← 返回搜索
7yg2

Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the DBL domain of DBLMSP2

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 189.4 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DBLMSP2

Plasmodium falciparum

UniProt A0A0A7MCY3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 12 其他聚合物 1 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 M； UniProt 53–359 未记录 Immunoglobulin heavy constant mu × 10 （P01871） Immunoglobulin J chain × 1 （P01591） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0A7MCY3_PLAFA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 M； PDB构建体 1–307； UniProt 53–359

Immunoglobulin heavy constant mu

Homo sapiens

UniProt P01871

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 12 其他聚合物 1 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 106–453 链 B； UniProt 106–453 链 C； UniProt 106–453 链 D； UniProt 106–453 链 E； UniProt 106–453 链 F； UniProt 106–453 链 G； UniProt 106–453 链 H； UniProt 106–453 链 K； UniProt 106–453 链 L； UniProt 106–453 未记录 DBLMSP2 × 1 （A0A0A7MCY3） Immunoglobulin J chain × 1 （P01591） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7YG2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2AGJ Crystal Structure of a glycosylated Fab from an IgM cryoglobulin with properties of a natural proteolytic antibody 提交 2005-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–183（183 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 15000-20000, sodium chloride, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.60 Å R-free 0.279
6KXS Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the ectodomain of pIgR 提交 2019-09-12 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 106–453（348 aa）
链 B 106–453（348 aa）
链 C 106–453（348 aa）
链 D 106–453（348 aa）
链 E 106–453（348 aa）
链 F 106–453（348 aa）
链 G 106–453（348 aa）
链 H 106–453（348 aa）
链 K 106–453（348 aa）
链 L 106–453（348 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7K0C Structure of Secretory IgM Core 提交 2020-09-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 103–453（351 aa）
链 B 103–453（351 aa）
链 E 103–453（351 aa）
链 F 103–453（351 aa）
链 G 103–453（351 aa）
链 H 103–453（351 aa）
链 I 103–453（351 aa）
链 J 103–453（351 aa）
链 K 103–453（351 aa）
链 L 103–453（351 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 3.5 seconds before plunging with blot force 7.
分辨率 3.30 Å
7WSP Structure of a membrane protein M 提交 2022-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 106–471（366 aa）
链 D 106–472（367 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 4.09 Å
7Y09 Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the DBL domain of DBLMSP 提交 2022-06-03 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 106–453（348 aa）
链 B 106–453（348 aa）
链 C 106–453（348 aa）
链 D 106–453（348 aa）
链 E 106–453（348 aa）
链 F 106–453（348 aa）
链 G 106–453（348 aa）
链 H 106–453（348 aa）
链 K 106–453（348 aa）
链 L 106–453（348 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
7Y0H Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the P. falciparum VAR2CSA FCR3 提交 2022-06-05 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 106–453（348 aa）
链 B 106–453（348 aa）
链 C 106–453（348 aa）
链 D 106–453（348 aa）
链 E 106–453（348 aa）
链 F 106–453（348 aa）
链 G 106–453（348 aa）
链 H 106–453（348 aa）
链 K 106–453（348 aa）
链 L 106–453（348 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.56 Å
7Y0J Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the P. falciparum TM284VAR1 提交 2022-06-05 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 106–453（348 aa）
