SAXSdb — 7z3d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

Bacillus cereus ATCC 14579

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein NrdI × 2 （B0YPL1） MANGANESE (II) ION × 4 UNKNOWN ATOM OR ION × 2 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q81G55_BACCR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–322； UniProt 1–322

Protein NrdI

Bacillus cereus ATCC 14579

UniProt B0YPL1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta × 2 （Q81G55） MANGANESE (II) ION × 4 UNKNOWN ATOM OR ION × 2 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B0YPL1_BACCE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–119； UniProt 1–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7z3d
沉积日期 deposition_date	2022-03-02
结构标题 title	XFEL structure of Class Ib ribonucleotide reductase dimanganese(II) NrdF in complex with oxidized NrdI from Bacillus cereus
关键词 keywords	;Ribonucleotide reductase R2b, Class Ib RNR, Flavoprotein, Metalloenzyme, OXIDOREDUCTASE, ferritin-like superfamily, dimanganese cofactor, XFEL ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7z3d__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
分子量 formula_weight	37053.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.4.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3655

MRAVNWNKKEDDFSLMFWKQNIAQFWTEEEIAVSSDKNTWVQLSKEEQIAYKRVLGGLTLLDTKQGGEGMPLVLVHLENLQAKSVLAFMGAMEEVHAKSYSHIFTTLATEEEIDDIFDWVDNHPLLEKKAGIITSYYRRLLKPEVTKKELYMAMVASVFLESYLFYSGFFYPLYLAGQGKLTASGEIINLIIRDESIHGVFVGILAQQIFAELSAEEQQEVQKETQELLMELYEIEMAYTEEIYTSIGLVEDVNRFVRYNANKGLMNLGLEPKFEEEEINPIVLNGLRTDTKNHDFFSVKGNGYVKATNVEKLADDDFVFNF

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus cereus ATCC 14579
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	226900
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein NrdI
分子量 formula_weight	13539.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MLVAYDSMTGNVKRFIHKLNMPAVQIDEDLVIDEDFILITYTTGFGNVPERVLDFLERNNEKLKGVSASGNRNWGDMFGASADKISTKYEVPIVSKFELSGTNNDVEYFKERVREIATH

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus cereus ATCC 14579
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	226900
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	159

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晶胞边长 a length_a	61.438 Å
晶胞边长 b length_b	125.634 Å
晶胞边长 c length_c	144.997 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	24.170 Å
R 因子 r_factor	0.1609
R_work r_work	0.1591
R_free r_free	0.1956

XFEL structure of Class Ib ribonucleotide reductase dimanganese(II) NrdF in complex with oxidized NrdI from Bacillus cereus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein NrdI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

XFEL structure of Class Ib ribonucleotide reductase dimanganese(II) NrdF in complex with oxidized NrdI from Bacillus cereus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein NrdI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)