7z4w

gp6/gp15/gp16 connector complex of bacteriophage SPP1

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Head completion protein gp15 × 12 （Q38584） Head completion protein gp16 × 6 （O48446） water × 30	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PORTL_BPSPP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 B； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 C； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 D； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 E； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 F； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 G； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 H； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 I； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 J； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 K； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 L； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503

Head completion protein gp15

物种未注明

UniProt Q38584

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Portal protein × 12 （P54309） Head completion protein gp16 × 6 （O48446） water × 30	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HCP15_BPSPP
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 b； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 c； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 d； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 e； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 f； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 g； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 h； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 i； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 j； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 k； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 l； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102

Head completion protein gp16

物种未注明

UniProt O48446

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Portal protein × 12 （P54309） Head completion protein gp15 × 12 （Q38584） water × 30	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HCP16_BPSPP
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 2； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 3； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 4； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 5； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 6； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7z4w
沉积日期 deposition_date	2022-03-05
结构标题 title	gp6/gp15/gp16 connector complex of bacteriophage SPP1
关键词 keywords	Bacteriophage, SPP1, Portal Protein, Head completion proteins, Connector Complex, DNA Channel, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7z4w__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7z4w__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7z4w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	65.97 Å
Rg（电子密度）	65.38 Å
总 Rg	65.40 Å
原子数	58536
残基数	7242
排除体积	1035700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7z4w__assembly_1__model_1`	30-meric （30）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Portal protein
分子量 formula_weight	57390.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	58942

MADIYPLGKTHTEELNEIIVESAKEIAEPDTTMIQKLIDEHNPEPLLKGVRYYMCENDIEKKRRTYYDAAGQQLVDDTKTNNRTSHAWHKLFVDQKTQYLVGEPVTFTSDNKTLLEYVNELADDDFDDILNETVKNMSNKGIEYWHPFVDEEGEFDYVIFPAEEMIVVYKDNTRRDILFALRYYSYKGIMGEETQKAELYTDTHVYYYEKIDGVYQMDYSYGENNPRPHMTKGGQAIGWGRVPIIPFKNNEEMVSDLKFYKDLIDNYDSITSSTMDSFSDFQQIVYVLKNYDGENPKEFTANLRYHSVIKVSGDGGVDTLRAEIPVDSAAKELERIQDELYKSAQAVDNSPETIGGGATGPALENLYALLDLKANMAERKIRAGLRLFFWFFAEYLRNTGKGDFNPDKELTMTFTRTRIQNDSEIVQSLVQGVTGGIMSKETAVARNPFVQDPEEELARIEEEMNQYAEMQGNLLDDEGGDDDLEEDDPNAGAAESGGAGQVS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Head completion protein gp15
分子量 formula_weight	11629.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l

MDIQRVKRLLSITNDKHDEYLTEMVPLLVEFAKDECHNPFIDKDGNESIPSGVLIFVAKAAQFYMTNAGLTGRSMDTVSYNFATEIPSTILKKLNPYRKMAR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Head completion protein gp16
分子量 formula_weight	12555.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2,3,4,5,6

MYEEFPDVITFQSYVEQSNGEGGKTYKWVDEFTAAAHVQPISQEEYYKAQQLQTPIGYNIYTPYDDRIDKKMRVIYRGKIVTFIGDPVDLSGLQEITRIKGKEDGAYVG

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	406

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	7z4w101
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Bacteriophage SPP1 head-tail adaptor protein

结构域编号 domain_id	7z4w201
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Bacteriophage SPP1 head-tail adaptor protein

结构域编号 domain_id	7z4w301
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Bacteriophage SPP1 head-tail adaptor protein

结构域编号 domain_id	7z4w401
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Bacteriophage SPP1 head-tail adaptor protein

结构域编号 domain_id	7z4w501
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Bacteriophage SPP1 head-tail adaptor protein

结构域编号 domain_id	7z4w601
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Bacteriophage SPP1 head-tail adaptor protein

结构域编号 domain_id	7z4wa01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	7z4wb01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	7z4wc01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	7z4wd01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	7z4we01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	7z4wf01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	7z4wg01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	7z4wh01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	7z4wi01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	7z4wj01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	7z4wk01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	7z4wl01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	401807

gp6/gp15/gp16 connector complex of bacteriophage SPP1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Head completion protein gp15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Head completion protein gp16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7z4w__assembly_1__model_1

7z4w__assembly_1__model_1 | I(q)

7z4w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

gp6/gp15/gp16 connector complex of bacteriophage SPP1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Portal protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Head completion protein gp15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Head completion protein gp16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7z4w__assembly_1__model_1

7z4w__assembly_1__model_1 | I(q)

7z4w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)