链 B 106–453（348 aa）
链 C 106–453（348 aa）
链 D 106–453（348 aa）
链 E 106–453（348 aa）
链 F 106–453（348 aa）
链 G 106–453（348 aa）
链 H 106–453（348 aa）
链 K 106–453（348 aa）
链 L 106–453（348 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
7YSG Cryo-EM structure of human FcmR bound to sIgM 提交 2022-08-12 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 A 222–453（232 aa）
链 B 222–453（232 aa）
链 C 222–453（232 aa）
链 D 222–453（232 aa）
链 E 222–453（232 aa）
链 F 222–453（232 aa）
链 G 222–453（232 aa）
链 H 222–453（232 aa）
链 K 222–453（232 aa）
链 L 222–453（232 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
7YTC Cryo-EM structure of human FcmR bound to IgM-Fc/J 提交 2022-08-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 222–453（232 aa）
链 B 222–453（232 aa）
链 C 222–453（232 aa）
链 D 222–453（232 aa）
链 E 222–453（232 aa）
链 F 222–453（232 aa）
链 G 222–453（232 aa）
链 H 222–453（232 aa）
链 K 222–453（232 aa）
链 L 222–453（232 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
7YTD Cryo-EM structure of four human FcmR bound to IgM-Fc/J 提交 2022-08-14 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 222–452（231 aa）
链 B 222–452（231 aa）
链 C 222–452（231 aa）
链 D 222–452（231 aa）
链 E 222–452（231 aa）
链 F 222–452（231 aa）
链 G 222–452（231 aa）
链 H 222–452（231 aa）
链 K 222–452（231 aa）
链 L 222–452（231 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
8GZN IgM-var2CSA complex 提交 2022-09-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–453（453 aa）
链 B 1–453（453 aa）
链 C 1–453（453 aa）
链 D 1–453（453 aa）
链 E 1–453（453 aa）
链 F 1–453（453 aa）
链 G 1–453（453 aa）
链 H 1–453（453 aa）
链 K 1–453（453 aa）
链 L 1–453（453 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8WYR Cryo-EM structure of human CD5L bound to IgM-Fc/J 提交 2023-10-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 106–453（348 aa）
链 B 106–453（348 aa）
链 C 106–453（348 aa）
链 D 106–453（348 aa）
链 E 106–453（348 aa）
链 F 106–453（348 aa）
链 G 106–453（348 aa）
链 H 106–453（348 aa）
链 K 106–453（348 aa）
链 L 106–453（348 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
8WYS Local map of human CD5L bound to IgM-Fc/J 提交 2023-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 106–453（348 aa）
链 L 106–453（348 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.41 Å
9ARV CryoEM structure of AMETA-A3 提交 2024-02-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 A 106–453（348 aa）
链 B 106–453（348 aa）
链 C 106–453（348 aa）
链 D 106–453（348 aa）
链 E 106–453（348 aa）
链 L 106–453（348 aa）
链 M 106–453（348 aa）
链 N 106–453（348 aa）
链 O 106–453（348 aa）
链 P 106–453（348 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9UO3 Cryo-EM structure of the human IgM-Fc hexamer 提交 2025-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 106–446（341 aa）
链 B 106–446（341 aa）
链 C 106–446（341 aa）
链 D 106–446（341 aa）
链 E 106–446（341 aa）
链 F 106–446（341 aa）
链 G 106–446（341 aa）
链 H 106–446（341 aa）
链 I 106–446（341 aa）
链 J 106–446（341 aa）
链 K 106–446（341 aa）
链 L 106–446（341 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.17 Å
9UO4 Cryo-EM structure of the chimeric human IgM-Fc hexamer 提交 2025-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 106–433（328 aa）
链 B 106–433（328 aa）
链 C 106–433（328 aa）
链 D 106–433（328 aa）
链 E 106–433（328 aa）
链 F 106–433（328 aa）
链 G 106–433（328 aa）
链 H 106–433（328 aa）
链 I 106–433（328 aa）
链 J 106–433（328 aa）
链 K 106–433（328 aa）
链 L 106–433（328 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.29 Å

