7x8f

Crystal structure of ENL T4 mutant YEATS domain in complex with histone H3 acetylation at K27

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 71.2 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein ENL

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–148	突变：insertions	H3K27ac(24-27) peptide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 20 % (v/v) 2-propanol	分辨率 2.44 Å R-free 0.252
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–148	突变：insertions	H3K27ac(24-27) peptide × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 20 % (v/v) 2-propanol	分辨率 2.44 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7X8F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5J9S ENL YEATS in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2016-04-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）片段：UNP residues 1-148	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M K/Na Tartrate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 2M (NH4)2SO4	分辨率 2.70 Å R-free 0.210
6HPW Crystal structure of ENL (MLLT1) in complex with compound 20 提交 2018-09-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 GKT 3-iodanyl-4-methyl-~{N}-[2-(piperidin-1-ylmethyl)-3~{H}-benzimidazol-5-yl]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M bis-tris, pH 5.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.281
6HPX Crystal structure of ENL (MLLT1) in complex with compound 19 提交 2018-09-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GKQ ~{N}-[(3-chlorophenyl)methyl]-1-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)benzimidazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；25% medium molecular weight PEG smears, 0.1M citrate, pH 5.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.261
6HPY Crystal structure of ENL (MLLT1) in complex with compound 12 提交 2018-09-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 GKN 3-[4-[(4-~{tert}-butylphenyl)carbonylamino]phenyl]propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M bis-tris, pH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.260
6HPZ Crystal structure of ENL (MLLT1) in complex with acetyllysine 提交 2018-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）片段：YEATS domain	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ALY N(6)-ACETYLLYSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；25% PEG 1500	分辨率 2.30 Å R-free 0.296
6HQ0 Crystal structure of ENL (MLLT1), apo form 提交 2018-09-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；30% PEG 2000MME, 0.1M KBr	分辨率 1.81 Å R-free 0.237
6HT0 Crystal structure of MLLT1 (ENL) YEATS domain in complexed with compound 94 提交 2018-10-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 GQ8 1-cyclopropyl-~{N}-[2-[[(2~{S})-2-methylpyrrolidin-1-yl]methyl]-3~{H}-benzimidazol-5-yl]indazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；25% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M bis-tris pH 5.5 or 25% PEG Smear Medi-um, 0.1M citrate pH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.230
6HT1 Crystal structure of MLLT1 (ENL) YEATS domain in complexed with SGC-iMLLT (compound 92) 提交 2018-10-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GQ5 1-methyl-~{N}-[2-[[(2~{S})-2-methylpyrrolidin-1-yl]methyl]-3~{H}-benzimidazol-5-yl]indazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；25% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M bis-tris pH 5.5 or 25% PEG Smear Medi-um, 0.1M citrate pH 5.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.252
6T1I Crystal structure of MLLT1 (ENL) YEATS domain in complexed with piperazine-urea derivative 1 提交 2019-10-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	M7W 4-(4-ethanoylphenyl)-~{N}-[(6-methoxypyridin-3-yl)methyl]piperazine-1-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M bis-tris pH 6.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.232
6T1J Crystal structure of MLLT1 (ENL) YEATS domain in complexed with piperazine-urea derivative 2 提交 2019-10-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 M7T ~{N}-[[4-(pyrrolidin-1-ylmethyl)phenyl]methyl]-4-thiophen-2-ylcarbonyl-piperazine-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M bis-tris pH 6.5	分辨率 1.97 Å R-free 0.275
6T1L Crystal structure of MLLT1 (ENL) YEATS domain in complexed with piperazine-urea derivative 3 提交 2019-10-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 M7N ~{N}-[[4-(diethylaminomethyl)phenyl]methyl]-4-pyrimidin-2-yl-piperazine-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2M sodium chloride, 0.1 M bis-tris pH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.265
6T1M Crystal structure of MLLT1 (ENL) YEATS domain in complexed with benzimidazole-amide derivative 4 提交 2019-10-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	M8K 4-cyano-~{N}-[2-(piperidin-1-ylmethyl)-1~{H}-benzimidazol-5-yl]benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M bis-tris pH 5.5	分辨率 1.85 Å R-free 0.275
6T1N Crystal structure of MLLT1 (ENL) YEATS domain in complexed with benzimidazole-amide derivative 5 提交 2019-10-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	M7Z 4-chloranyl-~{N}-[2-(piperidin-1-ylmethyl)-3~{H}-benzimidazol-5-yl]benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M bis-tris pH 5.5	分辨率 1.95 Å R-free 0.266
6T1O Crystal structure of MLLT1 (ENL) YEATS domain in complexed with benzimidazole-amide derivative 6 提交 2019-10-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	M82 4-iodanyl-~{N}-[2-(piperidin-1-ylmethyl)-3~{H}-benzimidazol-5-yl]benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；25% PEG 3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.251
7B0T Crystal structure of MLLT1 YEATS domain T3 mutant in complex with benzimidazole-amide based compound 1 提交 2020-11-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomer	链 A 1–148（148 aa）	未记录	GKT 3-iodanyl-4-methyl-~{N}-[2-(piperidin-1-ylmethyl)-3~{H}-benzimidazol-5-yl]benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；28% PEG 3350, 0.2M NaOAc, 0.1M Bis-Tris, pH6.0	分辨率 2.05 Å R-free 0.276
