SAXSdb — 7xnm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 4 soluble form

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 7	ILE-LEU-ALA-PRO-PRO-GLU-ARG × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPP4_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–728； UniProt 39–766 作者链 B； PDB构建体 1–728； UniProt 39–766

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7xnm
沉积日期 deposition_date	2022-04-29
结构标题 title	Structure of porcine dipeptidyl peptidase 4 inhibitory peptide complex
关键词 keywords	A serine protease subfamily, diabetes mellitus type 2, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7xnm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7xnm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7xnm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.21 Å
Rg（电子密度）	38.69 Å
总 Rg	39.17 Å
原子数	12227
残基数	1467
排除体积	216070 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7xnm__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dipeptidyl peptidase 4 soluble form
分子量 formula_weight	84429.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.14.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12227

SRRTYTLTDYLKSTFRVKFYTLQWISDHEYLYKQENNILLFNAEYGNSSIFLENSTFDELGYSTNDYSVSPDRQFILFEYNYVKQWRHSYTASYDIYDLNKRQLITEERIPNNTQWITWSPVGHKLAYVWNNDIYVKNEPNLSSQRITWTGKENVIYNGVTDWVYEEEVFSAYSALWWSPNGTFLAYAQFNDTEVPLIEYSFYSDESLQYPKTVRIPYPKAGAENPTVKFFVVDTRTLSPNASVTSYQIVPPASVLIGDHYLCGVTWVTEERISLQWIRRAQNYSIIDICDYDESTGRWISSVARQHIEISTTGWVGRFRPAEPHFTSDGNSFYKIISNEEGYKHICHFQTDKSNCTFITKGAWEVIGIEALTSDYLYYISNEHKGMPGGRNLYRIQLNDYTKVTCLSCELNPERCQYYSASFSNKAKYYQLRCFGPGLPLYTLHSSSSDKELRVLEDNSALDKMLQDVQMPSKKLDVINLHGTKFWYQMILPPHFDKSKKYPLLIEVYAGPCSQKVDTVFRLSWATYLASTENIIVASFDGRGSGYQGDKIMHAINRRLGTFEVEDQIEATRQFSKMGFVDDKRIAIWGWSYGGYVTSMVLGAGSGVFKCGIAVAPVSKWEYYDSVYTERYMGLPTPEDNLDYYRNSTVMSRAENFKQVEYLLIHGTADDNVHFQQSAQLSKALVDAGVDFQTMWYTDEDHGIASNMAHQHIYTHMSHFLKQCFSLP

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ILE-LEU-ALA-PRO-PRO-GLU-ARG
分子量 formula_weight	795.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

ILAPPER

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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晶胞边长 a length_a	257.340 Å
晶胞边长 b length_b	75.617 Å
晶胞边长 c length_c	121.679 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.580 Å
最低分辨率 resolution_low	29.480 Å
R 因子 r_factor	0.2289
R_work r_work	0.2232
R_free r_free	0.2989

Structure of porcine dipeptidyl peptidase 4 inhibitory peptide complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 4 soluble form

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7xnm__assembly_1__model_1

7xnm__assembly_1__model_1 | I(q)

7xnm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of porcine dipeptidyl peptidase 4 inhibitory peptide complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 4 soluble form

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7xnm__assembly_1__model_1

7xnm__assembly_1__model_1 | I(q)

7xnm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)