7ytd

Cryo-EM structure of four human FcmR bound to IgM-Fc/J

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 176.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin heavy constant mu

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 222–452 链 B； UniProt 222–452 链 C； UniProt 222–452 链 D； UniProt 222–452 链 E； UniProt 222–452 链 F； UniProt 222–452 链 G； UniProt 222–452 链 H； UniProt 222–452 链 K； UniProt 222–452 链 L； UniProt 222–452	未记录	Immunoglobulin J chain × 1 （P01591） Fas apoptotic inhibitory molecule 3 × 4 （O60667） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7YTD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2AGJ Crystal Structure of a glycosylated Fab from an IgM cryoglobulin with properties of a natural proteolytic antibody 提交 2005-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–183（183 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 15000-20000, sodium chloride, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.279
6KXS Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the ectodomain of pIgR 提交 2019-09-12	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 106–453（348 aa）链 B 106–453（348 aa）链 C 106–453（348 aa）链 D 106–453（348 aa）链 E 106–453（348 aa）链 F 106–453（348 aa）链 G 106–453（348 aa）链 H 106–453（348 aa）链 K 106–453（348 aa）链 L 106–453（348 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7K0C Structure of Secretory IgM Core 提交 2020-09-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 103–453（351 aa）链 B 103–453（351 aa）链 E 103–453（351 aa）链 F 103–453（351 aa）链 G 103–453（351 aa）链 H 103–453（351 aa）链 I 103–453（351 aa）链 J 103–453（351 aa）链 K 103–453（351 aa）链 L 103–453（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 3.5 seconds before plunging with blot force 7.	分辨率 3.30 Å
7WSP Structure of a membrane protein M 提交 2022-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 106–471（366 aa）链 D 106–472（367 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 4.09 Å
7Y09 Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the DBL domain of DBLMSP 提交 2022-06-03	构建体不同聚集状态不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 106–453（348 aa）链 B 106–453（348 aa）链 C 106–453（348 aa）链 D 106–453（348 aa）链 E 106–453（348 aa）链 F 106–453（348 aa）链 G 106–453（348 aa）链 H 106–453（348 aa）链 K 106–453（348 aa）链 L 106–453（348 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å
7Y0H Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the P. falciparum VAR2CSA FCR3 提交 2022-06-05	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 106–453（348 aa）链 B 106–453（348 aa）链 C 106–453（348 aa）链 D 106–453（348 aa）链 E 106–453（348 aa）链 F 106–453（348 aa）链 G 106–453（348 aa）链 H 106–453（348 aa）链 K 106–453（348 aa）链 L 106–453（348 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.56 Å
7Y0J Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the P. falciparum TM284VAR1 提交 2022-06-05	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 106–453（348 aa）链 B 106–453（348 aa）链 C 106–453（348 aa）链 D 106–453（348 aa）链 E 106–453（348 aa）链 F 106–453（348 aa）链 G 106–453（348 aa）链 H 106–453（348 aa）链 K 106–453（348 aa）链 L 106–453（348 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å
7YG2 Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the DBL domain of DBLMSP2 提交 2022-07-09	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 106–453（348 aa）链 B 106–453（348 aa）链 C 106–453（348 aa）链 D 106–453（348 aa）链 E 106–453（348 aa）链 F 106–453（348 aa）链 G 106–453（348 aa）链 H 106–453（348 aa）链 K 106–453（348 aa）链 L 106–453（348 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.32 Å
7YSG Cryo-EM structure of human FcmR bound to sIgM 提交 2022-08-12	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 222–453（232 aa）链 B 222–453（232 aa）链 C 222–453（232 aa）链 D 222–453（232 aa）链 E 222–453（232 aa）链 F 222–453（232 aa）链 G 222–453（232 aa）链 H 222–453（232 aa）链 K 222–453（232 aa）链 L 222–453（232 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
7YTC Cryo-EM structure of human FcmR bound to IgM-Fc/J 提交 2022-08-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 222–453（232 aa）链 B 222–453（232 aa）链 C 222–453（232 aa）链 D 222–453（232 aa）链 E 222–453（232 aa）链 F 222–453（232 aa）链 G 222–453（232 aa）链 H 222–453（232 aa）链 K 222–453（232 aa）链 L 222–453（232 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
8GZN IgM-var2CSA complex 提交 2022-09-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 A 1–453（453 aa）链 B 1–453（453 aa）链 C 1–453（453 aa）链 D 1–453（453 aa）链 E 1–453（453 aa）链 F 1–453（453 aa）链 G 1–453（453 aa）链 H 1–453（453 aa）链 K 1–453（453 aa）链 L 1–453（453 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8WYR Cryo-EM structure of human CD5L bound to IgM-Fc/J 提交 2023-10-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 106–453（348 aa）链 B 106–453（348 aa）链 C 106–453（348 aa）链 D 106–453（348 aa）链 E 106–453（348 aa）链 F 106–453（348 aa）链 G 106–453（348 aa）链 H 106–453（348 aa）链 K 106–453（348 aa）链 L 106–453（348 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
8WYS Local map of human CD5L bound to IgM-Fc/J 提交 2023-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 106–453（348 aa）链 L 106–453（348 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.41 Å
9ARV CryoEM structure of AMETA-A3 提交 2024-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 106–453（348 aa）链 B 106–453（348 aa）链 C 106–453（348 aa）链 D 106–453（348 aa）链 E 106–453（348 aa）链 L 106–453（348 aa）链 M 106–453（348 aa）链 N 106–453（348 aa）链 O 106–453（348 aa）链 P 106–453（348 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9UO3 Cryo-EM structure of the human IgM-Fc hexamer 提交 2025-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 106–446（341 aa）链 B 106–446（341 aa）链 C 106–446（341 aa）链 D 106–446（341 aa）链 E 106–446（341 aa）链 F 106–446（341 aa）链 G 106–446（341 aa）链 H 106–446（341 aa）链 I 106–446（341 aa）链 J 106–446（341 aa）链 K 106–446（341 aa）链 L 106–446（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
9UO4 Cryo-EM structure of the chimeric human IgM-Fc hexamer 提交 2025-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 106–433（328 aa）链 B 106–433（328 aa）链 C 106–433（328 aa）链 D 106–433（328 aa）链 E 106–433（328 aa）链 F 106–433（328 aa）链 G 106–433（328 aa）链 H 106–433（328 aa）链 I 106–433（328 aa）链 J 106–433（328 aa）链 K 106–433（328 aa）链 L 106–433（328 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IGHM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–231； UniProt 222–452 作者链 B； PDB构建体 1–231； UniProt 222–452 作者链 C； PDB构建体 1–231； UniProt 222–452 作者链 D； PDB构建体 1–231； UniProt 222–452 作者链 E； PDB构建体 1–231； UniProt 222–452 作者链 F； PDB构建体 1–231； UniProt 222–452 作者链 G； PDB构建体 1–231； UniProt 222–452 作者链 H； PDB构建体 1–231； UniProt 222–452 作者链 K； PDB构建体 1–231； UniProt 222–452 作者链 L； PDB构建体 1–231； UniProt 222–452