7B10 Crystal structure of MLLT1 YEATS domain T1 mutant in complex with benzimidazole-amide based compound 1 提交 2020-11-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomer	链 A 1–148（148 aa）	未记录	GKT 3-iodanyl-4-methyl-~{N}-[2-(piperidin-1-ylmethyl)-3~{H}-benzimidazol-5-yl]benzamide × 1 IOD IODIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% w/v PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5	分辨率 1.92 Å R-free 0.209
7E74 Crystal structure of ENL YEATS domain T3 mutant in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2021-02-25	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	突变：N111K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
7E74 Crystal structure of ENL YEATS domain T3 mutant in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2021-02-25	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–148（148 aa）	突变：N111K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
7E74 Crystal structure of ENL YEATS domain T3 mutant in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2021-02-25	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–148（148 aa）	突变：N111K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
7E74 Crystal structure of ENL YEATS domain T3 mutant in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2021-02-25	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–148（148 aa）	突变：N111K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
7E7A Crystal structure of apo ENL YEATS domain T3 mutant 提交 2021-02-25	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	突变：N111K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6	分辨率 2.64 Å R-free 0.230
7E7A Crystal structure of apo ENL YEATS domain T3 mutant 提交 2021-02-25	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–148（148 aa）	突变：N111K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6	分辨率 2.64 Å R-free 0.230
7E7A Crystal structure of apo ENL YEATS domain T3 mutant 提交 2021-02-25	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–148（148 aa）	突变：N111K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6	分辨率 2.64 Å R-free 0.230
7E7A Crystal structure of apo ENL YEATS domain T3 mutant 提交 2021-02-25	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–148（148 aa）	突变：N111K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6	分辨率 2.64 Å R-free 0.230
7E7C Crystal structure of ENL YEATS domain T1 mutant in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2021-02-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG 4000, 0.1M MES pH 6.5, 0.2M Potassium iodide	分辨率 1.84 Å R-free 0.251
7X88 Crystal structure of ENL YEATS domain T2 mutant in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2022-03-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	突变：Deletion 112-113, V114L	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；20% (w/v) PE G3350, 0.1M sodium citrate/citric acid pH 4.0, 0.2M sodium citrate tribasic	分辨率 2.25 Å R-free 0.240
7X8B Crystal structure of ENL T1 mutant YEATS domain in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2022-03-11	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20 % (w/v) PEG 4000, 0.1M sodium citrate pH5.6, 20 % (v/v) 2-propanol	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
7X8B Crystal structure of ENL T1 mutant YEATS domain in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2022-03-11	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–148（148 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20 % (w/v) PEG 4000, 0.1M sodium citrate pH5.6, 20 % (v/v) 2-propanol	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
7X8G Crystal structure of ENL T1(H116P) mutant YEATS domain in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2022-03-12	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	突变：insertions	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20 % (w/v) PEG 4000, 0.1M sodium citrate pH 5.6, 20 % (v/v) 2-propanol	分辨率 1.91 Å R-free 0.230
7X8G Crystal structure of ENL T1(H116P) mutant YEATS domain in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2022-03-12	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–148（148 aa）	突变：insertions	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20 % (w/v) PEG 4000, 0.1M sodium citrate pH 5.6, 20 % (v/v) 2-propanol	分辨率 1.91 Å R-free 0.230
8PJI MLLT1 in complex with compound 10a 提交 2023-06-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 ZJF ~{N}-cyclopentyl-1-(3-hydroxyphenyl)imidazole-4-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Bis-Tris pH=7.0 150 mM AmSO4 Gradient 20-30% PEG3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.277
9DUR Cryo-EM Structure of CRBN:dHTC1:ENL YEATS 提交 2024-10-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–148（148 aa）片段：YEATS domain	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1IQT 2-[3-[2-[4-[[(5~{S})-1,3-bis(oxidanylidene)-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-7-yl]sulfonylamino]piperidin-1-yl]ethylcarbamoyl]phenyl]-~{N}-cyclobutyl-imidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES/NaOH pH7.4, 150 mM NaCl. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were vitrified using a Leica EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixturewas applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C	分辨率 2.90 Å
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 2–146（145 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 16 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 2–146（145 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–146（145 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–146（145 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 2–146（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 2–146（145 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.267

