SAXSdb — 7yjo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

atLCB1

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Long chain base biosynthesis protein 2a × 1 （Q9LSZ9） ORMDL family protein × 1 （Q9C5I0） Transmembrane protein, putative (DUF3317) × 1 （A8MSB8） [3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-SERINE × 1 N-[(2S,3R,4E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]tetracosanamide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LCB1_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1, 4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–420； UniProt 63–482 作者链 E； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62

Long chain base biosynthesis protein 2a

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9LSZ9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	atLCB1 × 1 （Q94IB8） ORMDL family protein × 1 （Q9C5I0） atLCB1 × 1 （Q94IB8） Transmembrane protein, putative (DUF3317) × 1 （A8MSB8） [3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-SERINE × 1 N-[(2S,3R,4E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]tetracosanamide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LCB2A_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–485； UniProt 6–489

ORMDL family protein

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9C5I0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	atLCB1 × 1 （Q94IB8） Long chain base biosynthesis protein 2a × 1 （Q9LSZ9） atLCB1 × 1 （Q94IB8） Transmembrane protein, putative (DUF3317) × 1 （A8MSB8） [3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-SERINE × 1 N-[(2S,3R,4E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]tetracosanamide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9C5I0_ARATH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157

Transmembrane protein, putative (DUF3317)

Arabidopsis thaliana

UniProt A8MSB8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	atLCB1 × 1 （Q94IB8） Long chain base biosynthesis protein 2a × 1 （Q9LSZ9） ORMDL family protein × 1 （Q9C5I0） atLCB1 × 1 （Q94IB8） [3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-SERINE × 1 N-[(2S,3R,4E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]tetracosanamide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8MSB8_ARATH
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 22–77； UniProt 1–56

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7yjo
沉积日期 deposition_date	2022-07-20
结构标题 title	Cryo-EM structure of the monomeric atSPT-ORM1 (LCB2a-deltaN5) complex
关键词 keywords	ceramide, TRANSFERASE-INHIBITOR COMPLEX; TRANSFERASE/INHIBITOR
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7yjo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7yjo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7yjo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.47 Å
Rg（电子密度）	32.04 Å
总 Rg	32.67 Å
原子数	8769
残基数	1106
排除体积	157770 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7yjo__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	atLCB1
分子量 formula_weight	46276.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8769

PLTEQEIDELCDEWVPEPLIPPITEDMKHEPPVLESAAGPHTTVNGKDVVNFASANYLGLIGHEKLLESCTSALEKYGVGSCGPRGFYGTIDVHLDCETRISKFLGTPDSILYSYGLSTMFSTIPCFCKKGDVIVADEGVHWGIQNGLQLSRSTIVYFKHNDMESLRITLEKIMTKYKRSKNLRRYIVAEAVYQNSGQIAPLDEIVKLKEKYRFRVILDESNSFGVLGRSGRGLAEHHSVPIEKIDVVTAAMGHALATEGGFCTGNARIIDYQRLSSSGYVFSASLPPYLASAAITAIDVIDQNPDMLVKLKQNVALLWKGLSDIKGMSLTSNRESPIVFLKLEKSSGSAKDDLLLLEKMADRALKEDSLLVVSSKRSFLDKCRLPVGIKLYVSAGHSESDLLKASESLKRLASELLLKS

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Long chain base biosynthesis protein 2a
分子量 formula_weight	53934.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.50
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MYLTAVSTYFSYGLLFAFGQLRDFFRRFIDWWFTSNLQGYAPICLGHEDFYIRRLYHRIQDCFERPISSAPDAWFDVVERYSNDNNKTLKRTTKTSRCLNLGSYNYLGFGSFDEYCTPRVIESLKKFSASTCSSRVDAGTTSVHAELEECVTRFVGKPAAVVFGMGYATNSAIIPVLIGKGGLIISDSLNHSSIVNGARGSGATIRVFQHNTPSHLERVLREQIAEGQPRTHRPWKKIIVVVEGIYSMEGEICHLPEVVAICKKYKAYVYLDEAHSIGAIGKTGKGICELLGVDTADVDVMMGTFTKSFGSCGGYIAGSKELIQYLKHQCPAHLYATSIPTPSAQQIISAIKVILGEDGSNRGAQKLARIRENSNFFRAELQKMGFEVLGDNDSPVMPIMLYNPAKIPAFSRECLRQKVAVVVVGFPATPLLLARARICISASHSREDLIRALKVISKVGDLSGIKYFPAEPKKIEQSKNDIKLD

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ORMDL family protein
分子量 formula_weight	18220.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MANLYVKAVPPPDMNRNTEWFMYPGVWTTYMLILFFGWLVVLSVSGCSPGMAWTVVNLAHFVVTYHSFHWMKGTPFADDQGIYNGLTWWEQMDNGQQLTRNRKFLTLVPVVLYLIASHTTDYRHPWLFLNTLAVMVLVVAKFPNMHKVRIFGINGDK

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	atLCB1
分子量 formula_weight	6949.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.50
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MASNLVEMFNAALNWVTMILESPSARVVLFGVPIRGHFFVEGLLGVVIIILLTRKSYKPPKR

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Transmembrane protein, putative (DUF3317)
分子量 formula_weight	9442.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MADYKDDDDKSGPDEVDASGRMNWVQRKIYLYNVTFGLYMLDWWERYLFNSLVVVLMWFVLYNGTRYFSELFQRHLT

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-SERINE
分子量 formula_weight	336.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	N-[(2S,3R,4E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]tetracosanamide
分子量 formula_weight	650.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7yjoA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	279059

Cryo-EM structure of the monomeric atSPT-ORM1 (LCB2a-deltaN5) complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

atLCB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Long chain base biosynthesis protein 2a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ORMDL family protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transmembrane protein, putative (DUF3317)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7yjo__assembly_1__model_1

7yjo__assembly_1__model_1 | I(q)

7yjo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)