Immunoglobulin J chain

Homo sapiens

UniProt P01591

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 24–159	未记录	Immunoglobulin heavy constant mu × 10 （P01871） Fas apoptotic inhibitory molecule 3 × 4 （O60667） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7YTD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6KXS Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the ectodomain of pIgR 提交 2019-09-12	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 J 24–159（136 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6LX3 Cryo-EM structure of human secretory immunoglobulin A 提交 2020-02-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 J 1–159（159 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
6LXW Cryo-EM structure of human secretory immunoglobulin A in complex with the N-terminal domain of SpsA 提交 2020-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 J 1–159（159 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
6UE7 Structure of dimeric sIgA complex 提交 2019-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 23–159（137 aa）片段：UNP residues 23-159	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
6UE8 Structure of tetrameric sIgA complex (Class 1) 提交 2019-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 D 23–159（137 aa）片段：UNP residues 23-159	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
6UE9 Structure of tetrameric sIgA complex (Class 2) 提交 2019-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 D 23–159（137 aa）片段：UNP residues 23-159	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
6UEA Structure of pentameric sIgA complex 提交 2019-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 D 23–159（137 aa）片段：UNP residues 23-159	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7K0C Structure of Secretory IgM Core 提交 2020-09-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 D 23–159（137 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 3.5 seconds before plunging with blot force 7.	分辨率 3.30 Å
7Y09 Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the DBL domain of DBLMSP 提交 2022-06-03	聚集状态不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 J 24–159（136 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å
7Y0H Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the P. falciparum VAR2CSA FCR3 提交 2022-06-05	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 J 24–159（136 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.56 Å
7Y0J Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the P. falciparum TM284VAR1 提交 2022-06-05	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 J 24–159（136 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å
7YG2 Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the DBL domain of DBLMSP2 提交 2022-07-09	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 J 24–159（136 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.32 Å
7YSG Cryo-EM structure of human FcmR bound to sIgM 提交 2022-08-12	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 J 24–159（136 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
7YTC Cryo-EM structure of human FcmR bound to IgM-Fc/J 提交 2022-08-14	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 J 24–159（136 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
8GZN IgM-var2CSA complex 提交 2022-09-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 J 24–159（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8R83 pentameric IgMFc-AIM complex global refinement 提交 2023-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 J 1–159（159 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.57 Å
8R84 pentameric IgMFc-AIM complex focused refinement 提交 2023-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 J 1–159（159 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8SKU Structure of human SIgA1 in complex with human CD89 (FcaR1) 提交 2023-04-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 J 23–159（137 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8SKV Structure of human SIgA1 in complex with Streptococcus pyogenes protein M4 (Arp4) 提交 2023-04-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 J 23–159（137 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8WYR Cryo-EM structure of human CD5L bound to IgM-Fc/J 提交 2023-10-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 J 1–159（159 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
8WYS Local map of human CD5L bound to IgM-Fc/J 提交 2023-10-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 J 1–159（159 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.41 Å
9ARV CryoEM structure of AMETA-A3 提交 2024-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 J 1–159（159 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9MBZ Cryo-EM structure of human FcRL4 bound to IgA-Fc/J 提交 2025-03-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 J 1–159（159 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.30 Å

