7x5d

Crystal Structure of the K316C mutant of Human Lamin A/C Coil 2 (residues 244-340)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 191.1 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lamin-A/C

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 244–339 链 B； UniProt 244–339	突变：K316C	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；Tacsimate (pH 5.5), PEG 3350, methyl mercury acetate	分辨率 1.82 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7X5D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1IFR Structure of Lamin A/C Globular Domain 提交 2001-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 436–552（117 aa）片段：residues 436-552	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG4000, ammonium acetate, DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.40 Å
1IVT NMR structures of the C-terminal globular domain of human lamin A/C 提交 2002-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 428–549（122 aa）片段：C-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；303 K；压力 ambient NMR样品组成 1mM U-15N,13C; 20mM phosphate buffer K \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM U-15N; 20mM phosphate buffer K \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM U-15N,13C; 20mM phosphate buffer K \| 100% D2O	分辨率未提供
1X8Y Human lamin coil 2B 提交 2004-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 305–387（83 aa）片段：human lamin A fragment (residues 305-387)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.7M Na/K tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.305
2XV5 Human lamin A coil 2B fragment 提交 2010-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 328–398（71 aa）片段：HUMAN LAMIN A FRAGMENT, RESIDUES 328-398 链 B 328–398（71 aa）片段：HUMAN LAMIN A FRAGMENT, RESIDUES 328-398	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；73% MPD, 10 MM TRIS-HCL, PH 8.5 AND 100 MM NACL, 293 K	分辨率 2.40 Å R-free 0.284
2YPT Crystal structure of the human nuclear membrane zinc metalloprotease ZMPSTE24 mutant (E336A) in complex with a synthetic CSIM tetrapeptide from the C-terminus of prelamin A 提交 2012-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 661–664（4 aa）片段：C-TERMINAL TETRAPEPTIDE, RESIDUES 661-664	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.1M HEPES PH 7.0, 0.1M CALCIUM CHLORIDE, 29%(V/V) PEG 400	分辨率 3.80 Å R-free 0.281
2YPT Crystal structure of the human nuclear membrane zinc metalloprotease ZMPSTE24 mutant (E336A) in complex with a synthetic CSIM tetrapeptide from the C-terminus of prelamin A 提交 2012-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 661–664（4 aa）片段：C-TERMINAL TETRAPEPTIDE, RESIDUES 661-664	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.1M HEPES PH 7.0, 0.1M CALCIUM CHLORIDE, 29%(V/V) PEG 400	分辨率 3.80 Å R-free 0.281
2YPT Crystal structure of the human nuclear membrane zinc metalloprotease ZMPSTE24 mutant (E336A) in complex with a synthetic CSIM tetrapeptide from the C-terminus of prelamin A 提交 2012-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 661–664（4 aa）片段：C-TERMINAL TETRAPEPTIDE, RESIDUES 661-664	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.1M HEPES PH 7.0, 0.1M CALCIUM CHLORIDE, 29%(V/V) PEG 400	分辨率 3.80 Å R-free 0.281
2YPT Crystal structure of the human nuclear membrane zinc metalloprotease ZMPSTE24 mutant (E336A) in complex with a synthetic CSIM tetrapeptide from the C-terminus of prelamin A 提交 2012-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 661–664（4 aa）片段：C-TERMINAL TETRAPEPTIDE, RESIDUES 661-664	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.1M HEPES PH 7.0, 0.1M CALCIUM CHLORIDE, 29%(V/V) PEG 400	分辨率 3.80 Å R-free 0.281
3GEF Crystal structure of the R482W mutant of lamin A/C 提交 2009-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 436–552（117 aa）片段：Lamin A/C globular domain	突变：R482W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；0.9M sodium citrate, 20mM DTT, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.253
3GEF Crystal structure of the R482W mutant of lamin A/C 提交 2009-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 436–552（117 aa）片段：Lamin A/C globular domain	突变：R482W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；0.9M sodium citrate, 20mM DTT, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.253
3GEF Crystal structure of the R482W mutant of lamin A/C 提交 2009-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 436–552（117 aa）片段：Lamin A/C globular domain	突变：R482W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；0.9M sodium citrate, 20mM DTT, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.253
3GEF Crystal structure of the R482W mutant of lamin A/C 提交 2009-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 436–552（117 aa）片段：Lamin A/C globular domain	突变：R482W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；0.9M sodium citrate, 20mM DTT, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.253
3V4Q Structure of R335W mutant of human Lamin 提交 2011-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 313–386（74 aa）片段：Coil 2b	突变：R335W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；15% Ethanol, 0.1M Citrate pH 5.5, 0.2 M Litium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.06 Å R-free 0.282
3V4Q Structure of R335W mutant of human Lamin 提交 2011-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 313–386（74 aa）片段：Coil 2b	突变：R335W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；15% Ethanol, 0.1M Citrate pH 5.5, 0.2 M Litium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.06 Å R-free 0.282
3V4W Structure of E347K mutant of Lamin 提交 2011-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 313–386（74 aa）片段：Coil 2b	突变：E347K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；30% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.6, 0.2 M Sodium Chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 3.70 Å R-free 0.339
3V4W Structure of E347K mutant of Lamin 提交 2011-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 313–386（74 aa）片段：Coil 2b	突变：E347K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；30% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.6, 0.2 M Sodium Chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 3.70 Å R-free 0.339
3V5B Structure of Coil 2b of human lamin 提交 2011-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 313–386（74 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；30% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M Hepes pH 7.5, 0.5 M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
3V5B Structure of Coil 2b of human lamin 提交 2011-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 313–386（74 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；30% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M Hepes pH 7.5, 0.5 M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
6GHD Structural analysis of the ternary complex between lamin A/C, BAF and emerin identifies an interface disrupted in autosomal recessive progeroid diseases 提交 2018-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 428–546（119 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；25% PEG3.350, 20mM Tris-BispH5.5, 30mM NaCl, 0.2M NH4SO4	分辨率 2.10 Å R-free 0.247
