SAXSdb — 7yu4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysophosphatidic acid receptor 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–364	未记录	K6L [(2~{R})-2-[5-(2-hexylphenyl)pentanoylamino]-3-oxidanyl-propyl] dihydrogen phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7YU4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4Z34 Crystal Structure of Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1 in complex with ONO9780307 提交 2015-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–232（231 aa）片段：unp residues 2-232; unp residues 23-64; unp residues 73-127; unp residues 248-326 链 A 248–326（79 aa）片段：unp residues 2-232; unp residues 23-64; unp residues 73-127; unp residues 248-326	突变：M1007W, H1102I, R1106L 突变：M1007W, H1102I, R1106L	ON7 {1-[(2S,3S)-2-(2,3-dihydro-1H-inden-2-ylmethyl)-3-(3,5-dimethoxy-4-methylphenyl)-3-hydroxypropyl]-4-(methoxycarbonyl)-1 H-pyrrol-3-yl}acetic acid × 1 1WV (2S)-2,3-dihydroxypropyl (7Z)-tetradec-7-enoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5.5；293 K；0.1 M sodium citrate (pH 5.5), 34 - 38% (v/v) PEG400 and 200 mM ammonium acetate	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
4Z35 Crystal Structure of Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1 in complex with ONO-9910539 提交 2015-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–232（231 aa）链 A 248–326（79 aa）	突变：M1007W, H1102I, R1106L 突变：M1007W, H1102I, R1106L	ON9 3-{1-[(2S,3S)-3-(4-acetyl-3,5-dimethoxyphenyl)-2-(2,3-dihydro-1H-inden-2-ylmethyl)-3-hydroxypropyl]-4-(methoxycarbonyl)-1H-pyrrol-3-yl}propanoic acid × 1 1WV (2S)-2,3-dihydroxypropyl (7Z)-tetradec-7-enoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5.5；293 K；0.1 M sodium citrate (pH 5.5), 34 - 38% (v/v) PEG400 and 200 mM ammonium acetate	分辨率 2.90 Å R-free 0.279
4Z36 Crystal Structure of Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1 in complex with ONO-3080573 提交 2015-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–232（231 aa）片段：unp residues 2-232; unp residues 23-64; unp residues 78-127; unp residues 249-327 链 A 249–327（79 aa）片段：unp residues 2-232; unp residues 23-64; unp residues 78-127; unp residues 249-327	突变：M1007W, H1102I, R1106L 突变：M1007W, H1102I, R1106L	ON3 1-(4-{[(2S,3R)-2-(2,3-dihydro-1H-inden-2-yloxy)-3-(3,5-dimethoxy-4-methylphenyl)-3-hydroxypropyl]oxy}phenyl)cyclopropan ecarboxylic acid × 1 1WV (2S)-2,3-dihydroxypropyl (7Z)-tetradec-7-enoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5.5；293 K；0.1 M sodium citrate (pH 5.5), 34 - 38% (v/v) PEG400 and 200 mM ammonium acetate	分辨率 2.90 Å R-free 0.292
7TD0 Lysophosphatidic acid receptor 1-Gi complex bound to LPA 提交 2021-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 2–340（339 aa）	未记录	NKP (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.83 Å
7TD1 Lysophosphatidic acid receptor 1-Gi complex bound to LPA, state a 提交 2021-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 2–340（339 aa）	未记录	NKP (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
7TD2 Lysophosphatidic acid receptor 1-Gi complex bound to LPA, state a 提交 2021-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 2–340（339 aa）	未记录	NKP (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å
7YU3 Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to ONO-0740556 提交 2022-08-16	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 2–364（363 aa）	未记录	K6L [(2~{R})-2-[5-(2-hexylphenyl)pentanoylamino]-3-oxidanyl-propyl] dihydrogen phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7YU5 Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to ONO-0740556, state1 提交 2022-08-16	聚集状态不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 2–364（363 aa）	未记录	K6L [(2~{R})-2-[5-(2-hexylphenyl)pentanoylamino]-3-oxidanyl-propyl] dihydrogen phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
7YU6 Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to ONO-0740556, state2 提交 2022-08-16	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 2–364（363 aa）	未记录	K6L [(2~{R})-2-[5-(2-hexylphenyl)pentanoylamino]-3-oxidanyl-propyl] dihydrogen phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7YU7 Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to ONO-0740556, state3 提交 2022-08-16	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 2–364（363 aa）	未记录	K6L [(2~{R})-2-[5-(2-hexylphenyl)pentanoylamino]-3-oxidanyl-propyl] dihydrogen phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7YU8 Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to ONO-0740556, state4 提交 2022-08-16	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 2–364（363 aa）	未记录	K6L [(2~{R})-2-[5-(2-hexylphenyl)pentanoylamino]-3-oxidanyl-propyl] dihydrogen phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.60 Å
9IZF Cryo-EM structure of LPA1-Gi complex with LPA 提交 2024-08-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 2–364（363 aa）	未记录	NKP (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
9IZG Cryo-EM structure of LPA1-Gq complex with LPA 提交 2024-08-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 2–364（363 aa）	未记录	NKP (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
9IZH Cryo-EM structure of LPA1-G13 complex with LPA 提交 2024-08-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 2–364（363 aa）	未记录	NKP (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
9J5V Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to CpY 提交 2024-08-13	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 2–364（363 aa）	未记录	A1L3Q CpY × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.86 Å

