7z0s

Structure of the Escherichia coli formate hydrogenlyase complex (anaerobic preparation, without formate dehydrogenase H)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Formate hydrogenlyase subunit 3

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Formate hydrogenlyase subunit 5 × 1 （P16431） Formate hydrogenlyase subunit 2 × 1 （P0AAK1） Formate hydrogenlyase subunit 7 × 1 （P16433） Formate hydrogenlyase subunit 6 × 1 （P16432） Formate hydrogenlyase subunit 4 × 1 （P16430） CARDIOLIPIN × 1 PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 NICKEL (II) ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FE (III) ION × 1 Lauryl Maltose Neopentyl Glycol × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HYCC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–608； UniProt 1–608

Formate hydrogenlyase subunit 5

Escherichia coli K-12

UniProt P16431

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Formate hydrogenlyase subunit 3 × 1 （P16429） Formate hydrogenlyase subunit 2 × 1 （P0AAK1） Formate hydrogenlyase subunit 7 × 1 （P16433） Formate hydrogenlyase subunit 6 × 1 （P16432） Formate hydrogenlyase subunit 4 × 1 （P16430） CARDIOLIPIN × 1 PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 NICKEL (II) ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FE (III) ION × 1 Lauryl Maltose Neopentyl Glycol × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HYCE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–83； UniProt 1–83 作者链 E； PDB构建体 96–581； UniProt 84–569

Formate hydrogenlyase subunit 2

物种未注明

UniProt P0AAK1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Formate hydrogenlyase subunit 3 × 1 （P16429） Formate hydrogenlyase subunit 5 × 1 （P16431） Formate hydrogenlyase subunit 7 × 1 （P16433） Formate hydrogenlyase subunit 6 × 1 （P16432） Formate hydrogenlyase subunit 4 × 1 （P16430） CARDIOLIPIN × 1 PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 NICKEL (II) ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FE (III) ION × 1 Lauryl Maltose Neopentyl Glycol × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HYCB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–203； UniProt 1–203

Formate hydrogenlyase subunit 7

物种未注明

UniProt P16433

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Formate hydrogenlyase subunit 3 × 1 （P16429） Formate hydrogenlyase subunit 5 × 1 （P16431） Formate hydrogenlyase subunit 2 × 1 （P0AAK1） Formate hydrogenlyase subunit 6 × 1 （P16432） Formate hydrogenlyase subunit 4 × 1 （P16430） CARDIOLIPIN × 1 PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 NICKEL (II) ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FE (III) ION × 1 Lauryl Maltose Neopentyl Glycol × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HYCG_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255

Formate hydrogenlyase subunit 6

物种未注明

UniProt P16432

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Formate hydrogenlyase subunit 3 × 1 （P16429） Formate hydrogenlyase subunit 5 × 1 （P16431） Formate hydrogenlyase subunit 2 × 1 （P0AAK1） Formate hydrogenlyase subunit 7 × 1 （P16433） Formate hydrogenlyase subunit 4 × 1 （P16430） CARDIOLIPIN × 1 PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 NICKEL (II) ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FE (III) ION × 1 Lauryl Maltose Neopentyl Glycol × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HYCF_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180

Formate hydrogenlyase subunit 4

物种未注明

UniProt P16430

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Formate hydrogenlyase subunit 3 × 1 （P16429） Formate hydrogenlyase subunit 5 × 1 （P16431） Formate hydrogenlyase subunit 2 × 1 （P0AAK1） Formate hydrogenlyase subunit 7 × 1 （P16433） Formate hydrogenlyase subunit 6 × 1 （P16432） CARDIOLIPIN × 1 PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 NICKEL (II) ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FE (III) ION × 1 Lauryl Maltose Neopentyl Glycol × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HYCD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–307； UniProt 1–307

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7z0s
沉积日期 deposition_date	2022-02-23
结构标题 title	Structure of the Escherichia coli formate hydrogenlyase complex (anaerobic preparation, without formate dehydrogenase H)
关键词 keywords	FHL, group-4 membrane bound hydrogenase, [NiFe] hydrogenase, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7z0s__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7z0s__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7z0s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.17 Å
Rg（电子密度）	43.49 Å
总 Rg	44.00 Å
原子数	15860
残基数	2026
排除体积	287530 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7z0s__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Formate hydrogenlyase subunit 3
分子量 formula_weight	64121.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	15969

