物种未注明

UniProt L7UV52

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 480	8A10 light chain × 60 8A10 heavy chain × 60 Virion protein 1 × 60 （W8GTF7） VP2 × 60 （A0A2S0RQC2） Capsid protein VP4 × 60 （A0A2S1FMR1） 5F5 light chain × 60 5F5 heavy chain × 60 PALMITIC ACID × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	8A10 light chain × 1 8A10 heavy chain × 1 Virion protein 1 × 1 （W8GTF7） VP2 × 1 （A0A2S0RQC2） Capsid protein VP4 × 1 （A0A2S1FMR1） 5F5 light chain × 1 5F5 heavy chain × 1 PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 40	8A10 light chain × 5 8A10 heavy chain × 5 Virion protein 1 × 5 （W8GTF7） VP2 × 5 （A0A2S0RQC2） Capsid protein VP4 × 5 （A0A2S1FMR1） 5F5 light chain × 5 5F5 heavy chain × 5 PALMITIC ACID × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 48	8A10 light chain × 6 8A10 heavy chain × 6 Virion protein 1 × 6 （W8GTF7） VP2 × 6 （A0A2S0RQC2） Capsid protein VP4 × 6 （A0A2S1FMR1） 5F5 light chain × 6 5F5 heavy chain × 6 PALMITIC ACID × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	8A10 light chain × 1 8A10 heavy chain × 1 Virion protein 1 × 1 （W8GTF7） VP2 × 1 （A0A2S0RQC2） Capsid protein VP4 × 1 （A0A2S1FMR1） 5F5 light chain × 1 5F5 heavy chain × 1 PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	L7UV52_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570

Capsid protein VP4

物种未注明

UniProt A0A2S1FMR1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 480	8A10 light chain × 60 8A10 heavy chain × 60 Virion protein 1 × 60 （W8GTF7） VP2 × 60 （A0A2S0RQC2） VP3 × 60 （L7UV52） 5F5 light chain × 60 5F5 heavy chain × 60 PALMITIC ACID × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	8A10 light chain × 1 8A10 heavy chain × 1 Virion protein 1 × 1 （W8GTF7） VP2 × 1 （A0A2S0RQC2） VP3 × 1 （L7UV52） 5F5 light chain × 1 5F5 heavy chain × 1 PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 40	8A10 light chain × 5 8A10 heavy chain × 5 Virion protein 1 × 5 （W8GTF7） VP2 × 5 （A0A2S0RQC2） VP3 × 5 （L7UV52） 5F5 light chain × 5 5F5 heavy chain × 5 PALMITIC ACID × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 48	8A10 light chain × 6 8A10 heavy chain × 6 Virion protein 1 × 6 （W8GTF7） VP2 × 6 （A0A2S0RQC2） VP3 × 6 （L7UV52） 5F5 light chain × 6 5F5 heavy chain × 6 PALMITIC ACID × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	8A10 light chain × 1 8A10 heavy chain × 1 Virion protein 1 × 1 （W8GTF7） VP2 × 1 （A0A2S0RQC2） VP3 × 1 （L7UV52） 5F5 light chain × 1 5F5 heavy chain × 1 PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2S1FMR1_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7x3c
沉积日期 deposition_date	2022-02-28
结构标题 title	Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 muture virion in complex with nAbs 8A10 and 5F5 (CVB1-M:8A10:5F5)
关键词 keywords	Coxsackievirus B1, Neutralizing antibody, Cryo-EM, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7x3c__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7x3c__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7x3c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	146.80 Å
总 Rg	146.80 Å
原子数	593400
残基数	76080
排除体积	10500000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7x3c__assembly_1__model_1`	480-meric （480）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7x3c__assembly_2__model_1`	octameric （8）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`7x3c__assembly_3__model_1`	40-meric （40）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`7x3c__assembly_4__model_1`	48-meric （48）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`7x3c__assembly_5__model_1`	octameric （8）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	8A10 light chain
分子量 formula_weight	11945.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	9890