共 25 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–154； UniProt 1–148 作者链 C； PDB构建体 4–154； UniProt 1–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7x8f
沉积日期 deposition_date	2022-03-12
结构标题 title	Crystal structure of ENL T4 mutant YEATS domain in complex with histone H3 acetylation at K27
关键词 keywords	YEATS domain, Complex, histone, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.04 Å
零角强度 I(0) i0	22396900.00
分子量 molecular_weight	36148.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45331 Å³
包络体积 envelope_volume	55623 Å³
水化壳体积 shell_volume	22212 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.0 Å
壳层 Rg shell_rg	27.60 Å
包络 Rg envelope_rg	21.33 Å
形状 Rg shape_rg	20.99 Å
总 Rg total_rg	22.07 Å
总原子数 total_atoms	2543
残基数 n_residues	303
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.2 Å
Rg (实空间) rg_real	22.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	22400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7419
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.183
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.426
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5197000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.328; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.965

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein ENL
分子量 formula_weight	18915.8 kDa
突变 mutation	insertions
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	2585

GSHMDNQCTVQVRLELGHRAQLRKKPTTEGFTHDWMVFVRGPEQCDIQHFVEKVVFWLHDSFPKPRRVCKEPPYKVEESGYAGFIMPIEVHFKNKEEPRKVCFTYDLFLNLEGNPPVNHLRHLRCEKLTFNNPTTEFRYKLLRAGGVMVMPEGAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	H3K27ac(24-27) peptide
分子量 formula_weight	487.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

AARK

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	42

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7x8fA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1970 — YEATS domain

结构域编号 domain_id	7x8fC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1970 — YEATS domain

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	156.556 Å
晶胞边长 b length_b	48.592 Å
晶胞边长 c length_c	47.259 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.16 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.440 Å
最低分辨率 resolution_low	38.400 Å
R 因子 r_factor	0.2044
R_work r_work	0.2019
R_free r_free	0.2522

fit	/app/data/saxs_computation/x8/7x8f/7x8f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x8/7x8f/7x8f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x8/7x8f/7x8f.dat

Crystal structure of ENL T4 mutant YEATS domain in complex with histone H3 acetylation at K27

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein ENL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)