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7xvk

Modularity of Phytophthora effectors enables host mimicry of a principal phosphatase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 180.7 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A beta isoform

Arabidopsis thaliana

UniProt Q38950

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–390 未记录 RxLR effector protein PSR2 × 1 （E0W4V5） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；5% PEG 20000 0.1 M Bis tris pH 5.8 5 mM MgSO4 分辨率 2.29 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7XVK Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9J5I Pathogen effector forms a phosphatase holoenzyme complex with host core enzyme to promote disease 提交 2024-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–587（587 aa）
链 D 1–587（587 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
9J5K Pathogen effector forms a phosphatase holoenzyme complex with host core enzyme to promote disease 提交 2024-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–587（587 aa）
链 D 1–587（587 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
9J5N Pathogen effector forms a phosphatase holoenzyme complex with host core enzyme to promote disease 提交 2024-08-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–587（587 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
9J5R Pathogen effector forms a phosphatase holoenzyme complex with host core enzyme to promote disease 提交 2024-08-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–587（587 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2AAB_ARATH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–390； UniProt 1–390

RxLR effector protein PSR2

Phytophthora sojae

UniProt E0W4V5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 59–670 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A beta isoform × 1 （Q38950） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；5% PEG 20000 0.1 M Bis tris pH 5.8 5 mM MgSO4 分辨率 2.29 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7XVK Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5GNC Crystal structure of Phytophthora. sojae PSR2 提交 2016-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 59–670（612 aa） 片段：UNP residues 59-670
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2M NH4COOH
分辨率 2.80 Å R-free 0.266
9J5I Pathogen effector forms a phosphatase holoenzyme complex with host core enzyme to promote disease 提交 2024-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–670（670 aa）
链 E 1–670（670 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
9J5K Pathogen effector forms a phosphatase holoenzyme complex with host core enzyme to promote disease 提交 2024-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–670（670 aa）
链 E 1–670（670 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
9J5N Pathogen effector forms a phosphatase holoenzyme complex with host core enzyme to promote disease 提交 2024-08-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–670（670 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
9J5R Pathogen effector forms a phosphatase holoenzyme complex with host core enzyme to promote disease 提交 2024-08-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–670（670 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSR2_PHYSO
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–612； UniProt 59–670

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7xvk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7xvk
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7xvk
沉积日期 deposition_date2022-05-24
结构标题 titleModularity of Phytophthora effectors enables host mimicry of a principal phosphatase
关键词 keywordsplant immunology, translocation, effector, phosphatase, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier48.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron50.89 Å
零角强度 I(0) i0171069000.00
分子量 molecular_weight110070.0 kDa
排除体积 excluded_volume139210 ų
包络体积 envelope_volume200630 ų
水化壳体积 shell_volume38489 ų
包络直径 envelope_diameter192.2 Å
壳层 Rg shell_rg44.64 Å
包络 Rg envelope_rg51.09 Å
形状 Rg shape_rg50.89 Å
总 Rg total_rg50.61 Å
总原子数 total_atoms7754
残基数 n_residues990
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax180.7 Å
Rg (实空间) rg_real51.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal48.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal170800000.0000
解质量估计 total_estimate0.5513
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary39.5 Å
偏度 Skewness skewness0.679
峰度 Kurtosis kurtosis-0.230
角度范围 angular_range— – 0.1600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha1.1760
最高正则化参数 α highest_alpha6473000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.586; Stabil: 0.900; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.407; Smooth: 0.317
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7xvkA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)