SAXSdb — 7ztc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

actin, cytoplasmic 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–375 链 B； UniProt 1–375 链 C； UniProt 1–375 链 D； UniProt 1–375 链 E； UniProt 1–375 链 F； UniProt 1–375 链 G； UniProt 1–375 链 H； UniProt 1–375	未记录	Non-muscle tropomyosin 1.6 × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7ZTC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7QJ5 Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex (spokes 1-14) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric	链 e 1–375（375 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.70 Å
7QJ6 Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 10-spoked assembly intermediate (spokes 3-12, substoichiometric spokes 13-14) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 e 1–375（375 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å
7QJ7 Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 12-spoked assembly intermediate (spokes 1-12 substoichiometric spokes 13-14) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：37-meric	链 e 1–375（375 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.70 Å
7QJ8 Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 12-spoked assembly intermediate (spokes 3-14, substoichiometric spokes 1-2) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 e 1–375（375 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.70 Å
7QJ9 Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 10-spoked assembly intermediate (spokes 3-12, homogeneous dataset) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric	链 e 1–375（375 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.10 Å
7QJA Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 12-spoked assembly intermediate (spokes 1-12, homogeneous dataset) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：37-meric	链 e 1–375（375 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.20 Å
7QJB Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex 12-spoked assembly intermediate (spokes 3-14, homogeneous dataset) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 e 1–375（375 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.20 Å
7QJC Structure of recombinant human gamma-Tubulin Ring Complex (spokes 1-14, homogeneous dataset) 提交 2021-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric	链 e 1–375（375 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 16.10 Å
7ZTD Non-muscle F-actin decorated with non-muscle tropomyosin 3.2 提交 2022-05-09	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–375（375 aa）链 B 1–375（375 aa）链 C 1–375（375 aa）链 D 1–375（375 aa）链 E 1–375（375 aa）链 F 1–375（375 aa）链 G 1–375（375 aa）链 H 1–375（375 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A6I9HGD1_GEOFO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375 作者链 B； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375 作者链 C； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375 作者链 D； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375 作者链 E； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375 作者链 F； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375 作者链 G； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375 作者链 H； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ztc
沉积日期 deposition_date	2022-05-09
结构标题 title	Non-muscle F-actin decorated with non-muscle tropomyosin 1.6
关键词 keywords	actin, tropomyosin, non-muscle, complex, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	68.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	70.01 Å
零角强度 I(0) i0	2012570000.00
分子量 molecular_weight	365370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	452400 Å³
包络体积 envelope_volume	714000 Å³
水化壳体积 shell_volume	95259 Å³
包络直径 envelope_diameter	271.9 Å
壳层 Rg shell_rg	56.59 Å
包络 Rg envelope_rg	69.87 Å
形状 Rg shape_rg	70.02 Å
总 Rg total_rg	69.66 Å
总原子数 total_atoms	25652
残基数 n_residues	3460
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	225.8 Å
Rg (实空间) rg_real	69.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0080e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5870e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	66.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2000000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7401
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.673
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.279
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0068
最高正则化参数 α highest_alpha	229000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.577; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.729; Smooth: 0.159

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	actin, cytoplasmic 1
分子量 formula_weight	41782.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	25652

MDDDIAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Non-muscle tropomyosin 1.6
分子量 formula_weight	11507.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W,X,Y,Z

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	7ztcA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	7ztcB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	7ztcC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	7ztcD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	7ztcE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	7ztcF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	7ztcG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	7ztcH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	79298

fit	/app/data/saxs_computation/zt/7ztc/7ztc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zt/7ztc/7ztc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zt/7ztc/7ztc.dat

Non-muscle F-actin decorated with non-muscle tropomyosin 1.6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

actin, cytoplasmic 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)