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LPAR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 11–373； UniProt 2–364

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7yu4
沉积日期 deposition_date	2022-08-16
结构标题 title	Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to ONO-0740556, focused on receptor
关键词 keywords	GPCR, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.18 Å
零角强度 I(0) i0	12741000.00
分子量 molecular_weight	29148.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37502 Å³
包络体积 envelope_volume	43193 Å³
水化壳体积 shell_volume	19032 Å³
包络直径 envelope_diameter	65.1 Å
壳层 Rg shell_rg	25.45 Å
包络 Rg envelope_rg	19.64 Å
形状 Rg shape_rg	19.19 Å
总 Rg total_rg	20.18 Å
总原子数 total_atoms	2050
残基数 n_residues	266
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.5 Å
Rg (实空间) rg_real	20.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2740e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12740000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8852
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.375
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.356
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2524000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.926

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lysophosphatidic acid receptor 1
分子量 formula_weight	42936.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2050

DYKDDDDAMGAAISTSIPVISQPQFTAMNEPQCFYNESIAFFYNRSGKHLATEWNTVSKLVMGLGITVCIFIMLANLLVMVAIYVNRRFHFPIYYLMANLAAADFFAGLAYFYLMFNTGPNTRRLTVSTWLLRQGLIDTSLTASVANLLAIAIERHITVFRMQLHTRMSNRRVVVVIVVIWTMAIVMGAIPSVGWNCICDIENCSNMAPLYSDSYLVFWAIFNLVTFVVMVVLYAHIFGYVRQRTMRMSRHSSGPRRNRDTMMSLLKTVVIVLGAFIICWTPGLVLLLLDVCCPQCDVLAYEKFFLLLAEFNSAMNPIIYSYRDKEMSATFRQILCCQRSENPTGPTEGSDRSASSLNHTILAGVHSNDHSVVENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	[(2~{R})-2-[5-(2-hexylphenyl)pentanoylamino]-3-oxidanyl-propyl] dihydrogen phosphate
分子量 formula_weight	415.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7yu4A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.700 Å
最低分辨率 resolution_low	3.700 Å
R 因子 r_factor	0.4739
R_work r_work	0.4739
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	181071

fit	/app/data/saxs_computation/yu/7yu4/7yu4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yu/7yu4/7yu4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yu/7yu4/7yu4.dat

Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to ONO-0740556, focused on receptor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysophosphatidic acid receptor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D