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IGJ_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–136； UniProt 24–159

Fas apoptotic inhibitory molecule 3

Homo sapiens

UniProt O60667

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 R； UniProt 18–124 链 S； UniProt 18–124 链 U； UniProt 18–124 链 V； UniProt 18–124	未记录	Immunoglobulin heavy constant mu × 10 （P01871） Immunoglobulin J chain × 1 （P01591） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7YTD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7YSG Cryo-EM structure of human FcmR bound to sIgM 提交 2022-08-12	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 R 18–124（107 aa）链 S 18–124（107 aa）链 U 18–124（107 aa）链 V 18–124（107 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
7YTC Cryo-EM structure of human FcmR bound to IgM-Fc/J 提交 2022-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 R 18–124（107 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
7YTE crystal structure of human FcmR-D1 bound to IgM C4-domain 提交 2022-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 18–124（107 aa）链 D 18–124（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1:1 ratio of protein:reservoir solution containing 0.1 M Ammonium citrate tribasic (pH 7.0) and 12% (w/v) PEG 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.269
8BPE 8:1 binding of FcMR on IgM pentameric core 提交 2022-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 I 18–251（234 aa）链 M 18–251（234 aa）链 N 18–251（234 aa）链 O 18–251（234 aa）链 P 18–251（234 aa）链 Q 18–251（234 aa）链 R 18–251（234 aa）链 S 18–251（234 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.63 Å
8BPF FcMR binding at subunit Fcu1 of IgM pentamer 提交 2022-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 I 18–251（234 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8BPG FcMR binding at subunit Fcu3 of IgM pentamer 提交 2022-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 18–251（234 aa）链 B 18–251（234 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FAIM3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–107； UniProt 18–124 作者链 S； PDB构建体 1–107； UniProt 18–124 作者链 U； PDB构建体 1–107； UniProt 18–124 作者链 V； PDB构建体 1–107； UniProt 18–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ytd
沉积日期 deposition_date	2022-08-14
结构标题 title	Cryo-EM structure of four human FcmR bound to IgM-Fc/J
关键词 keywords	immunoglobin M, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.27 Å
零角强度 I(0) i0	1396580000.00
分子量 molecular_weight	308810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	385480 Å³
包络体积 envelope_volume	613000 Å³
水化壳体积 shell_volume	93792 Å³
包络直径 envelope_diameter	189.0 Å
壳层 Rg shell_rg	55.92 Å
包络 Rg envelope_rg	54.88 Å
形状 Rg shape_rg	55.31 Å
总 Rg total_rg	55.15 Å
总原子数 total_atoms	21693
残基数 n_residues	2777
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	176.7 Å
Rg (实空间) rg_real	55.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3970e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6880e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1396000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8432
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	56.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.391
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.332
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	135100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.210

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Immunoglobulin heavy constant mu
分子量 formula_weight	25448.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,K,L
原子数 atom_count	21693

IRVFAIPPSFASIFLTKSTKLTCLVTDLTTYDSVTISWTRQNGEAVKTHTNISESHPNATFSAVGEASICEDDWNSGERFTCTVTHTDLPSPLKQTISRPKGVALHRPDVYLLPPAREQLNLRESATITCLVTGFSPADVFVQWMQRGQPLSPEKYVTSAPMPEPQAPGRYFAHSILTVSEEEWNTGETYTCVVAHEALPNRVTERTVDKSTGKPTLYNVSLVMSDTAGTC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Immunoglobulin J chain
分子量 formula_weight	15483.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

EDERIVLVDNKCKCARITSRIIRSSEDPNEDIVERNIRIIVPLNNRENISDPTSPLRTRFVYHLSDLCKKCDPTEVELDNQIVTATQSNICDEDSATETCYTYDRNKCYTAVVPLVYGGETKMVETALTPDACYPD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fas apoptotic inhibitory molecule 3
分子量 formula_weight	11723.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,S,U,V

RILPEVKVEGELGGSVTIKCPLPEMHVRIYLCREMAGSGTCGTVVSTTNFIKAEYKGRVTLKQYPRKNLFLVEVTQLTESDSGVYACGAGMNTDRGKTQKVTLNVHS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	7ytdA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdK02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdR01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdS01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdU01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7ytdV01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.71 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	202159

fit	/app/data/saxs_computation/yt/7ytd/7ytd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yt/7ytd/7ytd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yt/7ytd/7ytd.dat

Cryo-EM structure of four human FcmR bound to IgM-Fc/J

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin heavy constant mu

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Immunoglobulin J chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fas apoptotic inhibitory molecule 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)