7zfm

Engineered Protein Targeting the Zika Viral Envelope Fusion Loop

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 75.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

Escherichia coli K-12

UniProt P0AFL3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–187 未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 ACY ACETIC ACID × 3 SIN SUCCINIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293.15 K;1.0 M Succinic acid, 0.1 M Hepes pH 7.0 and 1% w/v PEG 2000 MME 分辨率 1.71 Å R-free 0.221
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 25–187 未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293.15 K;1.0 M Succinic acid, 0.1 M Hepes pH 7.0 and 1% w/v PEG 2000 MME 分辨率 1.71 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PPIA_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 22–184; UniProt 25–187 作者链 B; PDB构建体 22–184; UniProt 25–187

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7zfm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7zfm
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7zfm
沉积日期 deposition_date2022-04-01
结构标题 titleEngineered Protein Targeting the Zika Viral Envelope Fusion Loop
关键词 keywordsZIKV, Neutralization, E protein, Fusion Loop, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.45
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.85
零角强度 I(0) i025547200.00
分子量 molecular_weight37828.0 kDa
排除体积 excluded_volume47050 ų
包络体积 envelope_volume56359 ų
水化壳体积 shell_volume22053 ų
包络直径 envelope_diameter80.0
壳层 Rg shell_rg27.85
包络 Rg envelope_rg21.97
形状 Rg shape_rg21.83
总 Rg total_rg22.67
总原子数 total_atoms5085
残基数 n_residues330
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax75.5
Rg (实空间) rg_real22.48
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61
I(0) (实空间) i0_real2.5550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6680e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.47
I(0) (倒空间) i0_reciprocal25550000.0000
解质量估计 total_estimate0.7643
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.0
偏度 Skewness skewness0.414
峰度 Kurtosis kurtosis-0.348
角度范围 angular_range— – 0.3550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8363000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.674; Stabil: 0.977; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (8)

9. 文件与曲线 (10)