SAXSdb — 7zze

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD kinase 1

Listeria monocytogenes EGD-e

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	CITRIC ACID × 4 ;(1~{R},25~{R},26~{S},27~{R})-14-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]-7-azanyl-26,27-bis(oxidanyl)-28-oxa-2,4,6,9,14,17,21,23-octazatetracyclo[23.2.1.0^{2,10}.0^{3,8}]octacosa-3(8),4,6,9-tetraen-11-yne-16,22-dione ; × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NADK1_LISMO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7zze
沉积日期 deposition_date	2022-05-25
结构标题 title	Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complex with a linear di-adenosine derivative
关键词 keywords	tetrameric NAD-kinase, Transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7zze__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7zze__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7zze__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.92 Å
Rg（电子密度）	31.29 Å
总 Rg	31.97 Å
原子数	8568
残基数	1044
排除体积	151830 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7zze__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NAD kinase 1
分子量 formula_weight	31045.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2259

MKYMITSKGDEKSDLLRLNMIAGFGEYDMEYDDVEPEIVISIGGDGTFLSAFHQYEERLDEIAFIGIHTGHLGFYADWRPAEADKLVKLLAKGEYQKVSYPLLKTTVKYGIGKKEATYLALNESTVKSSGGPFVVDVVINDIHFERFRGDGLCMSTPSGTTAYNKSLGGALMHPSIEAMQLTEMASINNRVYRTIGSPLVFPKHHVVSLQPVNDKDFQISVDHLSILHRDVQEIRYEVSAKKIHFARFRSFPFWRRVHDSFIEDLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Listeria monocytogenes EGD-e
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	169963
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;(1~{R},25~{R},26~{S},27~{R})-14-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]-7-azanyl-26,27-bis(oxidanyl)-28-oxa-2,4,6,9,14,17,21,23-octazatetracyclo[23.2.1.0^{2,10}.0^{3,8}]octacosa-3(8),4,6,9-tetraen-11-yne-16,22-dione ;
分子量 formula_weight	708.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	94

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晶胞边长 a length_a	63.134 Å
晶胞边长 b length_b	74.526 Å
晶胞边长 c length_c	118.438 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.780 Å
最低分辨率 resolution_low	37.260 Å
R 因子 r_factor	0.2001
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2397

Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complex with a linear di-adenosine derivative

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD kinase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7zze__assembly_1__model_1

7zze__assembly_1__model_1 | I(q)

7zze__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complex with a linear di-adenosine derivative

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD kinase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7zze__assembly_1__model_1

7zze__assembly_1__model_1 | I(q)

7zze__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)