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGHM_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 36–383； UniProt 106–453 作者链 B； PDB构建体 36–383； UniProt 106–453 作者链 C； PDB构建体 36–383； UniProt 106–453 作者链 D； PDB构建体 36–383； UniProt 106–453 作者链 E； PDB构建体 36–383； UniProt 106–453 作者链 F； PDB构建体 36–383； UniProt 106–453 作者链 G； PDB构建体 36–383； UniProt 106–453 作者链 H； PDB构建体 36–383； UniProt 106–453 作者链 K； PDB构建体 36–383； UniProt 106–453 作者链 L； PDB构建体 36–383； UniProt 106–453

Immunoglobulin J chain

Homo sapiens

UniProt P01591

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 12 其他聚合物 1 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 J； UniProt 24–159 未记录 DBLMSP2 × 1 （A0A0A7MCY3） Immunoglobulin heavy constant mu × 10 （P01871） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7YG2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6KXS Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the ectodomain of pIgR 提交 2019-09-12 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 J 24–159（136 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6LX3 Cryo-EM structure of human secretory immunoglobulin A 提交 2020-02-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 J 1–159（159 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
6LXW Cryo-EM structure of human secretory immunoglobulin A in complex with the N-terminal domain of SpsA 提交 2020-02-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 J 1–159（159 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.27 Å
6UE7 Structure of dimeric sIgA complex 提交 2019-09-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 23–159（137 aa） 片段：UNP residues 23-159
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
6UE8 Structure of tetrameric sIgA complex (Class 1) 提交 2019-09-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 D 23–159（137 aa） 片段：UNP residues 23-159
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
6UE9 Structure of tetrameric sIgA complex (Class 2) 提交 2019-09-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 D 23–159（137 aa） 片段：UNP residues 23-159
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
6UEA Structure of pentameric sIgA complex 提交 2019-09-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 D 23–159（137 aa） 片段：UNP residues 23-159
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7K0C Structure of Secretory IgM Core 提交 2020-09-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 D 23–159（137 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 3.5 seconds before plunging with blot force 7.
分辨率 3.30 Å
7Y09 Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the DBL domain of DBLMSP 提交 2022-06-03 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 J 24–159（136 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
7Y0H Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the P. falciparum VAR2CSA FCR3 提交 2022-06-05 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 J 24–159（136 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.56 Å
7Y0J Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the P. falciparum TM284VAR1 提交 2022-06-05 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 J 24–159（136 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
7YSG Cryo-EM structure of human FcmR bound to sIgM 提交 2022-08-12 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 J 24–159（136 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
7YTC Cryo-EM structure of human FcmR bound to IgM-Fc/J 提交 2022-08-14 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 J 24–159（136 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
7YTD Cryo-EM structure of four human FcmR bound to IgM-Fc/J 提交 2022-08-14 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 J 24–159（136 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
8GZN IgM-var2CSA complex 提交 2022-09-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 J 24–159（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8R83 pentameric IgMFc-AIM complex global refinement 提交 2023-11-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 J 1–159（159 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.57 Å
8R84 pentameric IgMFc-AIM complex focused refinement 提交 2023-11-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 J 1–159（159 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8SKU Structure of human SIgA1 in complex with human CD89 (FcaR1) 提交 2023-04-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 J 23–159（137 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8SKV Structure of human SIgA1 in complex with Streptococcus pyogenes protein M4 (Arp4) 提交 2023-04-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 J 23–159（137 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8WYR Cryo-EM structure of human CD5L bound to IgM-Fc/J 提交 2023-10-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 J 1–159（159 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
8WYS Local map of human CD5L bound to IgM-Fc/J 提交 2023-10-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 J 1–159（159 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.41 Å
9ARV CryoEM structure of AMETA-A3 提交 2024-02-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 J 1–159（159 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9MBZ Cryo-EM structure of human FcRL4 bound to IgA-Fc/J 提交 2025-03-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 J 1–159（159 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.30 Å

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGJ_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 J； PDB构建体 1–136； UniProt 24–159

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7yg2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7yg2
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7yg2
沉积日期 deposition_date2022-07-09
结构标题 titleCryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the DBL domain of DBLMSP2
关键词 keywordsmalaria, immunoglobin, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier54.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron54.89 Å
零角强度 I(0) i01284060000.00
分子量 molecular_weight295590.0 kDa
排除体积 excluded_volume368470 ų
包络体积 envelope_volume582590 ų
水化壳体积 shell_volume88661 ų
包络直径 envelope_diameter187.7 Å
壳层 Rg shell_rg55.73 Å
包络 Rg envelope_rg55.15 Å
形状 Rg shape_rg54.91 Å
总 Rg total_rg54.86 Å
总原子数 total_atoms20783
残基数 n_residues2630
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax189.4 Å
Rg (实空间) rg_real55.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.28 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2840e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5950e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal54.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1284000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8662
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary58.8 Å
偏度 Skewness skewness0.347
峰度 Kurtosis kurtosis-0.424
角度范围 angular_range— – 0.1450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha122100000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.696
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)