SAXSdb — 7zy4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cleavage stimulation factor subunit 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 241–549	未记录	hFip1 × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278.15 K；0.1 M Bicine pH 9.0, 10% w/v PEG 20k, 2% v/v Dioxane	分辨率 2.55 Å R-free 0.247
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 241–549	未记录	hFip1 × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278.15 K；0.1 M Bicine pH 9.0, 10% w/v PEG 20k, 2% v/v Dioxane	分辨率 2.55 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7ZY4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6B3X Crystal structure of CstF-50 in complex with CstF-77 提交 2017-09-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 581–600（20 aa）片段：UNP residues 581-600	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M MES pH6.0-6.5, 1.6-1.9M ammonium sulfate, 2-5% PEG400, 0.2M NaCl	分辨率 2.30 Å R-free 0.262
6URO Cryo-EM structure of human CPSF160-WDR33-CPSF30-PAS RNA-CstF77 complex 提交 2019-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric	链 E 1–717（717 aa）链 F 1–717（717 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSTF3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–312； UniProt 241–549 作者链 B； PDB构建体 4–312； UniProt 241–549

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7zy4
沉积日期 deposition_date	2022-05-23
结构标题 title	Crystal structure of human CstF77 in complex with hFip1
关键词 keywords	;Complex, 3' end processing, CstF, CPSF, GENE REGULATION ;; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.52 Å
零角强度 I(0) i0	83868200.00
分子量 molecular_weight	74614.0 kDa
排除体积 excluded_volume	94216 Å³
包络体积 envelope_volume	120930 Å³
水化壳体积 shell_volume	33880 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.7 Å
壳层 Rg shell_rg	36.92 Å
包络 Rg envelope_rg	30.26 Å
形状 Rg shape_rg	30.47 Å
总 Rg total_rg	31.27 Å
总原子数 total_atoms	10471
残基数 n_residues	628
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.3 Å
Rg (实空间) rg_real	31.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	83870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8786
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	32.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.394
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.391
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15110000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.899; Smooth: 0.881

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cleavage stimulation factor subunit 3
分子量 formula_weight	36598.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10507

SNANTPQEAQQVDMWKKYIQWEKSNPLRTEDQTLITKRVMFAYEQCLLVLGHHPDIWYEAAQYLEQSSKLLAEKGDMNNAKLFSDEAANIYERAISTLLKKNMLLYFAYADYEESRMKYEKVHSIYNRLLAIEDIDPTLVYIQYMKFARRAEGIKSGRMIFKKAREDTRTRHHVYVTAALMEYYCSKDKSVAFKIFELGLKKYGDIPEYVLAYIDYLSHLNEDNNTRVLFERVLTSGSLPPEKSGEIWARFLAFESNIGDLASILKVEKRRFTAFKEEYEGKETALLVDRYKFMDLYPCSASELKALGYKDV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	hFip1
分子量 formula_weight	4133.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

SNAMSAGEVERLVSELSGGTGGDEEEEWLYGDENEVER

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	36

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	157.612 Å
晶胞边长 b length_b	157.612 Å
晶胞边长 c length_c	161.005 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	56.310 Å
R 因子 r_factor	0.2138
R_work r_work	0.2121
R_free r_free	0.2469

fit	/app/data/saxs_computation/zy/7zy4/7zy4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zy/7zy4/7zy4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zy/7zy4/7zy4.dat

Crystal structure of human CstF77 in complex with hFip1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cleavage stimulation factor subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)