6GHD Structural analysis of the ternary complex between lamin A/C, BAF and emerin identifies an interface disrupted in autosomal recessive progeroid diseases 提交 2018-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 428–546（119 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；25% PEG3.350, 20mM Tris-BispH5.5, 30mM NaCl, 0.2M NH4SO4	分辨率 2.10 Å R-free 0.247
6JLB Crystal structure of lamin A/C fragment and assembly mechanisms of intermediate filaments 提交 2019-03-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–300（300 aa）链 B 1–300（300 aa）链 C 1–300（300 aa）链 D 1–300（300 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；287 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 0.9 M Lithium chloride, 7% (v/v) PEG 8000	分辨率 3.21 Å R-free 0.261
6RPR LEM domain of Emerin mutant T43I in complex with BAF dimer and the Igfold of the lamin A/C 提交 2019-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 318–433（116 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；18% PEG 3350, 100 mM Tris Bis pH 5.5, 0.1 M NH4SO4	分辨率 2.26 Å R-free 0.244
6SNZ Crystal structure of lamin A coil1b tetramer 提交 2019-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 65–222（158 aa）链 B 65–222（158 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 8K 10%, Imodazole 0.1M, Calcium acetate 0.2M	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
6SNZ Crystal structure of lamin A coil1b tetramer 提交 2019-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 65–222（158 aa）链 D 65–222（158 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 8K 10%, Imodazole 0.1M, Calcium acetate 0.2M	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
6YF5 Lamin A 17-70 coil1A dimer stabilized by C-terminal capping 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–70（54 aa）链 B 17–70（54 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；277 K；35.7% (w/v) 1,6-hexanediol, 5% (w/v) PEG 1K and 0.1 M trisodium citrate dihydrate	分辨率 1.83 Å R-free 0.255
6YF5 Lamin A 17-70 coil1A dimer stabilized by C-terminal capping 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 17–70（54 aa）链 D 17–70（54 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；277 K；35.7% (w/v) 1,6-hexanediol, 5% (w/v) PEG 1K and 0.1 M trisodium citrate dihydrate	分辨率 1.83 Å R-free 0.255
6YJD Lamin A coil2 dimer stabilized by N-terminal capping 提交 2020-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 326–403（78 aa）	突变：F40C	NI NICKEL (II) ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；277 K；35% (v/v) methanol, 0.2 M MgCl2 and 0.1 M HEPES	分辨率 2.90 Å R-free 0.304
6YSH Lamin A 1-70 coil1A dimer stabilized by C-terminal capping 提交 2020-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–70（46 aa）链 B 26–70（45 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；0.1M NaH2PO4 H2O,0.1M KH2PO4,2.0M NaCl,0.1M Mes H20 pH 6	分辨率 2.83 Å R-free 0.281
7CRG Beta-strand-mediated dimeric formation of the extended Ig-like domains of human lamin A/C 提交 2020-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 406–553（148 aa）链 C 406–553（148 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；0.2 M Potassium Chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5, 35%(v/v) Pentaerythritol Propoxylate (5/4PO/OH)	分辨率 1.80 Å R-free 0.216
7CRG Beta-strand-mediated dimeric formation of the extended Ig-like domains of human lamin A/C 提交 2020-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 406–553（148 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；0.2 M Potassium Chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5, 35%(v/v) Pentaerythritol Propoxylate (5/4PO/OH)	分辨率 1.80 Å R-free 0.216
7D9N Crystal structure of a non-canonic progeria mutation S143F at lamin A/C and its structural implication to the premature aging 提交 2020-10-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–229（203 aa）链 B 27–229（203 aa）	突变：S143F 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S143F 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；0.2 M Tris-Hcl pH8 0.1 M Sodium citrate 18% PEG 400	分辨率 3.70 Å R-free 0.304
7YVD The crystal structure of the progerin C-terminal peptide and the Ig-like domain of lamin A/C 提交 2022-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 421–552（132 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SEC SELENOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；287 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% (v/v) Polyethylene glycol 300	分辨率 2.10 Å R-free 0.195
7YVD The crystal structure of the progerin C-terminal peptide and the Ig-like domain of lamin A/C 提交 2022-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 421–552（132 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SEC SELENOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；287 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% (v/v) Polyethylene glycol 300	分辨率 2.10 Å R-free 0.195
7YVD The crystal structure of the progerin C-terminal peptide and the Ig-like domain of lamin A/C 提交 2022-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 421–552（132 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SEC SELENOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；287 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% (v/v) Polyethylene glycol 300	分辨率 2.10 Å R-free 0.195
7Z21 BAF A12T bound to the lamin A/C Ig-fold domain 提交 2022-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 411–566（156 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；3 M ammonium sulfate 0.1 M bicine pH 9	分辨率 1.63 Å R-free 0.300
7Z21 BAF A12T bound to the lamin A/C Ig-fold domain 提交 2022-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 411–566（156 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；3 M ammonium sulfate 0.1 M bicine pH 9	分辨率 1.63 Å R-free 0.300
9J8M Cryo-EM structure of BAF-Lamin A/C IgF-nucleosome complex (High mobility complex) 提交 2024-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric	链 M 411–566（156 aa）片段：Ig-fold domain	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.82 Å
9J8N Cryo-EM structure of BAF-Lamin A/C IgF-nucleosome complex (Low mobility complex) 提交 2024-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：32-meric	链 M 411–566（156 aa）片段：Ig-fold domain 链 P 411–566（156 aa）片段：Ig-fold domain 链 m 411–566（156 aa）片段：Ig-fold domain 链 p 411–566（156 aa）片段：Ig-fold domain	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.14 Å
9J8O Cryo-EM structure of BAF-Lamin A/C IgF-H1-nucleosome complex 提交 2024-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：28-meric	链 M 411–566（156 aa）片段：Ig-fold domain 链 m 411–566（156 aa）片段：Ig-fold domain	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.05 Å
9UL6 Crystal structure of Lamin A/C Ig-like domain mutant - R435C 提交 2025-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 406–552（147 aa）链 C 406–552（147 aa）	突变：R435C 突变：R435C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 30% v/v Jeffamine ED-2001 pH 7.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.276
9UL6 Crystal structure of Lamin A/C Ig-like domain mutant - R435C 提交 2025-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 406–552（147 aa）	突变：R435C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 30% v/v Jeffamine ED-2001 pH 7.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.276

