SAXSdb — 7zrz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 × 1 （Q8NCE0） tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 × 1 （Q7Z6J9） tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 × 1 （Q8WW01） pre-tRNA Arg TCT 3-2 × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEN34_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AP1； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120 作者链 AP1； PDB构建体 133–263； UniProt 180–310

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2

Homo sapiens

UniProt Q8NCE0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34 × 1 （Q9BSV6） tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 × 1 （Q7Z6J9） tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 × 1 （Q8WW01） pre-tRNA Arg TCT 3-2 × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEN2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 BP4； PDB构建体 1–81； UniProt 1–81 作者链 BP4； PDB构建体 87–260； UniProt 292–465

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54

Homo sapiens

UniProt Q7Z6J9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34 × 1 （Q9BSV6） tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 × 1 （Q8NCE0） tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 × 1 （Q8WW01） pre-tRNA Arg TCT 3-2 × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEN54_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 CP1； PDB构建体 1–178； UniProt 1–178 作者链 CP1； PDB构建体 192–293； UniProt 425–526

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15

Homo sapiens

UniProt Q8WW01

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34 × 1 （Q9BSV6） tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 × 1 （Q8NCE0） tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 × 1 （Q7Z6J9） pre-tRNA Arg TCT 3-2 × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEN15_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 DP1； PDB构建体 47–217； UniProt 1–171

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7zrz
沉积日期 deposition_date	2022-05-05
结构标题 title	Structure of the human tRNA splicing endonuclease defines substrate recognition
关键词 keywords	RNP, endonuclease, tRNA, splicing, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7zrz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7zrz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7zrz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.93 Å
Rg（电子密度）	31.07 Å
总 Rg	31.75 Å
原子数	6580
残基数	694
排除体积	111560 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7zrz__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
分子量 formula_weight	28805.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.6.1.16,4.6.1.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AP1
原子数 atom_count	6580

MLVVEVANGRSLVWGAEAVQALRERLGVGGRTVGALPRGPRQNSRLGLPLLLMPEEARLLAEIGAVTLVSAPRPDSRHHSLALTSFKRQQEESFQEQSALAAEARETRRQELLEKITEGQGGSGGSGGSGGSRSALLVQLATARPRPVKARPLDWRVQSKDWPHAGRPAHELRYSIYRDLWERGFFLSAAGKFGGDFLVYPGDPLRFFAHYIAQCWAPEDTIPLQDLVAAGRLGTSVRKTLLLCSPQPDGKVVYTSLQWASLQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2
分子量 formula_weight	30166.0 kDa
EC 编号 ec_number	4.6.1.16,4.6.1.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BP4

MAEAVFHAPKRKRRVYETYESPLPIPFGQDHGPLKEFKIFRAEMINNNVIVRNAEDIEQLYGKGYFGKGILSRSRPSFTISGGSGGRIFEYLQLSLEEAFFLVYALGCLSIYYEKEPLTIVKLWKAFTVVQPTFRTTYMAYHYFRSKGWVPKVGLKYGTDLLLYRKGPPFYFASYSVIIELVDDHFEGSLRRPLSWKSLAALSRVSVNVSKELMLCYLIKPSTMTDKEMESPECMKRIKVQEVILSRWVSSRERSDQDDL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54
分子量 formula_weight	32551.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	CP1

MEPEPEPAAVEVPAGRVLSARELFAARSRSQKLPQRSHGPKDFLPDGSAAQAERLRRCREELWQLLAEQRVERLGSLVAAEWRPEEGFVELKSPAGKFWQTMGFSEQGRQRLHPEEALYLLECGSIHLFHQDLPLSIQEAYQLLLTDHTVTFLQYQVFSHLKRLGYVVRRFQPSSVLSGGSGGSGGSGGSGSVLQTTHLPDGGARLLEKSGGLEIIFDVYQADAVATFRKNNPGKPYARMCISGFDEPVPDLCSLKRLSYQSGDVPLIFALVDHGDISFYSFRDFTLPQDVGH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15
分子量 formula_weight	23860.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	DP1

MDEKTTGWRGGHVVEGLAGELEQLRARLEHHPQGQREPGENLYFQGMEERGDSEPTPGCSGLGPGGVRGFGDGGGAPSWAPEDAWMGTHPKYLEMMELDIGDATQVYVAFLVYLDLMESKSWHEVNCVGLPELQLICLVGTEIEGEGLQTVVPTPITASLSHNRIREILKASRKLQGDPDLPMSFTLAIVESDSTIVYYKLTDGFMLPDPQNISLRR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	pre-tRNA Arg TCT 3-2
分子量 formula_weight	28747.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	ZN1

GGCUCUGUGGCGCAAUGGAUAGCGCAUUGGACUUCUAGAUAGUUAGAGAAAUUCAAAGGUUGUGGGUUCGAGUCCCACCAGAGUCGCCA

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.09 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	282863

Structure of the human tRNA splicing endonuclease defines substrate recognition

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7zrz__assembly_1__model_1

7zrz__assembly_1__model_1 | I(q)

7zrz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of the human tRNA splicing endonuclease defines substrate recognition

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7zrz__assembly_1__model_1

7zrz__assembly_1__model_1 | I(q)

7zrz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)