7xy9

Cryo-EM structure of secondary alcohol dehydrogenases TbSADH after carrier-free immobilization based on weak intermolecular interactions

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 101.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADP-dependent isopropanol dehydrogenase

Thermoanaerobacter brockii

UniProt P14941

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–352 链 B; UniProt 2–352 链 C; UniProt 2–352 链 D; UniProt 2–352 突变:I86N ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ADH_THEBR
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 8–358; UniProt 2–352 作者链 B; PDB构建体 8–358; UniProt 2–352 作者链 C; PDB构建体 8–358; UniProt 2–352 作者链 D; PDB构建体 8–358; UniProt 2–352

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7xy9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7xy9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7xy9
沉积日期 deposition_date2022-06-01
结构标题 titleCryo-EM structure of secondary alcohol dehydrogenases TbSADH after carrier-free immobilization based on weak intermolecular interactions
关键词 keywordsCoordination complex, Activity, Stability, Enzyme Immobilization, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.12
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.60
零角强度 I(0) i0325988000.00
分子量 molecular_weight148140.0 kDa
排除体积 excluded_volume186670 ų
包络体积 envelope_volume224860 ų
水化壳体积 shell_volume55366 ų
包络直径 envelope_diameter102.9
壳层 Rg shell_rg41.09
包络 Rg envelope_rg32.38
形状 Rg shape_rg32.64
总 Rg total_rg33.09
总原子数 total_atoms10388
残基数 n_residues1376
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax101.1
Rg (实空间) rg_real32.86
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44
I(0) (实空间) i0_real3.2600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.7510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal326000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8309
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary42.1
偏度 Skewness skewness0.105
峰度 Kurtosis kurtosis-0.564
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha146800000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id7xy9A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id7xy9B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id7xy9C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id7xy9D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)