SAXSdb — 7y04

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat shock protein HSP 90-beta

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–724 链 B； UniProt 1–724	未记录	Prostaglandin E synthase 3 × 2 （Q9R0Q7） Aryl hydrocarbon receptor × 1 （P30561） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7Y04	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8H77 Hsp90-AhR-p23-XAP2 complex 提交 2022-10-19	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–724（724 aa）链 B 1–724（724 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HS90B_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 33–756； UniProt 1–724 作者链 B； PDB构建体 33–756； UniProt 1–724

Prostaglandin E synthase 3

Mus musculus

UniProt Q9R0Q7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–160 链 D； UniProt 1–160	未记录	Heat shock protein HSP 90-beta × 2 （P11499） Aryl hydrocarbon receptor × 1 （P30561） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7Y04	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8H77 Hsp90-AhR-p23-XAP2 complex 提交 2022-10-19	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–160（160 aa）链 D 1–160（160 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TEBP_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 13–172； UniProt 1–160 作者链 D； PDB构建体 13–172； UniProt 1–160

Aryl hydrocarbon receptor

Mus musculus

UniProt P30561

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–398	未记录	Heat shock protein HSP 90-beta × 2 （P11499） Prostaglandin E synthase 3 × 2 （Q9R0Q7） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7Y04	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4M4X Structure and Dimerization Properties of the Aryl Hydrocarbon Receptor (AHR) PAS-A Domain 提交 2013-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–267（158 aa）片段：PAS-A domain, UNP residues 110-267 链 B 110–267（158 aa）片段：PAS-A domain, UNP residues 110-267	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；100 mM HEPES, 1.6 M Ammonium Sulfate and 2% PEG 1000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.55 Å R-free 0.245
5V0L Crystal structure of the AHR-ARNT heterodimer in complex with the DRE 提交 2017-02-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 29–267（239 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；10%-12% PEG 20000, 4-6% Tacsimate pH 7.0 or 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 4.00 Å R-free 0.323
8H77 Hsp90-AhR-p23-XAP2 complex 提交 2022-10-19	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–437（437 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AHR_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 13–410； UniProt 1–398

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7y04
沉积日期 deposition_date	2022-06-03
结构标题 title	Hsp90-AhR-p23 complex
关键词 keywords	Hsp90, AhR, complex, p23, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.25 Å
零角强度 I(0) i0	440906000.00
分子量 molecular_weight	171470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	214730 Å³
包络体积 envelope_volume	296910 Å³
水化壳体积 shell_volume	61362 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.6 Å
壳层 Rg shell_rg	46.01 Å
包络 Rg envelope_rg	39.56 Å
形状 Rg shape_rg	40.22 Å
总 Rg total_rg	40.66 Å
总原子数 total_atoms	12050
残基数 n_residues	1475
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.3 Å
Rg (实空间) rg_real	40.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1080e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	440900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8905
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.322
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.488
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	113100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.946

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Heat shock protein HSP 90-beta
分子量 formula_weight	86590.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12050

MGAWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSAWSHPQFEKMPEEVHHGEEEVETFAFQAEIAQLMSLIINTFYSNKEIFLRELISNASDALDKIRYESLTDPSKLDSGKELKIDIIPNPQERTLTLVDTGIGMTKADLINNLGTIAKSGTKAFMEALQAGADISMIGQFGVGFYSAYLVAEKVVVITKHNDDEQYAWESSAGGSFTVRADHGEPIGRGTKVILHLKEDQTEYLEERRVKEVVKKHSQFIGYPITLYLEKEREKEISDDEAEEEKGEKEEEDKEDEEKPKIEDVGSDEEDDSGKDKKKKTKKIKEKYIDQEELNKTKPIWTRNPDDITQEEYGEFYKSLTNDWEDHLAVKHFSVEGQLEFRALLFIPRRAPFDLFENKKKKNNIKLYVRRVFIMDSCDELIPEYLNFIRGVVDSEDLPLNISREMLQQSKILKVIRKNIVKKCLELFSELAEDKENYKKFYEAFSKNLKLGIHEDSTNRRRLSELLRYHTSQSGDEMTSLSEYVSRMKETQKSIYYITGESKEQVANSAFVERVRKRGFEVVYMTEPIDEYCVQQLKEFDGKSLVSVTKEGLELPEDEEEKKKMEESKAKFENLCKLMKEILDKKVEKVTISNRLVSSPCCIVTSTYGWTANMERIMKAQALRDNSTMGYMMAKKHLEINPDHPIVETLRQKAEADKNDKAVKDLVVLLFETALLSSGFSLEDPQTHSNRIYRMIKLGLGIDEDEVTAEEPSAAVPDEIPPLEGDEDASRMEEVD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Prostaglandin E synthase 3
分子量 formula_weight	20134.0 kDa
EC 编号 ec_number	5.3.99.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MAEQKLISEEDLMQPASAKWYDRRDYVFIEFCVEDSKDVNVNFEKSKLTFSCLGGSDNFKHLNEIDLFHCIDPNDSKHKRTDRSILCCLRKGESGQSWPRLTKERAKLNWLSVDFNNWKDWEDDSDEDMSNFDRFSEMMDHMGGDEDVDLPEVDGADDDSQDSDDEKMPDLE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Aryl hydrocarbon receptor
分子量 formula_weight	46138.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

GPGASGGGSGAGMSSGANITYASRKRRKPVQKTVKPIPAEGIKSNPSKRHRDRLNTELDRLASLLPFPQDVINKLDKLSVLRLSVSYLRAKSFFDVALKSTPADRNGGQDQCRAQIRDWQDLQEGEFLLQALNGFVLVVTADALVFYASSTIQDYLGFQQSDVIHQSVYELIHTEDRAEFQRQLHWALNPDSAQGVDEAHGPPQAAVYYTPDQLPPENASFMERCFRCRLRCLLDNSSGFLAMNFQGRLKYLHGQNKKGKDGALLPPQLALFAIATPLQPPSILEIRTKNFIFRTKHKLDFTPIGCDAKGQLILGYTEVELCTRGSGYQFIHAADMLHCAESHIRMIKTGESGMTVFRLFAKHSRWRWVQSNARLIYRNGRPDYIIATQRPLTDEEGREHLQKRSTSLPF

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7y04C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 —

结构域编号 domain_id	7y04D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	291578

fit	/app/data/saxs_computation/y0/7y04/7y04.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y0/7y04/7y04.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y0/7y04/7y04.dat

Hsp90-AhR-p23 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat shock protein HSP 90-beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Prostaglandin E synthase 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Aryl hydrocarbon receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)