MSAISLINSGVAWFVAAAVLAFLFSFQKALSGWIAGIGGAVGSLYTAAAGFTVLTGAVGVSGALSLVSYDVQISPLNAIWLITLGLCGLFVSLYNIDWHRHAQVKCNGLQINMLMAAAVCAVIASNLGMFVVMAEIMALCAVFLTSNSKEGKLWFALGRLGTLLLAIACWLLWQRYGTLDLRLLDMRMQQLPLGSDIWLLGVIGFGLLAGIIPLHGWVPQAHANASAPAAALFSTVVMKIGLLGILTLSLLGGNAPLWWGIALLVLGMITAFVGGLYALVEHNIQRLLAYHTLENIGIILLGLGAGVTGIALEQPALIALGLVGGLYHLLNHSLFKSVLFLGAGSVWFRTGHRDIEKLGGIGKKMPVISIAMLVGLMAMAALPPLNGFAGEWVIYQSFFKLSNSGAFVARLLGPLLAVGLAITGALAVMCMAKVYGVTFLGAPRTKEAENATCAPLLMSVSVVALAICCVIGGVAAPWLLPMLSAAVPLPLEPANTTVSQPMITLLLIACPLLPFIIMAICKGDRLPSRSRGAAWVCGYDHEKSMVITAHGFAMPVKQAFAPVLKLRKWLNPVSLVPGWQCEGSALLFRRMALVELAVLVVIIVSRGA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Formate hydrogenlyase subunit 5
分子量 formula_weight	66589.9 kDa
突变 mutation	internal deca-His-Gly-Ser sequence after Gly83
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSEEKLGQHYLAALNEAFPGVVLDHAWQTKDQLTVTVKVNYLPEVVEFLYYKQGGWLSVLFGNDERKLNGHYAVYYVLSMEKGHHHHHHHHHHGSTKCWITVRVEVDANKPEYPSVTPRVPAAVWGEREVRDMYGLIPVGLPDERRLVLPDDWPDELYPLRKDSMDYRQRPAPTTDAETYEFINELGDKKNNVVPIGPLHVTSDEPGHFRLFVDGENIIDADYRLFYVHRGMEKLAETRMGYNEVTFLSDRVCGICGFAHSTAYTTSVENAMGIQVPERAQMIRAILLEVERLHSHLLNLGLACHFTGFDSGFMQFFRVRETSMKMAEILTGARKTYGLNLIGGIRRDLLKDDMIQTRQLAQQMRREVQELVDVLLSTPNMEQRTVGIGRLDPEIARDFSNVGPMVRASGHARDTRADHPFVGYGLLPMEVHSEQGCDVISRLKVRINEVYTALNMIDYGLDNLPGGPLMVEGFTYIPHRFALGFAEAPRGDDIHWSMTGDNQKLYRWRCRAATYANWPTLRYMLRGNTVSDAPLIIGSLDPCYSCTDRMTVVDVRKKKSKVVPYKELERYSIERKNSPLK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Formate hydrogenlyase subunit 2
分子量 formula_weight	21899.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MNRFVIADSTLCIGCHTCEAACSETHRQHGLQSMPRLRVMLNEKESAPQLCHHCEDAPCAVVCPVNAITRVDGAVQLNESLCVSCKLCGIACPFGAIEFSGSRPLDIPANANTPKAPPAPPAPARVSTLLDWVPGIRAIAVKCDLCSFDEQGPACVRMCPTKALHLVDNTDIARVSKRKRELTFNTDFGDLTLFQQAQSGEAK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Formate hydrogenlyase subunit 7
分子量 formula_weight	28033.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MSNLLGPRDANGIPVPMTVDESIASMKASLLKKIKRSAYVYRVDCGGCNGCEIEIFATLSPLFDAERFGIKVVPSPRHADILLFTGAVTRAMRSPALRAWQSAPDPKICISYGACGNSGGIFHDLYCVWGGTDKIVPVDVYIPGCPPTPAATLYGFAMALGLLEQKIHARGPGELDEQPAEILHGDMVQPLRVKVDREARRLAGYRYGRQIADDYLTQLGQGEEQVARWLEAENDPRLNEIVSHLNHVVEEARIR

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Formate hydrogenlyase subunit 6
分子量 formula_weight	20336.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MFTFIKKVIKTGTATSSYPLEPIAVDKNFRGKPEQNPQQCIGCAACVNACPSNALTVETDLATGELAWEFNLGHCIFCGRCEEVCPTAAIKLSQEYELAVWKKEDFLQQSRFALCNCRVCNRPFAVQKEIDYAIALLKHNGDSRAENHRESFETCPECKRQKCLVPSDRIELTRHMKEAI

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Formate hydrogenlyase subunit 4
分子量 formula_weight	33049.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSVLYPLIQALVLFAVAPLLSGITRVARARLHNRRGPGVLQEYRDIIKLLGRQSVGPDASGWVFRLTPYVMVGVMLTIATALPVVTVGSPLPQLGDLITLLYLFAIARFFFAISGLDTGSPFTAIGASREAMLGVLVEPMLLLGLWVAAQVAGSTNISNITDTVYHWPLSQSIPLVLALCACAFATFIEMGKLPFDLAEAEQELQEGPLSEYSGSGFGVMKWGISLKQLVVLQMFVGVFIPWGQMETFTAGGLLLALVIAIVKLVVGVLVIALFENSMARLRLDITPRITWAGFGFAFLAFVSLLAA

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON
分子量 formula_weight	135.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL
分子量 formula_weight	747.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
分子量 formula_weight	1005.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 15 Entity 15 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	109

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7z0sE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — NADH:ubiquinone oxidoreductase Nqo5 subunit

结构域编号 domain_id	7z0sE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B

结构域编号 domain_id	7z0sF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3270 —

结构域编号 domain_id	7z0sG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12280 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	300386

Structure of the Escherichia coli formate hydrogenlyase complex (anaerobic preparation, without formate dehydrogenase H)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Formate hydrogenlyase subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Formate hydrogenlyase subunit 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Formate hydrogenlyase subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Formate hydrogenlyase subunit 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Formate hydrogenlyase subunit 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Formate hydrogenlyase subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7z0s__assembly_1__model_1

7z0s__assembly_1__model_1 | I(q)

7z0s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer