SAXSdb — 7yho

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sex-determining region Y protein,DNA glycosylase/AP lyase ROS1

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1 DNA 2	DNA (40-MER) × 1 DNA (40-MER) × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SRY_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–76； UniProt 56–130

Sex-determining region Y protein,DNA glycosylase/AP lyase ROS1

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9SJQ6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1 DNA 2	DNA (40-MER) × 1 DNA (40-MER) × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ROS1_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 82–235； UniProt 511–664 作者链 A； PDB构建体 236–473； UniProt 836–1073 作者链 A； PDB构建体 474–757； UniProt 1110–1393

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7yho
沉积日期 deposition_date	2022-07-14
结构标题 title	CryoEM structure of Arabidopsis ROS1 in complex with TG mismatch dsDNA at 3.3 Angstroms resolution
关键词 keywords	ROS1, DNA glycosylase, DNA demethylation, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7yho__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7yho__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7yho__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.45 Å
Rg（电子密度）	25.08 Å
总 Rg	25.84 Å
原子数	3923
残基数	410
排除体积	66888 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7yho__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sex-determining region Y protein,DNA glycosylase/AP lyase ROS1
分子量 formula_weight	86260.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.99.18
突变 mutation	D971N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3923

SVQDRVKRPMNAFIVWSRDQRRKMALENPRMRNSEISKQLGYQWKMLTEAEKWPFFQEAQKLQAMHREKYPNYKYRKGGSSAGAIVPVTPVKKPRPRPKVDLDDETDRVWKLLLENINSEGVDGSDEQKAKWWEEERNVFRGRADSFIARMHLVQGDRRFTPWKGSVVDSVVGVFLTQNVSDHLSSSAFMSLASQFPVPFVPSSNFDAGTSSMPSIQITYLDSEETMSSPPDHNHSCQKPTLKEKGKKVLKEEKKAFDWDCLRREAQARAGIREKTRSTMDTVDWKAIRAADVKEVAETIKSRGMNHKLAERIQGFLDRLVNDHGSIDLEWLRDVPPDKAKEYLLSFNGLGLKSVECVRLLTLHHLAFPVNTNVGRIAVRLGWVPLQPLPESLQLHLLEMYPMLESIQKYLWPRLCKLDQKTLYELHYQMITFGKVFCTKSKPNCNACPMKGECRHFASAFASARLALPSTEKTCCEPIIEEPASPEPETAEVSIADIEEAFFEDPEEIPTIRLNMDAFTSNLKKIMEHNKELQDGNMSSALVALTAETASLPMPKLKNISQLRTEHRVYELPDEHPLLAQLEKREPDDPCSYLLAIWTPGETADSIQPSVSTCIFQANGMLCDEETCFSCNSIKETRSQIVRGTILIPCRTAMRGSFPLNGTYFQVNEVFADHASSLNPINVPRELIWELPRRTVYFGTSVPTIFKGLSTEKIQACFWKGYVCVRGFDRKTRGPKPLIARLHFPASKLKGQQANLA

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (40-MER)
分子量 formula_weight	12395.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

TAGCTGAGTGATCCGGAGTCTGAAACAATGCATCACAGAG

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (40-MER)
分子量 formula_weight	12244.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CTCTGTGATGCATTGTTTCAGACTCTGGATCACTCAGCTA

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	111356

CryoEM structure of Arabidopsis ROS1 in complex with TG mismatch dsDNA at 3.3 Angstroms resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sex-determining region Y protein,DNA glycosylase/AP lyase ROS1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sex-determining region Y protein,DNA glycosylase/AP lyase ROS1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7yho__assembly_1__model_1

7yho__assembly_1__model_1 | I(q)

7yho__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

CryoEM structure of Arabidopsis ROS1 in complex with TG mismatch dsDNA at 3.3 Angstroms resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sex-determining region Y protein,DNA glycosylase/AP lyase ROS1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Sex-determining region Y protein,DNA glycosylase/AP lyase ROS1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7yho__assembly_1__model_1

7yho__assembly_1__model_1 | I(q)

7yho__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)