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7x4d

Crystal structure of chlorotoxin mutant - Y29K

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 33.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chlorotoxin

Leiurus quinquestriatus quinquestriatus

UniProt P45639

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–36 突变：Y29K 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1 M monosodium phosphate and 0.75 M sodium citrate 分辨率 1.55 Å R-free 0.187

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7X4D Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CHL NMR SEQUENTIAL ASSIGNMENTS AND SOLUTION STRUCTURE OF CHLOROTOXIN, A SMALL SCORPION TOXIN THAT BLOCKS CHLORIDE CHANNELS 提交 1994-11-09 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–36（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
5L1C Heteronuclear Solution Structure of Chlorotoxin 提交 2016-07-28 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–36（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成 370 uM [U-13C; U-15N] Chlorotoxin, 20 mM sodium phosphate, 5 % D2O, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
6ATW Exploring Cystine Dense Peptide Space to Open a Unique Molecular Toolbox 提交 2017-08-29 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–36（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；1.1 M Na malonate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.5 % Jeffamine ED-2001 pH 7.0
分辨率 1.53 Å R-free 0.178
7SOH Exploring Cystine Dense Peptide Space to Open a Unique Molecular Toolbox 提交 2021-10-30 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–36（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M tri-Potassium Citrate, 20% (w/v) PEG3350
分辨率 1.81 Å R-free 0.212
7X41 Crystal structure of chlorotoxin, a glioma specific scorpion toxin 提交 2022-03-01 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–36（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1 M monosodium phosphate and 0.75 M sodium citrate
分辨率 1.15 Å R-free 0.157
7X43 Crystal structure of chlorotoxin mutant - M1R 提交 2022-03-01 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–36（36 aa）
突变：M1R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1 M monosodium phosphate and 0.75 M sodium citrate
分辨率 1.04 Å R-free 0.146
7X44 Crystal structure of chlorotoxin mutant - Q11N 提交 2022-03-01 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–36（36 aa）
突变：Q11N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1 M monosodium phosphate and 0.75 M sodium citrate
分辨率 1.04 Å R-free 0.133
8C5G Structure of human Neuropilin-1 b1b2 domains in complex with Chlorotoxin (Leiurus quinquestriatus) 提交 2023-01-09 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–36（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.04M Potassium phosphate monobasic 16 % w/v PEG 8000 20 % v/v Glycerol (JCSG Plus: D12)
分辨率 2.70 Å R-free 0.314
8C5G Structure of human Neuropilin-1 b1b2 domains in complex with Chlorotoxin (Leiurus quinquestriatus) 提交 2023-01-09 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–36（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.04M Potassium phosphate monobasic 16 % w/v PEG 8000 20 % v/v Glycerol (JCSG Plus: D12)
分辨率 2.70 Å R-free 0.314

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CTXL_LEIQU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–40； UniProt 1–36

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7x4d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7x4d
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7x4d
沉积日期 deposition_date2022-03-02
结构标题 titleCrystal structure of chlorotoxin mutant - Y29K
关键词 keywordsNeurotoxin, Anti-glioma migration agent, Glioma diagnosis, TOXIN; TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier9.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron8.89 Å
零角强度 I(0) i0561077.00
分子量 molecular_weight4045.0 kDa
排除体积 excluded_volume4764 ų
包络体积 envelope_volume5386 ų
水化壳体积 shell_volume5505 ų
包络直径 envelope_diameter31.2 Å
壳层 Rg shell_rg13.74 Å
包络 Rg envelope_rg9.39 Å
形状 Rg shape_rg8.96 Å
总 Rg total_rg10.18 Å
总原子数 total_atoms271
残基数 n_residues37
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax33.9 Å
Rg (实空间) rg_real9.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real5.6110e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.8700e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal9.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal561100.0000
解质量估计 total_estimate0.8726
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary11.2 Å
偏度 Skewness skewness0.359
峰度 Kurtosis kurtosis-0.198
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha81820.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.945; Smooth: 0.967
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)