SAXSdb — 7y3k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sal-like protein 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 855–930 链 B； UniProt 855–930	未记录	DNA (16-mer) × 1 DNA (16-mer) × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M BIS-TRIS, pH 5.5, 0.2 M Sodium chloride, 25% polyethylene glycol 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7Y3K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6UML Structural Basis for Thalidomide Teratogenicity Revealed by the Cereblon-DDB1-SALL4-Pomalidomide Complex 提交 2019-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 405–432（28 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG MME 500, 8% PEG 20K, 210mM calcium acetate, 100mM tris pH 7.5	分辨率 3.58 Å R-free 0.267
7BQU Cereblon in complex with SALL4 and (S)-thalidomide 提交 2020-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 410–432（23 aa）	未记录	EF2 S-Thalidomide × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；27% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate (pH 5.5), 0.1 M magnesium chloride	分辨率 1.90 Å R-free 0.236
7BQV Cereblon in complex with SALL4 and (S)-5-hydroxythalidomide 提交 2020-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 410–432（23 aa）	未记录	F4U 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-5-oxidanyl-isoindole-1,3-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22% PEG 4000, 0.1 M MES (pH 6.0), 0.2 M lithium sulfate	分辨率 1.80 Å R-free 0.223
7Y3I Structure of DNA bound SALL4 提交 2022-06-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 855–930（76 aa）链 D 855–930（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M BIS-tris, pH 6.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 2.45 Å R-free 0.242
7Y3I Structure of DNA bound SALL4 提交 2022-06-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 855–930（76 aa）链 C 855–930（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M BIS-tris, pH 6.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 2.45 Å R-free 0.242
7Y3M Structure of SALL4 ZFC1 bound with 16 bp AT-rich dsDNA 提交 2022-06-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 378–453（76 aa）链 B 378–453（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M HEPES, pH 6.5, 10% polyethylene glycol 6000, 5% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)	分辨率 2.72 Å R-free 0.268
7Y3M Structure of SALL4 ZFC1 bound with 16 bp AT-rich dsDNA 提交 2022-06-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 378–453（76 aa）链 F 378–453（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M HEPES, pH 6.5, 10% polyethylene glycol 6000, 5% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)	分辨率 2.72 Å R-free 0.268
7Y3M Structure of SALL4 ZFC1 bound with 16 bp AT-rich dsDNA 提交 2022-06-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 I 378–453（76 aa）链 J 378–453（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M HEPES, pH 6.5, 10% polyethylene glycol 6000, 5% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)	分辨率 2.72 Å R-free 0.268
8CUC Crystal structure analysis of SALL4 zinc finger domain in complex with DNA 提交 2022-05-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 F 864–929（66 aa）链 H 864–929（66 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；30% PEG3350, 40 mM ammonium sulfate, Bis-Tris, pH 6.0	分辨率 2.09 Å R-free 0.231
8CUC Crystal structure analysis of SALL4 zinc finger domain in complex with DNA 提交 2022-05-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 E 864–929（66 aa）链 G 864–929（66 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；30% PEG3350, 40 mM ammonium sulfate, Bis-Tris, pH 6.0	分辨率 2.09 Å R-free 0.231
8U15 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to CC-220 提交 2023-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 379–432（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350	分辨率 2.95 Å R-free 0.272
8U15 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to CC-220 提交 2023-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 379–432（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350	分辨率 2.95 Å R-free 0.272
8U16 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 379–432（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.273
8U16 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 379–432（54 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.273
8U17 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-long bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 370–454（85 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.346
8U17 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-long bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 370–454（85 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.346
9NWS Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:mezigdomide:SALL4(392-449) 提交 2025-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 392–449（58 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 QFC Mezigdomide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 150 mM NaCl, 3 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；UltrAuFoil R 0.6/1 300 mesh grids were glow-discharged for 2 min at 20 mA and 39 Pa, pre-incubated with 4 uL of 10 uM FLAG-IKZF1(140-196;Q146A/G151N) for 1 min, and blotted from behind for 4 s. 4 uL of the sample was then applied to the grid. Grids were vitrified using an EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C with 0 s pre-blot, 4 s blot, and 0 s post-blot.	分辨率 2.70 Å
9NWT Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:mezigdomide:SALL4(392-449;G416A) 提交 2025-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 392–449（58 aa）	突变：G416A	ZN ZINC ION × 2 QFC Mezigdomide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 150 mM NaCl, 3 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；UltrAuFoil R 0.6/1 300 mesh grids were glow-discharged for 2 min at 20 mA and 39 Pa, pre-incubated with 4 uL of 10 uM FLAG-IKZF1(140-196;Q146A/G151N) for 1 min, and blotted from behind for 4 s. 4 uL of the sample was then applied to the grid. Grids were vitrified using an EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C with 0 s pre-blot, 4 s blot, and 0 s post-blot.	分辨率 2.70 Å

共 11 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SALL4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–79； UniProt 855–930 作者链 B； PDB构建体 4–79； UniProt 855–930

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7y3k
沉积日期 deposition_date	2022-06-11
结构标题 title	Structure of SALL4 ZFC4 bound with 16 bp AT-rich dsDNA
关键词 keywords	SALL4, zinc finger, AT-rich DNA, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.39 Å
零角强度 I(0) i0	15475800.00
分子量 molecular_weight	21899.0 kDa
排除体积 excluded_volume	24000 Å³
包络体积 envelope_volume	30865 Å³
水化壳体积 shell_volume	15303 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.9 Å
壳层 Rg shell_rg	22.86 Å
包络 Rg envelope_rg	17.44 Å
形状 Rg shape_rg	17.34 Å
总 Rg total_rg	18.16 Å
总原子数 total_atoms	1478
残基数 n_residues	140
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.5 Å
Rg (实空间) rg_real	18.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15480000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8824
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.249
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.328
角度范围 angular_range	— – 0.4400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1679000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.993

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sal-like protein 4
分子量 formula_weight	8709.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1500

GHMMTPLLAAQPRRQAKQHGCTRCGKNFSSASALQIHERTHTGEKPFVCNICGRAFTTKGNLKVHYMTHGANNNSARRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (16-mer)
分子量 formula_weight	4896.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

GGAAATATTATATTCC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (16-mer)
分子量 formula_weight	4896.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

GGAATATAATATTTCC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	43.364 Å
晶胞边长 b length_b	49.868 Å
晶胞边长 c length_c	105.406 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.501 Å
最低分辨率 resolution_low	28.722 Å
R 因子 r_factor	0.2103
R_work r_work	0.2059
R_free r_free	0.2504

fit	/app/data/saxs_computation/y3/7y3k/7y3k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y3/7y3k/7y3k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y3/7y3k/7y3k.dat

Structure of SALL4 ZFC4 bound with 16 bp AT-rich dsDNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sal-like protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)