DIQMTQTKSSLSASLGDRVTISCRASQDISNYLNWYQQKPDGSVKLLIYYTSTLHSGVPSRFSGSGSGTDYSLTINSLEQEDIATYFCQQGNTFPFTFGGGTKLEIRR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	8A10 heavy chain
分子量 formula_weight	13323.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLQQSAAELARPGASVKMSCKASGYTFTTYTMHWVKQRPGQGLEWIGYINPSSRYTEYNQKFKDKTTLTADKSSSTAYMQLSSLTFEDSAVYYCARRSEADRFVYWGQGTLVTVSA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Virion protein 1
分子量 formula_weight	31207.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GPVEESVDRAVARVADTISSRPTNSESIPALTAAETGHTSQVVPSDTMQTRHVKNYHSRSESSIENFLCRSACVYYATYTNNSKKGFAEWVINTRQVAQLRRKLELFTYLRFDLELTFVITSAQQPSTASSVDAPVQTHQIMYVPPGGPVPTKVKDYAWQTSTNPSVFWTEGNAPPRMSIPFISIGNAYSCFYDGWTQFSRNGVYGINTLNNMGTLYMRHVNEAGQGPIKSTVRIYFKPKHVKAWVPRPPRLCQYEKQKNVNFSPIGVTTSRTDIITT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	VP2
分子量 formula_weight	29122.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SPSAEECGYSDRVRSITLGNSTITTQECANVVVGYGVWPEYLKDNEATAEDQPTQPDVATCRFYTLESVQWMKNSAGWWWKLPDALSQMGLFGQNMQYHYLGRTGYTIHVQCNASKFHQGCLLVVCVPEAEMGCSNLNNTPEFSELSGGDSARMFTDTQVGESNAKKVQTAVWNAGMGVGVGNLTIFPHQWINLRTNNSATLVMPYINSVPMDNMFRHNNLTLMIIPFVPLNYSEGSSPYVPITVTIAPMCAEYNGLRLASNQ

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	VP3
分子量 formula_weight	26328.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.29,3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GLPVMTTPGSTQFLTSDDFQSPSAMPQFDVTPEMQIPGRVNNLMEIAEVDSVVPVNNTEDNVSSLKAYQIPVQSNSDNGKQVFGFPLQPGANNVLNRTLLGEILNYYTHWSGSIKLTFMFCGSAMATGKFLLAYSPPGAGVPKNRKDAMLGTHVIWDVGLQSSCVLCVPWISQTHYRYVVEDEYTAAGYVTCWYQTNIVVPADVQSSCDILCFVSACNDFSVRMLKDTPFIRQDTFYQ

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Capsid protein VP4
分子量 formula_weight	7484.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGAQVSTQKTGAHETGLNASGNSVIHYTNINYYKDAASNSANRQDFTQDPGKFTEPVKDIMVKTMPALN

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	5F5 light chain
分子量 formula_weight	11218.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

QIVLSQSPAILSASPGEKVTMTCRASSSVSYLHWYQQKPGSSPKPWISATSNLASGVPARFSGSGSGTSYSLTISRVEAEDAATYYCQQWSSNPLSFGGGTKLELK

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	5F5 heavy chain
分子量 formula_weight	13506.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

EIQLQQSGPELVKPGASVKVSCKASGYSFTDYNIYWVKQSHGKSLEWIGYVDPYNGNTNYNQKFKGKATLTVDKSSSTAFMHLNSLTSEVSTVYYCARGGGYYGGGYYGMDYWGQGTSVTVSS

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	7x3cB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	7x3cE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7x3cF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7x3cH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7x3cL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.03 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	81761

Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 muture virion in complex with nAbs 8A10 and 5F5 (CVB1-M:8A10:5F5)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Virion protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

VP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

VP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Capsid protein VP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7x3c__assembly_1__model_1

7x3c__assembly_1__model_1 | I(q)

7x3c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)