SAXSdb — 7xno

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bacteriocin sakacin-A

Latilactobacillus sakei L45

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Mannose permease IIC component × 3 （A0A094YUG1） Mannose permease IID component × 3 （A0A094XZA1） Sakacin-A immunity factor × 3 （Q48864） alpha-D-mannopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SAKA_LATSK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–41； UniProt 19–59 作者链 C； PDB构建体 1–41； UniProt 19–59 作者链 G； PDB构建体 1–41； UniProt 19–59

Mannose permease IIC component

Latilactobacillus sakei L45

UniProt A0A094YUG1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Bacteriocin sakacin-A × 3 （P0A310） Mannose permease IID component × 3 （A0A094XZA1） Sakacin-A immunity factor × 3 （Q48864） alpha-D-mannopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A094YUG1_LATSK
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–268； UniProt 1–268 作者链 H； PDB构建体 1–268； UniProt 1–268 作者链 Y； PDB构建体 1–268； UniProt 1–268

Mannose permease IID component

Latilactobacillus sakei L45

UniProt A0A094XZA1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Bacteriocin sakacin-A × 3 （P0A310） Mannose permease IIC component × 3 （A0A094YUG1） Sakacin-A immunity factor × 3 （Q48864） alpha-D-mannopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A094XZA1_LATSK
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 I； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 Z； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303

Sakacin-A immunity factor

Latilactobacillus sakei L45

UniProt Q48864

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Bacteriocin sakacin-A × 3 （P0A310） Mannose permease IIC component × 3 （A0A094YUG1） Mannose permease IID component × 3 （A0A094XZA1） alpha-D-mannopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SAIA_LATSK
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 30–119； UniProt 1–90 作者链 F； PDB构建体 30–119； UniProt 1–90 作者链 J； PDB构建体 30–119； UniProt 1–90

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7xno
沉积日期 deposition_date	2022-04-29
结构标题 title	Cryo-EM structure of the bacteriocin-receptor-immunity ternary complex from Lactobacillus sakei
关键词 keywords	;antimicrobial peptides, bacteriocins, pediocin-like/class IIa bacteriocins, antibiotic resistance, mannose phosphotransferase, man-PTS, immunity, self-protection, MEMBRANE PROTEIN, MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ;; MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7xno__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7xno__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7xno__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.04 Å
Rg（电子密度）	42.47 Å
总 Rg	42.87 Å
原子数	15888
残基数	2085
排除体积	290710 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7xno__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bacteriocin sakacin-A
分子量 formula_weight	4312.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,G
原子数 atom_count	15888

ARSYGNGVYCNNKKCWVNRGEATQSIIGGMISGWASGLAGM

来源 Source

来源生物 organism	Latilactobacillus sakei L45
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1634
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mannose permease IIC component
分子量 formula_weight	27467.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,D,H

MDLNFIQVILVIFVAFLAGVEGILDQFHFHQPVIACTLIGLVTGNLLPCLILGGTLQMIALGWANVGAAVAPDAALASIASAIILVLGGQGKAGVTSAIAIAVPLAVAGLLLTIIVRTLATGIVHIMDAAAKEGNFRKIEMWQYIAIIMQGVRIAIPAGLILAIGAGPVKEMLTAMPVWLTDGLAIGGGMVVAVGYAMVINMMATKEVWPFFAIGFVLATISQLTLIGLGAIGISLALIYLALSKQGSGNNGGGSNTGDPLGDIIDNY

来源 Source

来源生物 organism	Latilactobacillus sakei L45
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1634
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Mannose permease IID component
分子量 formula_weight	33332.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z,E,I

MAEQLKLTKKDRISVWLRSTFLQGSWNYERMQNGGWAYTLIPALKKLYKTKEDRSAALVRHMEFFNTHPYVAAPILGVTLALEEERANGAPIDDVTIQGVKVGMMGPLAGIGDPVFWFTVKPIIGALAASLAMSGNILGPIIYFVAWNAIRMAFTWYTQEFGYRAGSKITEDLSGGILQDITKGASILGMFILGSLVNRWVSVKFTPTVSSVKLDKGAFIDWDKLPSGAKGIQSALQQQAQGLSLTDHKITTLQDNLDSLIPGLAALGLTLFCMWLLKKKVSPIVIILGLFVVGIVFHLLHLM

来源 Source

来源生物 organism	Latilactobacillus sakei L45
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1634
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Sakacin-A immunity factor
分子量 formula_weight	13747.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J

MKHHHHHHHGAAGTSLYKKAGENLYFQGSMKADYKKINSILTYTSTALKNPKIIKDKDLVVLLTIIQEEAKQNRIFYDYKRKFRPAVTRFTIDNNFEIPDCLVKLLSAVETPKAWSGFS

来源 Source

来源生物 organism	Latilactobacillus sakei L45
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1634
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.54 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	265674

Cryo-EM structure of the bacteriocin-receptor-immunity ternary complex from Lactobacillus sakei

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bacteriocin sakacin-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mannose permease IIC component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mannose permease IID component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sakacin-A immunity factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7xno__assembly_1__model_1

7xno__assembly_1__model_1 | I(q)

7xno__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of the bacteriocin-receptor-immunity ternary complex from Lactobacillus sakei

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bacteriocin sakacin-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mannose permease IIC component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mannose permease IID component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Sakacin-A immunity factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7xno__assembly_1__model_1

7xno__assembly_1__model_1 | I(q)

7xno__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)