共 24 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LMNA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–103； UniProt 244–339 作者链 B； PDB构建体 8–103； UniProt 244–339

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7x5d
沉积日期 deposition_date	2022-03-04
结构标题 title	Crystal Structure of the K316C mutant of Human Lamin A/C Coil 2 (residues 244-340)
关键词 keywords	lamin, intermediate filament, nuclear, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.40 Å
零角强度 I(0) i0	9608470.00
分子量 molecular_weight	22222.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27105 Å³
包络体积 envelope_volume	46486 Å³
水化壳体积 shell_volume	11894 Å³
包络直径 envelope_diameter	189.4 Å
壳层 Rg shell_rg	32.18 Å
包络 Rg envelope_rg	50.57 Å
形状 Rg shape_rg	47.47 Å
总 Rg total_rg	46.05 Å
总原子数 total_atoms	1559
残基数 n_residues	193
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	191.1 Å
Rg (实空间) rg_real	45.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.6080e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1720e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9590000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5394
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	15.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.806
峰度 Kurtosis kurtosis	0.054
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	521400.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.002; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.002; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	29.788 Å
晶胞边长 b length_b	40.966 Å
晶胞边长 c length_c	140.714 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.820 Å
最低分辨率 resolution_low	20.100 Å
R 因子 r_factor	0.2409
R_work r_work	0.2388
R_free r_free	0.2792

描述 description	Lamin-A/C
分子量 formula_weight	11770.0 kDa
突变 mutation	K316C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1683

Crystal Structure of the K316C mutant of Human Lamin A/C Coil 2 (residues 244-340)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lamin-A/C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	124

fit	/app/data/saxs_computation/x5/7x5d/7x5d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x5/7x5d/7x5d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x5/7x5d/7x5d.dat